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万見
- PDB-1rw5: Solution structure of human prolactin -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1rw5
タイトルSolution structure of human prolactin
要素Prolactin
キーワードHORMONE/GROWTH FACTOR / Four helix bundle / cytokine / HORMONE-GROWTH FACTOR COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


prolactin receptor binding / positive regulation of lactation / prolactin signaling pathway / mammary gland development / Prolactin receptor signaling / negative regulation of endothelial cell proliferation / Growth hormone receptor signaling / lactation / negative regulation of angiogenesis / response to nutrient levels ...prolactin receptor binding / positive regulation of lactation / prolactin signaling pathway / mammary gland development / Prolactin receptor signaling / negative regulation of endothelial cell proliferation / Growth hormone receptor signaling / lactation / negative regulation of angiogenesis / response to nutrient levels / endosome lumen / female pregnancy / positive regulation of receptor signaling pathway via JAK-STAT / hormone activity / positive regulation of miRNA transcription / positive regulation of canonical NF-kappaB signal transduction / cell surface receptor signaling pathway / Amyloid fiber formation / positive regulation of cell population proliferation / extracellular space / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Somatotropin/prolactin / Somatotropin hormone, conserved site / Somatotropin hormone family / Somatotropin, prolactin and related hormones signature 1. / Somatotropin, prolactin and related hormones signature 2. / Growth Hormone; Chain: A; - #10 / Four-helical cytokine-like, core / Growth Hormone; Chain: A; / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法溶液NMR / simulated annealing
データ登録者Teilum, K. / Hoch, J. / Martial, J.A. / Kragelund, B.B.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2005
タイトル: Solution structure of human prolactin
著者: Teilum, K. / Hoch, J.C. / Goffin, V. / Kinet, S. / Martial, J.A. / Kragelund, B.B.
履歴
登録2003年12月16日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02005年2月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月29日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32022年3月2日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.42024年10月9日Group: Data collection / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Prolactin


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,9291
ポリマ－22,9291
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 200The submitted conformer models are the 20 with the lowest energy of the structures with no restraint violations larger than 0.4 A, 5 deg, and 1 Hz for noe's, torsion angles and rdc's respectively
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質 Prolactin / PRL


分子量: 22929.195 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / プラスミド: pT7 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P01236
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1113D 15N-separated NOESY
1223D 13C-sepatated NOESY aliphatic region
1323D 13C-sepatated NOESY aromatic region
143s3ct
154s3ct

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
11mM human prolactin, C-13, N-15, 0.02% NaN3, 10% D2O, 90% H2O10% D2O, 90% H2O
21mM human prolactin, C-13, N-15, 0.02% NaN3, 100% D2O100% D2O
30.3mM human prolactin, C-13, N-15, 0.02% NaN3, 20% D2O, 80% H2O20% D2O, 80% H2O
40.3mM human prolactin, C-13, N-15, 0.02% NaN3, 20% D2O, 80% H2O, 6.2mg/ml PF1-phage20% D2O, 80% H2O
試料状態イオン強度: 0 / pH: 8.05 / 圧: ambient / 温度: 310 K

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NMR測定

放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M
放射波長相対比: 1
NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Varian INOVAVarianINOVA8001
Varian INOVAVarianINOVA7502

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
VNMR6.1CVariancollection
NMRPipe2.2Delaglio,Grzesiek,Zhu,Vuister,Pfeifer,Bax解析
Pronto3D20020517Kjaer,Andersen,Poulsenデータ解析
CYANA1.0.6Gntert構造決定
XPLOR-NIH2.9Schwieters,Kuszewski,Tjandra,Clore構造決定
XPLOR-NIH2.9Schwieters,Kuszewski,Tjandra,Clore精密化
精密化手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1
詳細: The structures are based on 2149 NOE distance contraints, 320 dihedral angle constraints, and 81 residual dipolar couplings
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: The submitted conformer models are the 20 with the lowest energy of the structures with no restraint violations larger than 0.4 A, 5 deg, and 1 Hz for noe's, ...コンフォーマー選択の基準: The submitted conformer models are the 20 with the lowest energy of the structures with no restraint violations larger than 0.4 A, 5 deg, and 1 Hz for noe's, torsion angles and rdc's respectively
計算したコンフォーマーの数: 200 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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