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- PDB-1s1r: Crystal structures of prostaglandin D2 11-ketoreductase (AKR1C3) ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1s1r
タイトルCrystal structures of prostaglandin D2 11-ketoreductase (AKR1C3) in complex with the non-steroidal anti-inflammatory drugs flufenamic acid and indomethacin
要素Aldo-keto reductase family 1 member C3
キーワードOXIDOREDUCTASE / TIM-barrel
機能・相同性
機能・相同性情報


prostaglandin-F synthase / testosterone 17beta-dehydrogenase (NADP+) / prostaglandin D2 11-ketoreductase activity / ketoreductase activity / prostaglandin F synthase activity / cellular response to prostaglandin stimulus / cellular response to corticosteroid stimulus / macromolecule metabolic process / 15-hydroxyprostaglandin-D dehydrogenase (NADP+) activity / 3beta(or 20alpha)-hydroxysteroid dehydrogenase ...prostaglandin-F synthase / testosterone 17beta-dehydrogenase (NADP+) / prostaglandin D2 11-ketoreductase activity / ketoreductase activity / prostaglandin F synthase activity / cellular response to prostaglandin stimulus / cellular response to corticosteroid stimulus / macromolecule metabolic process / 15-hydroxyprostaglandin-D dehydrogenase (NADP+) activity / 3beta(or 20alpha)-hydroxysteroid dehydrogenase / negative regulation of retinoic acid biosynthetic process / 5alpha-androstane-3beta,17beta-diol dehydrogenase activity / Delta4-3-oxosteroid 5beta-reductase activity / 3alpha(17beta)-hydroxysteroid dehydrogenase (NAD+) / farnesol catabolic process / geranylgeranyl reductase activity / 3alpha-hydroxysteroid 3-dehydrogenase / cellular response to jasmonic acid stimulus / regulation of testosterone biosynthetic process / : / androsterone dehydrogenase activity / testosterone biosynthetic process / 3alpha(or 20beta)-hydroxysteroid dehydrogenase / androstan-3-alpha,17-beta-diol dehydrogenase activity / RA biosynthesis pathway / testosterone dehydrogenase (NAD+) activity / cellular response to prostaglandin D stimulus / Synthesis of bile acids and bile salts via 24-hydroxycholesterol / ketosteroid monooxygenase activity / regulation of retinoic acid receptor signaling pathway / retinal metabolic process / testosterone 17-beta-dehydrogenase (NADP+) activity / progesterone metabolic process / 17beta-estradiol 17-dehydrogenase / Synthesis of Prostaglandins (PG) and Thromboxanes (TX) / estradiol 17-beta-dehydrogenase [NAD(P)+] activity / aldo-keto reductase (NADPH) activity / all-trans-retinol dehydrogenase (NAD+) activity / cyclooxygenase pathway / positive regulation of endothelial cell apoptotic process / prostaglandin H2 endoperoxidase reductase activity / all-trans-retinol dehydrogenase (NADP+) activity / 酸化還元酵素; CH-OHの結合に対し酸化酵素として働く; NAD又はNADPを用いる / daunorubicin metabolic process / doxorubicin metabolic process / oxidoreductase activity, acting on NAD(P)H, quinone or similar compound as acceptor / retinal dehydrogenase activity / bile acid binding / aldose reductase (NADPH) activity / retinoid metabolic process / prostaglandin metabolic process / renal absorption / steroid metabolic process / Synthesis of bile acids and bile salts via 27-hydroxycholesterol / Synthesis of bile acids and bile salts via 7alpha-hydroxycholesterol / Retinoid metabolism and transport / keratinocyte differentiation / cellular response to starvation / cellular response to calcium ion / response to nutrient / male gonad development / positive regulation of reactive oxygen species metabolic process / positive regulation of phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / G protein-coupled receptor signaling pathway / positive regulation of cell population proliferation / extracellular exosome / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Aldo-keto reductase family 1 member C / Aldo/keto reductase family putative active site signature. / Aldo/keto reductase family signature 1. / NADP-dependent oxidoreductase domain / Aldo/keto reductase family signature 2. / Aldo/keto reductase, conserved site / Aldo-keto reductase / NADP-dependent oxidoreductase domain / Aldo/keto reductase family / NADP-dependent oxidoreductase domain superfamily ...Aldo-keto reductase family 1 member C / Aldo/keto reductase family putative active site signature. / Aldo/keto reductase family signature 1. / NADP-dependent oxidoreductase domain / Aldo/keto reductase family signature 2. / Aldo/keto reductase, conserved site / Aldo-keto reductase / NADP-dependent oxidoreductase domain / Aldo/keto reductase family / NADP-dependent oxidoreductase domain superfamily / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETATE ION / NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / Aldo-keto reductase family 1 member C3
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Lovering, A.L. / Ride, J.P. / Bunce, C.M. / Desmond, J.C. / Cummings, S.M. / White, S.A.
引用ジャーナル: Cancer Res. / 年: 2004
タイトル: Crystal structures of prostaglandin D(2) 11-ketoreductase (AKR1C3) in complex with the nonsteroidal anti-inflammatory drugs flufenamic acid and indomethacin.
著者: Lovering, A.L. / Ride, J.P. / Bunce, C.M. / Desmond, J.C. / Cummings, S.M. / White, S.A.
履歴
登録2004年1月7日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02004年3月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月29日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32023年10月25日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Aldo-keto reductase family 1 member C3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,8884
ポリマ－37,9671
非ポリマー9213
水5,296294
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)57.917, 57.917, 206.168
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number154
Space group name H-MP3221

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要素

#1: タンパク質 Aldo-keto reductase family 1 member C3 / AKR1C3 / prostaglandin D2 11-ketoreductase / Prostaglandin F synthase / 3-alpha-HSD-type-2 / 17- ...AKR1C3 / prostaglandin D2 11-ketoreductase / Prostaglandin F synthase / 3-alpha-HSD-type-2 / 17-beta-HSD-type-5


分子量: 37967.355 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / プラスミド: pET21b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: P42330, EC: 1.1.1.213, trans-1,2-dihydrobenzene-1,2-diol dehydrogenase, 17beta-estradiol 17-dehydrogenase
#2: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#3: 化合物 ChemComp-NAP / NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / 2'-MONOPHOSPHOADENOSINE 5'-DIPHOSPHORIBOSE


分子量: 743.405 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H28N7O17P3
#4: 化合物 ChemComp-MPD / (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL / (S)-2-メチル-2,4-ペンタンジオ-ル


分子量: 118.174 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O2 / コメント: 沈殿剤*YM
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 294 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.63 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.19 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.6
詳細: PEG, pH 4.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K
結晶化
*PLUS
pH: 7 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細
16 mg/mlprotein1drop
210 mMpotassium phosphate1droppH7.0
31 mMdithiothreitol1drop
41 mMEDTA1drop
52 mMNADP+1drop
625 %(w/v)PEG40001reservoir
7100 mMsodium citrate1reservoirpH6.0
82.5 %(v/v)MPD1reservoir
9400 mMammonium acetate1reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID29 / 波長: 0.93 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2001年9月30日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.93 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→50 Å / Num. all: 28450 / Num. obs: 24691 / % possible obs: 86.8 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 10 % / Biso Wilson estimate: 21.3 Å2 / Rsym value: 0.092 / Net I/σ(I): 1.7
反射
*PLUS
最高解像度: 2.1 Å / 最低解像度: 51 Å / Num. obs: 23069 / % possible obs: 94.7 % / 冗長度: 10.6 % / Num. measured all: 243584 / Rmerge(I) obs: 0.087
反射 シェル
*PLUS
最高解像度: 2.1 Å / 最低解像度: 2.21 Å / % possible obs: 74.6 % / 冗長度: 1.9 % / Num. unique obs: 2550 / Num. measured obs: 4813 / Rmerge(I) obs: 0.22 / Mean I/σ(I) obs: 2.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.1.24精密化
MOSFLMデータ削減
CCP4(SCALA)データスケーリング
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1IHI

1ihi


解像度: 2→48.8 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.959 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.935 / SU B: 3.639 / SU ML: 0.097 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.159 / ESU R Free: 0.14 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1962 1184 4.8 %RANDOM
Rwork0.15774 ---
obs0.15963 23370 100 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 13.693 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.91 Å20.45 Å20 Å2
2--0.91 Å20 Å2
3----1.36 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→48.8 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2534 0 52 302 2888
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0090.0212655
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.022379
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2331.993602
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.79735564
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.9355315
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0730.2393
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.022884
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.02515
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.1980.2538
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.2310.22808
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0810.21432
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1520.2232
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1520.24
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.2550.232
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1260.221
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.4971.51588
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.95822567
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.5531067
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.6354.51035
LS精密化 シェル解像度: 2→2.052 Å / Total num. of bins used: 20 /
Rfactor反射数
Rfree0.313 28
Rwork0.257 665
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 36.507 Å / Origin y: -20.494 Å / Origin z: 49.263 Å
111213212223313233
T0.0091 Å20.0143 Å2-0.0028 Å2-0.0227 Å2-0.0063 Å2--0.0748 Å2
L0.5242 °20.0321 °20.1646 °2-0.7171 °20.3806 °2--1.0253 °2
S-0.0168 Å °0.027 Å °-0.005 Å °-0.0211 Å °-0.0003 Å °-0.0228 Å °-0.0465 Å °-0.0286 Å °0.0171 Å °
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1AA6 - 3216 - 321
2X-RAY DIFFRACTION1AC10011
3X-RAY DIFFRACTION1AB - D2001 - 20021
精密化
*PLUS
最高解像度: 2.1 Å / 最低解像度: 51 Å / % reflection Rfree: 5 % / Rfactor Rfree: 0.196 / Rfactor Rwork: 0.158
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_d0.009
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_deg1.2

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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