+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1ruz | |||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | 1918 H1 Hemagglutinin | |||||||||
要素 | (hemagglutinin) x 2 | |||||||||
キーワード | VIRAL PROTEIN / Hemagglutinin / INFLUENZA A VIRUS | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 viral budding from plasma membrane / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / host cell surface receptor binding / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / host cell plasma membrane / virion membrane / membrane 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス) | |||||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.9 Å | |||||||||
データ登録者 | Skehel, J.J. / Gamblin, S.J. / Haire, L.F. / Russell, R.J. / Stevens, D.J. / Xiao, B. / Ha, Y. / Vasisht, N. / Steinhauer, D.A. / Daniels, R.S. | |||||||||
引用 | ジャーナル: Science / 年: 2004 タイトル: The structure and receptor binding properties of the 1918 influenza hemagglutinin. 著者: Gamblin, S.J. / Haire, L.F. / Russell, R.J. / Stevens, D.J. / Xiao, B. / Ha, Y. / Vasisht, N. / Steinhauer, D.A. / Daniels, R.S. / Elliot, A. / Wiley, D.C. / Skehel, J.J. | |||||||||
履歴 |
|
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
---|
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1ruz.cif.gz | 305 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | pdb1ruz.ent.gz | 248.1 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1ruz.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 1ruz_validation.pdf.gz | 453.5 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | 1ruz_full_validation.pdf.gz | 509.5 KB | 表示 | |
XML形式データ | 1ruz_validation.xml.gz | 37.7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 1ruz_validation.cif.gz | 57 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ru/1ruz ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ru/1ruz | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||
単位格子 |
|
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 36125.465 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: Hemagglutinin HA1 chain 由来: (天然) Influenza A virus (A/South Carolina/1/18 (H1N1)) (A型インフルエンザウイルス) 属: Influenzavirus A / Cell: Vaccinia virus infected CV1 cells / 生物種: Influenza A virus / 株: A-SOUTH CAROLINA-1-18 (H1N1) / 参照: UniProt: Q9WFZ1, UniProt: Q9WFX3*PLUS #2: タンパク質 | 分子量: 18212.092 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: Hemagglutinin HA2 chain 由来: (天然) Influenza A virus (A/South Carolina/1/18 (H1N1)) (A型インフルエンザウイルス) 属: Influenzavirus A / Cell: Vaccinia virus infected CV1 cells / 生物種: Influenza A virus / 株: A-SOUTH CAROLINA-1-18 (H1N1) / 参照: UniProt: Q9WFZ1, UniProt: Q9WFX3*PLUS #3: 糖 | ChemComp-NDG / #4: 糖 | #5: 水 | ChemComp-HOH / | |
---|
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
---|
-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.46 Å3/Da / 溶媒含有率: 64.43 % |
---|---|
結晶化 | 温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: PEG3350, TrisHCl, Bis tris propane, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
---|---|
放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SRS / ビームライン: PX14.2 |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2003年6月20日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.9→20 Å / Num. all: 51196 / Num. obs: 49134 / % possible obs: 96.1 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 19 % / Rmerge(I) obs: 0.085 / Net I/σ(I): 11.9 |
反射 シェル | 解像度: 2.9→3.1 Å / Rmerge(I) obs: 0.574 / Mean I/σ(I) obs: 1.8 / % possible all: 88.4 |
-解析
ソフトウェア |
| ||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB entry 1RU7 解像度: 2.9→20 Å / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
| ||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.9→20 Å
|