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- PDB-1rxv: Crystal Structure of A. Fulgidus FEN-1 bound to DNA -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1rxv
タイトルCrystal Structure of A. Fulgidus FEN-1 bound to DNA
要素
  • 5'-d(*T*pA*pG*pC*pA*pT*pC*pG*pG)
  • Flap structure-specific endonuclease
キーワードHYDROLASE/DNA / helical clamp / helix-3 turn-helix / 3' flap binding site / protein-dna complex / dna repair / dna replication / HYDROLASE-DNA COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


5'-flap endonuclease activity / DNA replication, removal of RNA primer / 5'-3' exonuclease activity / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / DNA repair / magnesium ion binding / DNA binding
類似検索 - 分子機能
Flap structure-specific endonuclease, archaea / Flap endonuclease 1 / XPG conserved site / XPG protein signature 1. / XPG/Rad2 endonuclease / XPG, N-terminal / XPG-I domain / XPG N-terminal domain / XPG I-region / Xeroderma pigmentosum G I-region ...Flap structure-specific endonuclease, archaea / Flap endonuclease 1 / XPG conserved site / XPG protein signature 1. / XPG/Rad2 endonuclease / XPG, N-terminal / XPG-I domain / XPG N-terminal domain / XPG I-region / Xeroderma pigmentosum G I-region / Xeroderma pigmentosum G N-region / 5'-nuclease / 5'-3' exonuclease / 5'-3' exonuclease / Helix-hairpin-helix motif, class 2 / Helix-hairpin-helix class 2 (Pol1 family) motifs / 5'-3' exonuclease, C-terminal domain superfamily / PIN-like domain superfamily / 5' to 3' exonuclease, C-terminal subdomain / DNA polymerase; domain 1 / Rossmann fold / Orthogonal Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / Flap endonuclease 1
類似検索 - 構成要素
生物種Archaeoglobus fulgidus (古細菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Chapados, B.R. / Hosfield, D.J. / Han, S. / Qiu, J. / Yelent, B. / Shen, B. / Tainer, J.A.
引用ジャーナル: Cell(Cambridge,Mass.) / 年: 2004
タイトル: Structural Basis for FEN-1 Substrate Specificity and PCNA-Mediated Activation in DNA Replication and Repair
著者: Chapados, B.R. / Hosfield, D.J. / Han, S. / Qiu, J. / Yelent, B. / Shen, B. / Tainer, J.A.
履歴
登録2003年12月18日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02004年1月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月29日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年2月14日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.42024年4月3日Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model
Remark 999SEQUENCE Authors also crystallized the sequence CGATGCTA, however no electron density was seen for ...SEQUENCE Authors also crystallized the sequence CGATGCTA, however no electron density was seen for any of the residues.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
C: 5'-d(*T*pA*pG*pC*pA*pT*pC*pG*pG)
D: 5'-d(*T*pA*pG*pC*pA*pT*pC*pG*pG)
A: Flap structure-specific endonuclease
B: Flap structure-specific endonuclease


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)81,7464
ポリマ－81,7464
非ポリマー00
水00
1
C: 5'-d(*T*pA*pG*pC*pA*pT*pC*pG*pG)
A: Flap structure-specific endonuclease


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)40,8732
ポリマ－40,8732
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
D: 5'-d(*T*pA*pG*pC*pA*pT*pC*pG*pG)
B: Flap structure-specific endonuclease


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)40,8732
ポリマ－40,8732
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)86.843, 86.843, 250.519
Angle α, β, γ (deg.)90, 90, 90
Int Tables number92
Space group name H-MP41212
詳細Each monomer of the dimer in the asymmetric unit represents one complete biological assembly unit.

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要素

#1: DNA鎖 5'-d(*T*pA*pG*pC*pA*pT*pC*pG*pG)


分子量: 2755.823 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: synthetic upstream primer DNA
#2: タンパク質 Flap structure-specific endonuclease


分子量: 38117.398 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Archaeoglobus fulgidus (古細菌) / 遺伝子: FEN, AF0264 / プラスミド: pET11a / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: O29975

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.88 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.29 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.8
詳細: MPEG 5000, sodium acetate, ethylene glycol, pH 4.8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
溶液の組成
ID名称Crystal-IDSol-ID
1MPEG 500011
2sodium acetate11
3ethylene glycol11
結晶化
*PLUS
温度: 21 ℃ / 手法: 蒸気拡散法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細
125 mg/mlprotein1drop
25 %MPEG50001reservoir
3100 mMsodium acetate1reservoirpH4.8
45 %ethylene glycol1reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 14-BM-C / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 1999年9月24日
放射モノクロメーター: Ge(111), conical Si/Rh mirror / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→40 Å / Num. all: 33196 / Num. obs: 33196 / % possible obs: 97.3 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / Rsym value: 0.054
反射 シェル解像度: 2.5→2.59 Å / Rsym value: 0.192 / % possible all: 97.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
AMoRE位相決定
CNS1精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: Model built from 2.5A resolution experimental map. Phases for this map were calculated from a four-wavelength multiple anomalous dispersion experiment.

解像度: 2.5→20 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数Selection details
Rfree0.309 1593 random
Rwork0.274 --
obs0.276 32212 -
all-33078 -
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.5→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4886 82 0 0 4968
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.007
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d1.29
X-RAY DIFFRACTIONx_torsion_deg20.9
X-RAY DIFFRACTIONx_torsion_impr_deg0.91
精密化
*PLUS
Rfactor Rfree: 0.238 / Rfactor Rwork: 0.242
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.29

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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