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- PDB-1s08: Crystal Structure of the D147N Mutant of 7,8-Diaminopelargonic Ac... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1s08
タイトルCrystal Structure of the D147N Mutant of 7,8-Diaminopelargonic Acid Synthase
要素Adenosylmethionine-8-amino-7-oxononanoate aminotransferase
キーワードTRANSFERASE / Aminotransferase / Fold type I / subclass II / homodimer
機能・相同性
機能・相同性情報


adenosylmethionine-8-amino-7-oxononanoate transaminase / adenosylmethionine-8-amino-7-oxononanoate transaminase activity / biotin biosynthetic process / pyridoxal phosphate binding / protein homodimerization activity / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Adenosylmethionine--8-amino-7-oxononanoate aminotransferase BioA / : / Aminotransferases class-III pyridoxal-phosphate attachment site. / Aminotransferase class-III / Aminotransferase class-III / Aspartate Aminotransferase, domain 1 / Aspartate Aminotransferase, domain 1 / Aspartate Aminotransferase; domain 2 / Type I PLP-dependent aspartate aminotransferase-like (Major domain) / Pyridoxal phosphate-dependent transferase, small domain ...Adenosylmethionine--8-amino-7-oxononanoate aminotransferase BioA / : / Aminotransferases class-III pyridoxal-phosphate attachment site. / Aminotransferase class-III / Aminotransferase class-III / Aspartate Aminotransferase, domain 1 / Aspartate Aminotransferase, domain 1 / Aspartate Aminotransferase; domain 2 / Type I PLP-dependent aspartate aminotransferase-like (Major domain) / Pyridoxal phosphate-dependent transferase, small domain / Pyridoxal phosphate-dependent transferase, major domain / Pyridoxal phosphate-dependent transferase / Alpha-Beta Complex / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Adenosylmethionine-8-amino-7-oxononanoate aminotransferase
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Sandmark, J. / Eliot, A.C. / Famm, K. / Schneider, G. / Kirsch, J.F.
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2004
タイトル: Conserved and nonconserved residues in the substrate binding site of 7,8-diaminopelargonic acid synthase from Escherichia coli are essential for catalysis.
著者: Sandmark, J. / Eliot, A.C. / Famm, K. / Schneider, G. / Kirsch, J.F.
履歴
登録2003年12月30日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02004年3月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月29日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32018年3月7日Group: Advisory / Data collection
カテゴリ: diffrn_source / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / pdbx_unobs_or_zero_occ_residues
Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site
改定 1.42021年10月27日Group: Advisory / Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_struct_conn_angle ...database_2 / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / pdbx_unobs_or_zero_occ_residues / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.52024年4月3日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
Remark 999 The crystallised protein differs from the Swissprot sequence at residue 14. In the Swissprot ... The crystallised protein differs from the Swissprot sequence at residue 14. In the Swissprot sequence number 14 is a tryptophan while in this structure it is a leucin. This is confirmed by DNA sequencing and was also reported for the original wild-type structure (1qj5).

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Adenosylmethionine-8-amino-7-oxononanoate aminotransferase
B: Adenosylmethionine-8-amino-7-oxononanoate aminotransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)95,1214
ポリマ－95,0752
非ポリマー462
水7,242402
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8970 Å2
ΔGint-93 kcal/mol
Surface area27590 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)58.080, 56.527, 120.993
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 96.32, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Adenosylmethionine-8-amino-7-oxononanoate aminotransferase / 7 / 8-diamino-pelargonic acid aminotransferase / DAPA aminotransferase


分子量: 47537.523 Da / 分子数: 2 / 変異: D147N / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: BIOA, B0774 / プラスミド: pT7bioA / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: P12995, adenosylmethionine-8-amino-7-oxononanoate transaminase
#2: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 402 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.08 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.73 %
結晶化温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: PEG4000, MPD, HEPES, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 294K
結晶化
*PLUS
温度: 20 ℃ / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細
126-28 %PEG40001reservoir
29-12 %MPD1reservoir
3100 mMHEPES1reservoirpH7.5
410 mg/mlprotein1drop

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: MAX II / ビームライン: I711 / 波長: 1.1 Å
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2002年11月26日
放射モノクロメーター: Si(111) monochromator crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→20 Å / Num. obs: 48622 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.3 % / Biso Wilson estimate: 26.7 Å2 / Rsym value: 0.089 / Net I/σ(I): 11.8
反射 シェル解像度: 2.1→2.21 Å / 冗長度: 3.3 % / Mean I/σ(I) obs: 2.9 / Rsym value: 0.331 / % possible all: 99.2
反射
*PLUS
最低解像度: 20 Å / Num. obs: 44599 / Num. measured all: 149282 / Rmerge(I) obs: 0.089
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 99.2 % / Rmerge(I) obs: 0.331

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5精密化
MOSFLMデータ削減
CCP4(SCALA)データスケーリング
AMoRE位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: wild-type dimer

解像度: 2.1→20 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.948 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.935 / SU B: 7.139 / SU ML: 0.196 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.23 / ESU R Free: 0.174 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. Residue 133 is located in a flexible surface loop, which is not very well defined in the electron density. This gives rise to the deviations ...詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. Residue 133 is located in a flexible surface loop, which is not very well defined in the electron density. This gives rise to the deviations from the standard geometry.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.22728 2621 5.1 %RANDOM
Rwork0.20161 ---
all0.2029 44599 --
obs0.20294 44599 96.72 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 28.356 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.31 Å20 Å20.74 Å2
2--3.41 Å20 Å2
3----1.93 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.1→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6436 0 2 402 6840
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0130.0216447
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.025909
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6071.9468749
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.6313662
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg3.9093802
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg18.243151108
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1080.2980
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.027142
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0050.021306
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2610.31452
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.2180.35599
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.180.513
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1930.5447
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other0.2120.59
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2970.325
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.3150.348
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.4630.59
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.6451.54053
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.19526492
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.67732394
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.7414.52257
LS精密化 シェル解像度: 2.1→2.17 Å / Total num. of bins used: 20 /
Rfactor反射数
Rfree0.294 194
Rwork0.248 2145
ソフトウェア
*PLUS
バージョン: 5 / 分類: refinement
精密化
*PLUS
最高解像度: 2.1 Å / 最低解像度: 20 Å / Rfactor Rfree: 0.227 / Rfactor Rwork: 0.201
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_d0.013
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_deg1.6

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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