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- PDB-1n83: Crystal Structure of the complex between the Orphan Nuclear Hormo... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1n83
タイトルCrystal Structure of the complex between the Orphan Nuclear Hormone Receptor ROR(alpha)-LBD and Cholesterol
要素Nuclear receptor ROR-alpha
キーワードLIPID BINDING PROTEIN / three-layered alpha helical sandwich / receptor / transcription regulation / nuclear protein / DNA binding
機能・相同性
機能・相同性情報


cGMP metabolic process / cerebellar Purkinje cell differentiation / cerebellar granule cell precursor proliferation / cellular response to sterol / T-helper 17 cell differentiation / regulation of steroid metabolic process / ligand-modulated transcription factor activity / positive regulation of circadian rhythm / oxysterol binding / regulation of smoothened signaling pathway ...cGMP metabolic process / cerebellar Purkinje cell differentiation / cerebellar granule cell precursor proliferation / cellular response to sterol / T-helper 17 cell differentiation / regulation of steroid metabolic process / ligand-modulated transcription factor activity / positive regulation of circadian rhythm / oxysterol binding / regulation of smoothened signaling pathway / muscle cell differentiation / triglyceride homeostasis / regulation of macrophage activation / negative regulation of fat cell differentiation / regulation of glucose metabolic process / cellular response to interleukin-1 / positive regulation of vascular endothelial growth factor production / intracellular receptor signaling pathway / negative regulation of canonical NF-kappaB signal transduction / : / nitric oxide biosynthetic process / xenobiotic metabolic process / cholesterol homeostasis / transcription coregulator binding / transcription corepressor binding / RNA polymerase II transcription regulatory region sequence-specific DNA binding / SUMOylation of intracellular receptors / circadian regulation of gene expression / Heme signaling / transcription coactivator binding / PPARA activates gene expression / beta-catenin binding / Nuclear Receptor transcription pathway / negative regulation of inflammatory response / nuclear receptor activity / : / cellular response to tumor necrosis factor / Interleukin-4 and Interleukin-13 signaling / angiogenesis / cellular response to hypoxia / sequence-specific DNA binding / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / DNA-binding transcription factor activity / regulation of DNA-templated transcription / regulation of transcription by RNA polymerase II / chromatin / positive regulation of DNA-templated transcription / nucleolus / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / DNA binding / zinc ion binding / nucleoplasm / nucleus
類似検索 - 分子機能
Nuclear receptor ROR / Retinoid-related orphan receptors, DNA-binding domain / Retinoid X Receptor / Retinoid X Receptor / Nuclear hormone receptor / Nuclear hormones receptors DNA-binding region signature. / Zinc finger, nuclear hormone receptor-type / Double treble clef zinc finger, C4 type / Nuclear hormone receptors DNA-binding domain profile. / c4 zinc finger in nuclear hormone receptors ...Nuclear receptor ROR / Retinoid-related orphan receptors, DNA-binding domain / Retinoid X Receptor / Retinoid X Receptor / Nuclear hormone receptor / Nuclear hormones receptors DNA-binding region signature. / Zinc finger, nuclear hormone receptor-type / Double treble clef zinc finger, C4 type / Nuclear hormone receptors DNA-binding domain profile. / c4 zinc finger in nuclear hormone receptors / Nuclear hormone receptor, ligand-binding domain / Nuclear hormone receptor-like domain superfamily / Ligand-binding domain of nuclear hormone receptor / Nuclear receptor (NR) ligand-binding (LBD) domain profile. / Ligand binding domain of hormone receptors / Zinc finger, NHR/GATA-type / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
CHOLESTEROL / Nuclear receptor ROR-alpha
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単一同系置換・異常分散 / 解像度: 1.63 Å
データ登録者Kallen, J.A. / Schlaeppi, J.M. / Bitsch, F. / Geisse, S. / Geiser, M. / Delhon, I. / Fournier, B.
引用ジャーナル: Structure / 年: 2002
タイトル: X-ray Structure of hROR(alpha) LBD at 1.63A: Structural and Functional data that Cholesterol or a Cholesterol derivative is the natural ligand of ROR(alpha)
著者: Kallen, J.A. / Schlaeppi, J.M. / Bitsch, F. / Geisse, S. / Geiser, M. / Delhon, I. / Fournier, B.
履歴
登録2002年11月19日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02002年12月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月28日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年2月14日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Nuclear receptor ROR-alpha
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,9012
ポリマ－31,5141
非ポリマー3871
水7,548419
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)54.800, 49.700, 60.500
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 98.40, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Nuclear receptor ROR-alpha / nuclear receptor RZR-alpha


分子量: 31514.279 Da / 分子数: 1 / 断片: Ligand Binding Domain, residues 304-556 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト)
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
株 (発現宿主): Sf9 / 参照: UniProt: P35398
#2: 化合物 ChemComp-CLR / CHOLESTEROL / コレステロ-ル


分子量: 386.654 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C27H46O
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 419 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.32 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.5 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: PEG 4000, sodium acetate, hepes, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
結晶化
*PLUS
温度: 20 ℃ / pH: 8.4
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細化学式
1100 mMTris-HCl1reservoirpH8.4
219 %PEG60001reservoir
30.2 M1reservoirCaCl2

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データ収集

回折平均測定温度: 105 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: BM1A / 波長: 0.8727 Å
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2001年8月30日
放射モノクロメーター: Si Channel / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.8727 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.63→15 Å / Num. all: 38783 / Num. obs: 38783 / % possible obs: 95.36 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.65 % / Biso Wilson estimate: 22.1 Å2 / Rsym value: 0.04 / Net I/σ(I): 32
反射 シェル解像度: 1.63→1.69 Å / 冗長度: 2.5 % / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / Num. unique all: 2775 / Rsym value: 0.433 / % possible all: 67.3
反射
*PLUS
Num. measured all: 141730 / Rmerge(I) obs: 0.04

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
MLPHARE位相決定
REFMAC5精密化
精密化構造決定の手法: 単一同系置換・異常分散 / 解像度: 1.63→15 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.956 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.945 / SU B: 2.74 / SU ML: 0.095 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.104 / ESU R Free: 0.098 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.22277 1913 5 %RANDOM
Rwork0.20067 ---
all0.2018 38477 --
obs0.2018 36564 95.36 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 22.739 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.33 Å20 Å2-0.61 Å2
2---0.12 Å20 Å2
3----1.39 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.63→15 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2066 0 28 419 2513
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0090.0212141
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.021917
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.1351.9642890
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.65134474
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg3.2983250
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.13215411
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0680.2323
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.022308
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.02431
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2410.3582
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.1930.31962
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1970.5244
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other0.060.52
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1980.313
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.2540.349
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1530.516
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.6941.51252
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.3522023
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.0863889
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.4294.5867
LS精密化 シェル解像度: 1.63→1.672 Å / Total num. of bins used: 20 /
Rfactor反射数
Rfree0.297 112
Rwork0.26 2276
精密化
*PLUS
最低解像度: 15 Å / Num. reflection obs: 36570 / Num. reflection Rfree: 1907 / % reflection Rfree: 5 % / Rfactor Rfree: 0.23 / Rfactor Rwork: 0.199
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_d0.009
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_deg1.11

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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