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- PDB-1ryi: STRUCTURE OF GLYCINE OXIDASE WITH BOUND INHIBITOR GLYCOLATE -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1ryi
タイトルSTRUCTURE OF GLYCINE OXIDASE WITH BOUND INHIBITOR GLYCOLATE
要素GLYCINE OXIDASE
キーワードOXIDOREDUCTASE / FLAVOPROTEIN / OXIDASE / PROTEIN-INHIBITOR COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


glycine oxidase / glycine oxidase activity / thiamine biosynthetic process / thiamine diphosphate biosynthetic process / amino acid metabolic process / response to herbicide / FAD binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Glycine oxidase ThiO / FAD dependent oxidoreductase / FAD dependent oxidoreductase / D-Amino Acid Oxidase, subunit A, domain 2 / D-Amino Acid Oxidase; Chain A, domain 2 / FAD/NAD(P)-binding domain / FAD/NAD(P)-binding domain / 3-Layer(bba) Sandwich / FAD/NAD(P)-binding domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / GLYCOLIC ACID / Glycine oxidase
類似検索 - 構成要素
生物種Bacillus subtilis (枯草菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多重同系置換 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Moertl, M. / Diederichs, K. / Welte, W. / Pollegioni, L. / Molla, G. / Motteran, L. / Andriolo, G. / Pilone, M.S.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2004
タイトル: Structure-function correlation in glycine oxidase from Bacillus subtilis
著者: Moertl, M. / Diederichs, K. / Welte, W. / Molla, G. / Motteran, L. / Andriolo, G. / Pilone, M.S. / Pollegioni, L.
履歴
登録2003年12月22日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02005年2月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月29日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32017年10月11日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 2.02023年11月15日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: atom_site / chem_comp_atom ...atom_site / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id ..._atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: GLYCINE OXIDASE
B: GLYCINE OXIDASE
C: GLYCINE OXIDASE
D: GLYCINE OXIDASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)173,99312
ポリマ－170,5474
非ポリマー3,4468
水18,8441046
1
A: GLYCINE OXIDASE
B: GLYCINE OXIDASE
ヘテロ分子

A: GLYCINE OXIDASE
B: GLYCINE OXIDASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)173,99312
ポリマ－170,5474
非ポリマー3,4468
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_577x,-y+2,-z+21
2
C: GLYCINE OXIDASE
D: GLYCINE OXIDASE
ヘテロ分子

C: GLYCINE OXIDASE
D: GLYCINE OXIDASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)173,99312
ポリマ－170,5474
非ポリマー3,4468
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation3_556-x,y,-z+3/21
単位格子
Length a, b, c (Å)73.713, 218.765, 217.800
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Cell settingorthorhombic
Space group name H-MC2221
詳細THE BIOLOGICAL ASSEMBLY IS A TETRAMER. THERE ARE TWO DIFFERENT TETRAMERS IN THE CRYSTAL. THE SECOND PART OF THE FIRST TETRAMER, WICH IS COMPOSED OF CHAIN A AND B AND IT'S SYMMETRY EQUIVALENTS, IS GENERATED BY THE TWO FOLD AXIS x, -y+2, -z+2. THE SECOND PART OF THE SECOND TETRAMER, WICH IS COMPOSED OF CHAIN C AND D AND IT'S SYMMETRY EQUIVALENTS, IS GENERATED BY THE TWO FOLD AXIS -x, y, -z+3/2.

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要素

#1: タンパク質
GLYCINE OXIDASE / E.C.1.4.3.19


分子量: 42636.719 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bacillus subtilis (枯草菌) / 遺伝子: GOXB, BSU11670 / プラスミド: PT7 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Bl21 (DE3) pLYS / 参照: UniProt: O31616, glycine oxidase
#2: 化合物
ChemComp-FAD / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / FAD


分子量: 785.550 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C27H33N9O15P2 / コメント: FAD*YM
#3: 化合物
ChemComp-GOA / GLYCOLIC ACID / HYDROXYACETIC ACID / HYDROXYETHANOIC ACID / グリコ-ル酸


分子量: 76.051 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H4O3
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1046 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.46 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.5 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.2
詳細: 10% w/v PEG 1000, 100 mM Imidazole, 200 mM Ca-Acetate, 30 mM Sodium-Glycolate, pH 8.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SRS / ビームライン: PX9.6 / 波長: 0.97934 Å
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2003年2月28日
放射モノクロメーター: Si / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97934 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→19.92 Å / Num. all: 159578 / Num. obs: 159578 / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0
反射 シェル解像度: 1.8→1.9 Å / % possible all: 96.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MAR345データ収集
XDSデータ削減
SOLVE位相決定
REFMAC5.1.25精密化
XDSデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 多重同系置換 / 解像度: 1.8→19.92 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.963 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.948 / SU B: 2.782 / SU ML: 0.084 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.116 / ESU R Free: 0.114 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.21399 8006 5 %RANDOM
Rwork0.17697 ---
obs0.17881 151571 98.31 %-
all-159578 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 25.85 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0 Å20 Å20 Å2
2--0 Å20 Å2
3---0 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.8→19.92 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数11442 0 232 1046 12720
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0110.02111982
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.0210634
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.321.96716230
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.831324742
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.2851464
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0810.21702
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.0213318
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0070.022494
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.1910.22128
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.2360.211752
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.080.26367
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1560.2660
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1210.229
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.2630.2113
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.190.238
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.88947228
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.122611538
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it4.87684754
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it7.174164692
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.8→1.846 Å / Total num. of bins used: 20 /
Rfactor反射数
Rfree0.285 573
Rwork0.254 10746

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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