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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1ryl | ||||||
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タイトル | The Crystal Structure of a Protein of Unknown Function YfbM from Escherichia coli | ||||||
![]() | Hypothetical protein yfbM | ||||||
![]() | STRUCTURAL GENOMICS / UNKNOWN FUNCTION / PSI / Protein Structure Initiative / Midwest Center for Structural Genomics / MCSG | ||||||
機能・相同性 | YfbM-like super family / Protein of unknown function DUF1877 / YfbM-like super family / Domain of unknown function (DUF1877) / Hypothetical protein yfbM fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta / Protein YfbM![]() | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Zhang, R. / Evdokimova, E. / Savchenko, A. / Edwards, A. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG) | ||||||
![]() | ![]() タイトル: 1.6A crystal structure of a hypothetical protein yfbM from E. coli 著者: Zhang, R. / Evdokimova, E. / Savchenko, A. / Edwards, A. / Joachimiak, A. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 77.1 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 58.8 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 431.8 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 437.7 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 16.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 23.7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
類似構造データ | |
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その他のデータベース |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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単位格子 |
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詳細 | The biological assembly is a monomer. MolA and MolB represent two molecules in asymmetric unit. |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 19040.639 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() #2: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.17 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.32 % |
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 詳細: 0.2 M MgCl2, 0.1 M HEPES, 30%PEG3350, 8% Ethanol, pH 7, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K | ||||||||||||
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() | ||||||||||||
検出器 | タイプ: SBC-2 / 検出器: CCD / 日付: 2003年12月12日 / 詳細: mirrors | ||||||||||||
放射 | モノクロメーター: Si 111 CHANNEL / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | ||||||||||||
放射波長 |
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反射 | 解像度: 1.6→50 Å / Num. all: 84444 / Num. obs: 78702 / % possible obs: 93.2 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 4 / 冗長度: 2.37 % / Biso Wilson estimate: 17.2 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.055 / Net I/σ(I): 15.85 | ||||||||||||
反射 シェル | 解像度: 1.6→1.66 Å / 冗長度: 1.3 % / Rmerge(I) obs: 0.372 / Mean I/σ(I) obs: 1.223 / Num. unique all: 4690 / % possible all: 55.5 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]()
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 57.6538 Å2 / ksol: 0.410761 e/Å3 | |||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 22.3 Å2
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.6→30.23 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.6→1.7 Å / Rfactor Rfree error: 0.019 / Total num. of bins used: 6
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Xplor file |
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