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- PDB-1rv5: COMPLEX OF ECORV ENDONUCLEASE WITH D(AAAGAT)/D(ATCTT) -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1rv5
タイトルCOMPLEX OF ECORV ENDONUCLEASE WITH D(AAAGAT)/D(ATCTT)
要素
  • 5'-D(*AP*AP*AP*GP*AP*T*AP*TP*CP*TP*T)-3'
  • ECORV ENDONUCLEASE
キーワードHYDROLASE/DNA / ENDONUCLEASE ECORV-DNA COMPLEX / HYDROLASE-DNA COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


type II site-specific deoxyribonuclease / type II site-specific deoxyribonuclease activity / DNA restriction-modification system / DNA binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Restriction endonuclease, type II, EcoRV / Restriction endonuclease, type II, EcoRV, Proteobacteria / Restriction endonuclease EcoRV / DNA mismatch repair MutH/Restriction endonuclease, type II / DNA mismatch repair MutH/Type II restriction endonuclease superfamily / ECO RV Endonuclease; Chain A / Restriction endonuclease type II-like / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / DNA (> 10) / Type II restriction enzyme EcoRV
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Horton, N.C. / Perona, J.J.
引用
ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1998
タイトル: Role of protein-induced bending in the specificity of DNA recognition: crystal structure of EcoRV endonuclease complexed with d(AAAGAT) + d(ATCTT).
著者: Horton, N.C. / Perona, J.J.
#1: ジャーナル: Embo J. / 年: 1993
タイトル: The Crystal Structure of EcoRV Endonuclease and of its Complexes with Cognate and Non-Cognate DNA Fragments
著者: Winkler, F.K. / Banner, D.W. / Oefner, C. / Tsernoglou, D. / Brown, R.S. / Heathman, S.P. / Bryan, R.K. / Martin, P.D. / Petratos, K. / Wilson, K.S.
#2: ジャーナル: Curr.Opin.Struct.Biol. / 年: 1992
タイトル: Structure and Function of Restriction Endonucleases
著者: Winkler, F.K.
履歴
登録1998年6月1日登録サイト: NDB / 処理サイト: NDB
改定 1.01998年11月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月22日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32023年8月2日Group: Database references / Refinement description / カテゴリ: database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
C: 5'-D(*AP*AP*AP*GP*AP*T*AP*TP*CP*TP*T)-3'
D: 5'-D(*AP*AP*AP*GP*AP*T*AP*TP*CP*TP*T)-3'
A: ECORV ENDONUCLEASE
B: ECORV ENDONUCLEASE


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)63,8314
ポリマ－63,8314
非ポリマー00
水2,954164
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)49.600, 50.400, 63.900
Angle α, β, γ (deg.)96.40, 109.20, 108.50
Int Tables number1
Cell settingtriclinic
Space group name H-MP1

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要素

#1: DNA鎖 5'-D(*AP*AP*AP*GP*AP*T*AP*TP*CP*TP*T)-3' / COGNATE SEQUENCE


分子量: 3356.235 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成
#2: タンパク質 ECORV ENDONUCLEASE


分子量: 28559.158 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: P04390, type II site-specific deoxyribonuclease
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 164 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.18 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.45 %
結晶化pH: 7.5 / 詳細: pH 7.5
結晶化
*PLUS
温度: 17 ℃ / 手法: unknown
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式詳細
110 mg/mlEcoRV11
21.0 mg/mlDNA11
35 mM11NaF
40.3 mM11AlCl3
530 mM11MgCl2
6100 mMHEPES12pH7.5
7150 mM12NaCl
810-15 %PEG400012

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データ収集

回折平均測定温度: 293 K
放射光源波長: 1.5418
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS II / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1997年4月15日 / 詳細: MIRRORS
放射モノクロメーター: NI FILTER / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→50 Å / Num. obs: 29460 / % possible obs: 80 % / Observed criterion σ(I): -3 / Biso Wilson estimate: 29.4 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.078
反射
*PLUS
Num. measured all: 128913

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解析

ソフトウェア
名称分類
X-PLOR精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化開始モデル: 1RVA

1rva


解像度: 2.1→6 Å / Rfactor Rfree error: 0.012 / Data cutoff high absF: 10000 / Data cutoff low absF: 0.1 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.272 488 2 %RANDOM
Rwork0.193 ---
obs0.193 27705 80 %-
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.25 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.1→6 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4649 478 0 492 5619
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.013
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg2.62
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d23.62
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d1.483
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it
LS精密化 シェル解像度: 2.1→2.19 Å / Rfactor Rfree error: 0.043 / Total num. of bins used: 8
Rfactor反射数%反射
Rfree0.272 39 1.55 %
Rwork0.304 2007 -
obs--58 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PARHCSDX.PR0TOPHCSDX.PRO
X-RAY DIFFRACTION2PARNDBX.DNA0TOPNDBX.DNA
ソフトウェア
*PLUS
名称: X-PLOR / 分類: refinement
精密化
*PLUS
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
Biso mean: 29.4 Å2
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_deg23.622
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_deg1.483

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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