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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1rvb | ||||||
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タイトル | MG2+ BINDING TO THE ACTIVE SITE OF ECO RV ENDONUCLEASE: A CRYSTALLOGRAPHIC STUDY OF COMPLEXES WITH SUBSTRATE AND PRODUCT DNA AT 2 ANGSTROMS RESOLUTION | ||||||
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![]() | HYDROLASE/DNA / PROTEIN-DNA COMPLEX / HYDROLASE-DNA COMPLEX | ||||||
機能・相同性 | ![]() type II site-specific deoxyribonuclease / type II site-specific deoxyribonuclease activity / DNA restriction-modification system / DNA binding / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() | ||||||
![]() | Kostrewa, D. / Winkler, F.K. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Mg2+ binding to the active site of EcoRV endonuclease: a crystallographic study of complexes with substrate and product DNA at 2 A resolution. 著者: Kostrewa, D. / Winkler, F.K. #1: ![]() タイトル: The Crystal Structure of EcoRV Endonuclease and of its Complexes with Cognate and Noncognate DNA Fragments 著者: Winkler, F.K. / Banner, D.W. / Oefner, C. / Tsernoglou, D. / Brown, R.S. / Heathman, S.P. / Bryan, R.K. / Martin, P.D. / Petratos, K. / Wilson, K.S. #2: ![]() タイトル: Structure and Function of Restriction Endonucleases 著者: Winkler, F.K. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 129.4 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 97.6 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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Atom site foot note | 1: CIS PROLINE - PRO A 73 / 2: CIS PROLINE - PRO B 73 |
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要素
#1: DNA鎖 | 分子量: 3356.235 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 #2: タンパク質 | 分子量: 28559.158 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() #3: 化合物 | #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.16 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.09 % | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | *PLUS 手法: batch method | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
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放射波長 | 相対比: 1 |
反射 | *PLUS 最高解像度: 2.1 Å / 最低解像度: 25 Å / Num. obs: 26271 / % possible obs: 83.7 % / Num. measured all: 40175 / Rmerge(I) obs: 0.052 |
反射 シェル | *PLUS 最高解像度: 2.1 Å / 最低解像度: 2.2 Å / % possible obs: 65 % |
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解析
ソフトウェア | 名称: ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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精密化 | 解像度: 2.1→20 Å / σ(F): 0 /
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.1→20 Å
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拘束条件 |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS 最高解像度: 2.1 Å / 最低解像度: 20 Å / σ(F): 0 / Rfactor obs: 0.165 / Rfactor Rwork: 0.165 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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