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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1s0u | ||||||
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タイトル | eIF2gamma apo | ||||||
要素 | Translation initiation factor 2 gamma subunit | ||||||
キーワード | TRANSLATION (翻訳 (生物学)) / translation initiation / GTPase (GTPアーゼ) / EF-1A / tRNA (転移RNA) / eIF2 | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 protein-synthesizing GTPase / formation of translation preinitiation complex / positive regulation of translational fidelity / translation elongation factor activity / translation initiation factor activity / GTPase activity / GTP binding / metal ion binding / 細胞質基質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Methanocaldococcus jannaschii (メタン生成菌) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.4 Å | ||||||
データ登録者 | Roll-Mecak, A. / Alone, P. / Cao, C. / Dever, T.E. / Burley, S.K. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2004 タイトル: X-ray Structure of Translation Initiation Factor eIF2gamma: IMPLICATIONS FOR tRNA AND eIF2alpha BINDING. 著者: Roll-Mecak, A. / Alone, P. / Cao, C. / Dever, T.E. / Burley, S.K. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1s0u.cif.gz | 85.4 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1s0u.ent.gz | 66.4 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1s0u.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/s0/1s0u ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/s0/1s0u | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 44151.051 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Methanocaldococcus jannaschii (メタン生成菌) 遺伝子: EIF2G, MJ1261 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q58657 |
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#2: 化合物 | ChemComp-ZN / |
#3: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.33 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.1 % | ||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 100mM Hepes, 10% PEG 6K, 5% v/v methyl pentanediol, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K | ||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 | ||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 108 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 31-ID / 波長: 0.97884 Å |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2001年12月15日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97884 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.4→22 Å / Num. obs: 15988 / % possible obs: 98.4 % / Observed criterion σ(F): 2 |
反射 シェル | 解像度: 2.4→2.49 Å / % possible all: 84.2 |
反射 | *PLUS 最低解像度: 22 Å / 冗長度: 6 % / Rmerge(I) obs: 0.058 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 84.2 % / Rmerge(I) obs: 0.171 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.4→22 Å / σ(F): 2 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.4→22 Å
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精密化 | *PLUS 最低解像度: 22 Å / % reflection Rfree: 10 % | ||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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