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- PDB-1s1f: Crystal Structure of Streptomyces Coelicolor A3(2) CYP158A2 from ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1s1f
タイトルCrystal Structure of Streptomyces Coelicolor A3(2) CYP158A2 from antibiotic biosynthetic pathways
要素putative cytochrome P450
キーワードOXIDOREDUCTASE / streptomyces / Cytochrome P450 oxidoreductase / CYP158A2 / antibiotic biosynthesis
機能・相同性
機能・相同性情報


biflaviolin synthase / pigment metabolic process / oxidoreductase activity, acting on paired donors, with incorporation or reduction of molecular oxygen / cholest-4-en-3-one 26-monooxygenase activity / steroid hydroxylase activity / cholesterol catabolic process / monooxygenase activity / iron ion binding / heme binding
類似検索 - 分子機能
Cytochrome P450, B-class / Cytochrome p450 / Cytochrome P450 / Cytochrome P450, conserved site / Cytochrome P450 cysteine heme-iron ligand signature. / Cytochrome P450 / Cytochrome P450 superfamily / Cytochrome P450 / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / : / MALONIC ACID / 4-PHENYL-1H-IMIDAZOLE / : / Biflaviolin synthase CYP158A2
類似検索 - 構成要素
生物種Streptomyces coelicolor (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / combination with MAD phase, SIR phase / 解像度: 1.5 Å
データ登録者Zhao, B. / Lamb, D.C. / Lei, L. / Sundaramoorthy, M. / Podust, L.M. / Waterman, M.R.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2005
タイトル: Binding of Two Flaviolin Substrate Molecules, Oxidative Coupling, and Crystal Structure of Streptomyces coelicolor A3(2) Cytochrome P450 158A2
著者: Zhao, B. / Guengerich, F.P. / Bellamine, A. / Lamb, D.C. / Izumikawa, M. / Lei, L. / Podust, L.M. / Sundaramoorthy, M. / Kalaitzis, J.A. / Reddy, L.M. / Kelly, S.L. / Moore, B.S. / Stec, D. / ...著者: Zhao, B. / Guengerich, F.P. / Bellamine, A. / Lamb, D.C. / Izumikawa, M. / Lei, L. / Podust, L.M. / Sundaramoorthy, M. / Kalaitzis, J.A. / Reddy, L.M. / Kelly, S.L. / Moore, B.S. / Stec, D. / Voehler, M. / Falck, J.R. / Shimada, T. / Waterman, M.R.
履歴
登録2004年1月6日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02005年1月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月29日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.32015年4月29日Group: Non-polymer description
改定 1.42017年10月11日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.classification / _software.name
改定 1.52024年2月14日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: putative cytochrome P450
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,0808
ポリマ－44,6181
非ポリマー1,4627
水5,873326
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)54.250, 65.553, 104.245
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 putative cytochrome P450 / Cytochrome P450 CYP158A2


分子量: 44617.715 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Streptomyces coelicolor (バクテリア)
株: A3(2) / プラスミド: pET17b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): HMS174(DE3) / 参照: GenBank: 21219717, UniProt: Q9FCA6*PLUS

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非ポリマー , 6種, 333分子

#2: 化合物 ChemComp-HG / MERCURY (II) ION


分子量: 200.590 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Hg
#3: 化合物 ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME


分子量: 616.487 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H32FeN4O4
#4: 化合物 ChemComp-PIM / 4-PHENYL-1H-IMIDAZOLE / 4-フェニル-1H-イミダゾ-ル


分子量: 144.173 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C9H8N2
#5: 化合物 ChemComp-MLA / MALONIC ACID / DICARBOXYLIC ACID C3 / PROPANEDIOLIC ACID / METHANEDICARBOXYLIC ACID / マロン酸


分子量: 104.061 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H4O4
#6: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 326 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 3

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.08 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.79 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6
詳細: sodium, malonic acid, glycerol, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K

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データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
12001
22001
32001
1,2,31
放射光源
由来サイトビームラインタイプID波長 (Å)
シンクロトロンAPS 22-ID10.9975,1.0055,1.0090
回転陽極RIGAKU RU20021.5418
シンクロトロンAPS 22-ID31.6513,1.72,1.741
検出器
タイプID検出器日付
BRUKER PROTEUM 3001CCD2002年10月26日
RIGAKU RAXIS2IMAGE PLATE2002年9月28日
BRUKER PROTEUM 3003CCD2003年3月18日
放射
IDモノクロメータープロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1Si 220 CHANNELMADMx-ray1
2GRAPHITESINGLE WAVELENGTHMx-ray1
3Si 220 CHANNELMADMx-ray1
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.99751
21.00551
31.0091
41.54181
51.65131
61.721
71.7411
反射解像度: 1.5→29.26 Å / Num. all: 60354 / Num. obs: 55989 / % possible obs: 92.5 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 25.8 % / Biso Wilson estimate: 21 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.067 / Rsym value: 0.059 / Net I/σ(I): 27.6
反射 シェル解像度: 1.5→1.55 Å / 冗長度: 5.6 % / Rmerge(I) obs: 0.63 / Mean I/σ(I) obs: 1.5 / Num. unique all: 5098 / Rsym value: 0.76 / % possible all: 85.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNS1.1精密化
MAR345データ収集
SCALEPACKデータスケーリング
SOLVEV. 2.03位相決定
精密化構造決定の手法: combination with MAD phase, SIR phase
解像度: 1.5→29.26 Å / Rfactor Rfree error: 0.003 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.216 5513 10.2 %RANDOM
Rwork0.202 ---
all0.203 60283 --
obs0.203 54123 89.7 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 47.8372 Å2 / ksol: 0.379164 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 22.9 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.07 Å20 Å20 Å2
2---1.27 Å20 Å2
3---0.2 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.2 Å0.18 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.16 Å0.12 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.5→29.26 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3053 0 76 326 3455
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.007
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.2
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d21.2
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.92
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.171.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it1.842
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it1.922
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it2.772.5
LS精密化 シェル解像度: 1.5→1.59 Å / Rfactor Rfree error: 0.01 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.289 797 10.2 %
Rwork0.253 7012 -
obs--78.7 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PARAMPROTEIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION2HEM.PARAMHEM.TOP
X-RAY DIFFRACTION3PIMGOLMLA.PARAMPIMGOLMLA.TOP
X-RAY DIFFRACTION4WATER_REP.PARAMWATER_REP.TOP
X-RAY DIFFRACTION5ION.PARAMION.TOP

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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