PDB-1ryy: Acetobacter turbidans alpha-amino acid ester hydrolase Y206A mutant

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 1ryy

タイトル

Acetobacter turbidans alpha-amino acid ester hydrolase Y206A mutant

要素

alpha-amino acid ester hydrolase

キーワード

HYDROLASE / alpha/beta hydrolase fold / jellyroll fold

機能・相同性

機能・相同性情報

alpha-amino-acid esterase / alpha-amino-acid esterase activity / dipeptidyl-peptidase activity
類似検索 - 分子機能

生物種

Acetobacter pasteurianus (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.8 Å

データ登録者

Barends, T.R.M.

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2006
タイトル: Acetobacter turbidans {alpha}-Amino Acid Ester Hydrolase: HOW A SINGLE MUTATION IMPROVES AN ANTIBIOTIC-PRODUCING ENZYME.
著者: Barends, T.R.M. / Polderman-Tijmes, J.J. / Jekel, P.A. / Williams, C. / Wybenga, G. / Janssen, D.B. / Dijkstra, B.W.

履歴

登録	2003年12月23日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2005年2月22日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年4月29日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.3	2021年10月27日	Group: Database references / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.4	2024年2月14日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / struct_ncs_dom_lim Item: _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	1ryy.cif.gz	815 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb1ryy.ent.gz	663.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	1ryy.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	1ryy_validation.pdf.gz	510.1 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	1ryy_full_validation.pdf.gz	556.6 KB	表示
XML形式データ	1ryy_validation.xml.gz	137.7 KB	表示
CIF形式データ	1ryy_validation.cif.gz	195 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ry/1ryy ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ry/1ryy	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1nx9C 2b4kC 2b9vC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	2b9v-2 2b9v-1 1nx9-d 2b9v-3 2b9v-4 2b4k-d 1mpx-d 4rz1-3 3vyf-3 3x2r-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: alpha-amino acid ester hydrolase

B: alpha-amino acid ester hydrolase

C: alpha-amino acid ester hydrolase

D: alpha-amino acid ester hydrolase

E: alpha-amino acid ester hydrolase

F: alpha-amino acid ester hydrolase

G: alpha-amino acid ester hydrolase

H: alpha-amino acid ester hydrolase

583 kDa, 8 ポリマー
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1

A: alpha-amino acid ester hydrolase

B: alpha-amino acid ester hydrolase

C: alpha-amino acid ester hydrolase

D: alpha-amino acid ester hydrolase

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
291 kDa, 4 ポリマー
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2

E: alpha-amino acid ester hydrolase

F: alpha-amino acid ester hydrolase

G: alpha-amino acid ester hydrolase

H: alpha-amino acid ester hydrolase

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
291 kDa, 4 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	91.649, 177.513, 169.967
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 91.03, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:
NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1 / Refine code: 1

Dom-ID	Component-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	HIS	HIS	ASP	ASP	A	A	50 - 60	10 - 20
2	1	HIS	HIS	ASP	ASP	B	B	50 - 60	10 - 20
3	1	HIS	HIS	ASP	ASP	C	C	50 - 60	10 - 20
4	1	HIS	HIS	ASP	ASP	D	D	50 - 60	10 - 20
5	1	HIS	HIS	ASP	ASP	E	E	50 - 60	10 - 20
6	1	HIS	HIS	ASP	ASP	F	F	50 - 60	10 - 20
7	1	HIS	HIS	ASP	ASP	G	G	50 - 60	10 - 20
8	1	HIS	HIS	ASP	ASP	H	H	50 - 60	10 - 20
9	2	GLN	GLN	LEU	LEU	A	A	71 - 90	31 - 50
10	2	GLN	GLN	LEU	LEU	B	B	71 - 90	31 - 50
11	2	GLN	GLN	LEU	LEU	C	C	71 - 90	31 - 50
12	2	GLN	GLN	LEU	LEU	D	D	71 - 90	31 - 50
13	2	GLN	GLN	LEU	LEU	E	E	71 - 90	31 - 50
14	2	GLN	GLN	LEU	LEU	F	F	71 - 90	31 - 50
15	2	GLN	GLN	LEU	LEU	G	G	71 - 90	31 - 50
16	2	GLN	GLN	LEU	LEU	H	H	71 - 90	31 - 50
17	3	THR	THR	HIS	HIS	A	A	110 - 455	70 - 415
18	3	THR	THR	HIS	HIS	B	B	110 - 455	70 - 415
19	3	THR	THR	HIS	HIS	C	C	110 - 455	70 - 415
20	3	THR	THR	HIS	HIS	D	D	110 - 455	70 - 415
21	3	THR	THR	HIS	HIS	E	E	110 - 455	70 - 415
22	3	THR	THR	HIS	HIS	F	F	110 - 455	70 - 415
23	3	THR	THR	HIS	HIS	G	G	110 - 455	70 - 415
24	3	THR	THR	HIS	HIS	H	H	110 - 455	70 - 415
25	4	TYR	TYR	LYS	LYS	A	A	470 - 666	430 - 626
26	4	TYR	TYR	LYS	LYS	B	B	470 - 666	430 - 626
27	4	TYR	TYR	LYS	LYS	C	C	470 - 666	430 - 626
28	4	TYR	TYR	LYS	LYS	D	D	470 - 666	430 - 626
29	4	TYR	TYR	LYS	LYS	E	E	470 - 666	430 - 626
30	4	TYR	TYR	LYS	LYS	F	F	470 - 666	430 - 626
31	4	TYR	TYR	LYS	LYS	G	G	470 - 666	430 - 626
32	4	TYR	TYR	LYS	LYS	H	H	470 - 666	430 - 626

#1: タンパク質	alpha-amino acid ester hydrolase 分子量: 72855.375 Da / 分子数: 8 / 断片: Alpha-amino acid ester hydrolase / 変異: Y206A / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Acetobacter pasteurianus (バクテリア) 遺伝子: aeha / プラスミド: pBADAtY206AmycHis / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): TOP10 / 参照: UniProt: Q8VRK8, alpha-amino-acid esterase
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 321 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

#1: タンパク質

alpha-amino acid ester hydrolase

分子量: 72855.375 Da / 分子数: 8 / 断片: Alpha-amino acid ester hydrolase / 変異: Y206A / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Acetobacter pasteurianus (バクテリア)
遺伝子: aeha / プラスミド: pBADAtY206AmycHis / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): TOP10 / 参照: UniProt: Q8VRK8, alpha-amino-acid esterase

#2: 水

ChemComp-HOH / water

分子量: 18.015 Da / 分子数: 321 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.37 Å³/Da / 溶媒含有率: 48.1 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.6 詳細: Sodium acetate, PEG 4000, ammonium acetate, pH 4.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-4 / 波長: 0.9393 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2002年9月2日
放射	モノクロメーター: SI crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9393 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.8→40 Å / Num. all: 134932 / Num. obs: 134932 / % possible obs: 99.4 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / R_sym value: 0.066 / Net I/σ(I): 17.2
反射シェル	解像度: 2.8→2.9 Å / Mean I/σ(I) obs: 6.9 / R_sym value: 0.184 / % possible all: 99.6

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.1.19	精密化
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
AMoRE		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.8→15 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.918 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.898 / SU B: 14.779 / SU ML: 0.286 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 1.309 / ESU R Free: 0.376 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: TLS REFINEMENT EMPLOYED. The density for residues 66-70 in each of the monomers was not clear. Thus these residues have not been modelled.

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.23587	6623	5 %	RANDOM
R_work	0.20972	-	-	-
all	0.21104	125204	-	-
obs	0.21104	125204	99.45 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 19.549 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.26 Å²	0 Å²	-0.2 Å²
2-	-	4.51 Å²	0 Å²
3-	-	-	-4.25 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.8→15 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	38688	0	0	321	39009

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.003	0.021	39936
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.271	1.928	54528
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	0.518	5	4880
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.122	0.2	5656
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.001	0.02	31776
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.154	0.3	16941
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.096	0.5	506
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.144	0.3	65
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.189	0.5	5

Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / 数: 4559 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: tight positional / Weight position: 0.05

Dom-ID	Auth asym-ID	Rms dev position (Å)
1	A	0.08
2	B	0.08
3	C	0.07
4	D	0.07
5	E	0.07
6	F	0.07
7	G	0.07
8	H	0.07

LS精密化シェル

解像度: 2.8→2.87 Å / Total num. of bins used: 20 /

	R_factor	反射数
R_free	0.344	463
R_work	0.287	9034

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.4582	0.072	-0.0421	0.7418	-0.2178	0.5982	0.0287	0.0747	-0.0646	-0.0354	0.027	0.0835	0.0579	-0.0388	-0.0557	0.1353	-0.0066	-0.0253	0.0377	-0.0105	0.1369	-8.3098	-15.3156	57.9637
2	0.6572	-0.213	0.2971	0.851	-0.1474	0.7251	0.0071	-0.1459	0.0977	0.0814	0.0121	0.1054	-0.0449	-0.1154	-0.0193	0.1513	-0.0279	0.0584	0.0364	-0.0181	0.164	-10.905	11.789	98.241
3	0.8183	-0.0493	-0.1425	0.666	0.1487	0.9509	0.0688	-0.0804	-0.1327	0.0513	0.0152	-0.1434	0.1163	0.2024	-0.084	0.1765	0.014	-0.0635	0.0273	0.013	0.1858	28.039	-19.295	90.454
4	0.5839	0.0811	0.1393	0.6118	0.2071	0.9462	0.0143	0.0667	0.2007	-0.0155	0.0494	-0.0638	-0.1427	0.1803	-0.0637	0.1434	-0.0735	0.0639	0.0533	0.0209	0.2121	24.094	22.545	65.703
5	0.7242	-0.0179	-0.1193	1.0549	-0.1367	0.6592	-0.093	-0.2517	-0.0195	0.2264	0.1556	0.1917	-0.0678	-0.1894	-0.0626	0.2575	0.0622	0.0795	0.6428	0.1295	0.2179	37.342	57.906	24.054
6	0.8088	0.0586	-0.1153	0.9379	-0.1684	0.7466	-0.0133	-0.0071	-0.1376	-0.1181	0.085	0.1587	0.1698	-0.3476	-0.0717	0.1987	-0.1125	-0.0251	0.5373	0.0956	0.1639	39.077	63.171	-24.306
7	0.5223	-0.0829	0.0137	0.592	-0.3402	1.3929	-0.0181	-0.2106	0.1305	0.1735	0.0501	-0.0685	-0.1446	-0.051	-0.032	0.2095	0.0246	-0.006	0.3352	-0.05	0.179	73.599	84.861	5.25
8	0.7531	0.0829	-0.3746	0.7757	-0.2681	1.0698	-0.1622	-0.1226	-0.2328	-0.1128	0.0369	-0.0971	0.1743	0.0472	0.1253	0.2724	-0.0373	0.0731	0.3024	0.0827	0.2837	74.29	36.651	-2.929

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	A	50 - 666	10 - 626
2	X-RAY DIFFRACTION	2	B	B	50 - 666	10 - 626
3	X-RAY DIFFRACTION	3	C	C	50 - 666	10 - 626
4	X-RAY DIFFRACTION	4	D	D	50 - 666	10 - 626
5	X-RAY DIFFRACTION	5	E	E	50 - 666	10 - 626
6	X-RAY DIFFRACTION	6	F	F	50 - 666	10 - 626
7	X-RAY DIFFRACTION	7	G	G	50 - 666	10 - 626
8	X-RAY DIFFRACTION	8	H	H	50 - 666	10 - 626

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関連情報:EMDBヘッダ

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