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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1s0x | ||||||
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タイトル | Crystal structure of the human RORalpha ligand binding domain in complex with cholesterol sulfate at 2.2A | ||||||
![]() | Nuclear receptor ROR-alpha | ||||||
![]() | hormone/growth factor receptor / THREE-LAYERED ALPHA HELICAL SANDWICH / NUCLEAR HORMONE RECEPTOR / ORPHAN RECEPTOR / LIGAND BINDING DOMAIN / hormone-growth factor receptor COMPLEX | ||||||
機能・相同性 | ![]() cGMP metabolic process / cerebellar Purkinje cell differentiation / cerebellar granule cell precursor proliferation / T-helper 17 cell differentiation / ligand-activated transcription factor activity / cellular response to sterol / regulation of steroid metabolic process / muscle cell differentiation / intracellular receptor signaling pathway / positive regulation of circadian rhythm ...cGMP metabolic process / cerebellar Purkinje cell differentiation / cerebellar granule cell precursor proliferation / T-helper 17 cell differentiation / ligand-activated transcription factor activity / cellular response to sterol / regulation of steroid metabolic process / muscle cell differentiation / intracellular receptor signaling pathway / positive regulation of circadian rhythm / oxysterol binding / regulation of smoothened signaling pathway / triglyceride homeostasis / regulation of macrophage activation / negative regulation of fat cell differentiation / regulation of glucose metabolic process / positive regulation of vascular endothelial growth factor production / cellular response to interleukin-1 / negative regulation of canonical NF-kappaB signal transduction / nitric oxide biosynthetic process / RORA activates gene expression / xenobiotic metabolic process / transcription corepressor binding / transcription coregulator binding / cholesterol homeostasis / RNA polymerase II transcription regulatory region sequence-specific DNA binding / circadian regulation of gene expression / Heme signaling / SUMOylation of intracellular receptors / PPARA activates gene expression / beta-catenin binding / transcription coactivator binding / negative regulation of inflammatory response / Nuclear Receptor transcription pathway / nuclear receptor activity / Circadian Clock / cellular response to tumor necrosis factor / cellular response to hypoxia / angiogenesis / Interleukin-4 and Interleukin-13 signaling / sequence-specific DNA binding / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / DNA-binding transcription factor activity / regulation of DNA-templated transcription / chromatin / nucleolus / regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of DNA-templated transcription / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / DNA binding / zinc ion binding / nucleoplasm / nucleus 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Kallen, J. / Schlaeppi, J.M. / Bitsch, F. / Delhon, I. / Fournier, B. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Crystal structure of the human RORalpha Ligand binding domain in complex with cholesterol sulfate at 2.2 A 著者: Kallen, J. / Schlaeppi, J.M. / Bitsch, F. / Delhon, I. / Fournier, B. #1: ![]() タイトル: X-ray structure of the hRORalpha LBD at 1.63A: Structural and functional data that cholesterol or a cholesterol derivative is the natural ligand of RORalpha 著者: Kallen, J. / Schlaeppi, J.-M. / Bitsch, F. / Geisse, S. / Geiser, M. / Delhon, I. / Fournier, B. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 73.2 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 52.5 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 679.8 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 683.4 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 14.9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 21.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 1n83S S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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詳細 | Biological assembly is monomer |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 31514.279 Da / 分子数: 1 / 断片: ligand binding domain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() 発現宿主: ![]() ![]() 株 (発現宿主): SF9 / 参照: UniProt: P35398 |
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#2: 化合物 | ChemComp-C3S / |
#3: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.78 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.39 % | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: PEG 4000, magnesium chloride, Tris, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 温度: 4 ℃ / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2002年10月17日 |
放射 | モノクロメーター: SAGITALLY FOCUSED Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.92 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.2→20 Å / Num. all: 16541 / Num. obs: 16541 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.5 % / Biso Wilson estimate: 32.9 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.079 / Rsym value: 0.079 / Net I/σ(I): 16.2 |
反射 シェル | 解像度: 2.2→2.28 Å / % possible all: 99.4 |
反射 | *PLUS 最低解像度: 20 Å / Num. measured all: 57993 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 99.4 % |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: PDB ENTRY 1N83 解像度: 2.2→20 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.95 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.95 / SU B: 6.909 / SU ML: 0.176 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.271 / ESU R Free: 0.181 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 35.919 Å2
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Refine analyze | Luzzati coordinate error free: 0.181 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.2→20 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.2→2.256 Å / Total num. of bins used: 20 /
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ソフトウェア | *PLUS バージョン: 5 / 分類: refinement | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS 最低解像度: 20 Å / % reflection Rfree: 5 % / Rfactor Rfree: 0.219 / Rfactor Rwork: 0.194 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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