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万見
- PDB-1rtd: STRUCTURE OF A CATALYTIC COMPLEX OF HIV-1 REVERSE TRANSCRIPTASE: ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1rtd
タイトルSTRUCTURE OF A CATALYTIC COMPLEX OF HIV-1 REVERSE TRANSCRIPTASE: IMPLICATIONS FOR NUCLEOSIDE ANALOG DRUG RESISTANCE
要素
  • (PROTEIN (REVERSE ...) x 2
  • DNA PRIMER FOR REVERSE TRANSCRIPTASE
  • DNA TEMPLATE FOR REVERSE TRANSCRIPTASE
キーワードTRANSFERASE/DNA / COMPLEX(NUCLEOTIDYLTRANSFERASE / DNA / DNTP) / PROTEIN/DNA / TRANSFERASE-DNA COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


integrase activity / Integration of viral DNA into host genomic DNA / Autointegration results in viral DNA circles / Minus-strand DNA synthesis / Plus-strand DNA synthesis / 2-LTR circle formation / Uncoating of the HIV Virion / Vpr-mediated nuclear import of PICs / Early Phase of HIV Life Cycle / Integration of provirus ...integrase activity / Integration of viral DNA into host genomic DNA / Autointegration results in viral DNA circles / Minus-strand DNA synthesis / Plus-strand DNA synthesis / 2-LTR circle formation / Uncoating of the HIV Virion / Vpr-mediated nuclear import of PICs / Early Phase of HIV Life Cycle / Integration of provirus / APOBEC3G mediated resistance to HIV-1 infection / Binding and entry of HIV virion / viral life cycle / RNA-directed DNA polymerase activity / telomerase activity / HIV-1 retropepsin / symbiont-mediated activation of host apoptosis / retroviral ribonuclease H / exoribonuclease H / exoribonuclease H activity / Assembly Of The HIV Virion / Budding and maturation of HIV virion / host multivesicular body / DNA integration / protein processing / viral genome integration into host DNA / RNA-directed DNA polymerase / establishment of integrated proviral latency / viral penetration into host nucleus / RNA stem-loop binding / RNA-DNA hybrid ribonuclease activity / 転移酵素; リンを含む基を移すもの; 核酸を移すもの / peptidase activity / host cell / viral nucleocapsid / DNA recombination / DNA-directed DNA polymerase / aspartic-type endopeptidase activity / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / DNA-directed DNA polymerase activity / symbiont-mediated suppression of host gene expression / symbiont entry into host cell / viral translational frameshifting / lipid binding / host cell nucleus / host cell plasma membrane / virion membrane / structural molecule activity / proteolysis / DNA binding / zinc ion binding / identical protein binding / membrane
類似検索 - 分子機能
HIV Type 1 Reverse Transcriptase, subunit A, domain 1 / HIV Type 1 Reverse Transcriptase; Chain A, domain 1 / Reverse transcriptase/Diguanylate cyclase domain / Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H / Reverse transcriptase connection / Reverse transcriptase connection domain / Reverse transcriptase thumb / Reverse transcriptase thumb domain / Integrase Zinc binding domain / Zinc finger integrase-type profile. ...HIV Type 1 Reverse Transcriptase, subunit A, domain 1 / HIV Type 1 Reverse Transcriptase; Chain A, domain 1 / Reverse transcriptase/Diguanylate cyclase domain / Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H / Reverse transcriptase connection / Reverse transcriptase connection domain / Reverse transcriptase thumb / Reverse transcriptase thumb domain / Integrase Zinc binding domain / Zinc finger integrase-type profile. / Integrase-like, N-terminal / Integrase DNA binding domain / Integrase, C-terminal domain superfamily, retroviral / Integrase, N-terminal zinc-binding domain / Integrase, C-terminal, retroviral / Integrase DNA binding domain profile. / Immunodeficiency lentiviral matrix, N-terminal / gag gene protein p17 (matrix protein) / RNase H / Integrase core domain / Integrase, catalytic core / Integrase catalytic domain profile. / Retropepsin-like catalytic domain / Matrix protein, lentiviral and alpha-retroviral, N-terminal / Retroviral nucleocapsid Gag protein p24, C-terminal domain / Gag protein p24 C-terminal domain / RNase H type-1 domain profile. / Ribonuclease H domain / Retropepsins / Retroviral aspartyl protease / Aspartyl protease, retroviral-type family profile. / Peptidase A2A, retrovirus, catalytic / Reverse transcriptase domain / Reverse transcriptase (RNA-dependent DNA polymerase) / Reverse transcriptase (RT) catalytic domain profile. / Retrovirus capsid, C-terminal / Retroviral matrix protein / Retrovirus capsid, N-terminal / zinc finger / Zinc knuckle / Zinc finger, CCHC-type superfamily / Zinc finger, CCHC-type / Zinc finger CCHC-type profile. / Nucleotidyltransferase; domain 5 / Aspartic peptidase, active site / Eukaryotic and viral aspartyl proteases active site. / Aspartic peptidase domain superfamily / Ribonuclease H superfamily / Ribonuclease H-like superfamily / Reverse transcriptase/Diguanylate cyclase domain / Alpha-Beta Plaits / Roll / DNA/RNA polymerase superfamily / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
THYMIDINE-5'-TRIPHOSPHATE / DNA / DNA (> 10) / Gag-Pol polyprotein / Gag-Pol polyprotein
類似検索 - 構成要素
生物種Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.2 Å
データ登録者Chopra, R. / Huang, H. / Verdine, G.L. / Harrison, S.C.
引用ジャーナル: Science / 年: 1998
タイトル: Structure of a covalently trapped catalytic complex of HIV-1 reverse transcriptase: implications for drug resistance.
著者: Huang, H. / Chopra, R. / Verdine, G.L. / Harrison, S.C.
履歴
登録1998年8月26日登録サイト: BNL / 処理サイト: RCSB
改定 1.01998年12月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32021年11月3日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_struct_conn_angle ...database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42024年2月14日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
E: DNA TEMPLATE FOR REVERSE TRANSCRIPTASE
F: DNA PRIMER FOR REVERSE TRANSCRIPTASE
G: DNA TEMPLATE FOR REVERSE TRANSCRIPTASE
H: DNA PRIMER FOR REVERSE TRANSCRIPTASE
A: PROTEIN (REVERSE TRANSCRIPTASE)
B: PROTEIN (REVERSE TRANSCRIPTASE)
C: PROTEIN (REVERSE TRANSCRIPTASE)
D: PROTEIN (REVERSE TRANSCRIPTASE)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)261,13416
ポリマ－260,0238
非ポリマー1,1108
水00
1
E: DNA TEMPLATE FOR REVERSE TRANSCRIPTASE
F: DNA PRIMER FOR REVERSE TRANSCRIPTASE
A: PROTEIN (REVERSE TRANSCRIPTASE)
B: PROTEIN (REVERSE TRANSCRIPTASE)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)130,5919
ポリマ－130,0124
非ポリマー5795
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
G: DNA TEMPLATE FOR REVERSE TRANSCRIPTASE
H: DNA PRIMER FOR REVERSE TRANSCRIPTASE
C: PROTEIN (REVERSE TRANSCRIPTASE)
D: PROTEIN (REVERSE TRANSCRIPTASE)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)130,5427
ポリマ－130,0124
非ポリマー5313
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)78.840, 150.700, 280.880
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Cell settingorthorhombic
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(-0.867311, -0.203893, 0.454091), (-0.168135, -0.738639, -0.652797), (0.46851, -0.642527, 0.606348)105.42614, 197.83026, 49.99073
2given(-0.913772, -0.209856, 0.347824), (-0.089985, -0.730392, -0.677075), (0.396136, -0.649991, 0.648528)108.35632, 196.5098, 50.91177
3given(-0.893019, -0.212162, 0.396869), (-0.145042, -0.699138, -0.700121), (0.426005, -0.682783, 0.593571)107.34485, 195.3051, 54.22787
4given(-0.879189, -0.234256, 0.414911), (-0.121002, -0.732476, -0.669953), (0.460853, -0.63922, 0.615639)108.17171, 195.83237, 50.28528
5given(-0.867603, -0.244288, 0.433115), (-0.137946, -0.718579, -0.681627), (0.47774, -0.651128, 0.589743)107.86497, 196.08101, 50.30592
詳細THE HIV-1 REVERSE TRANSCRIPTASE CONSISTS OF TWO SUBUNITS, P66 (DESIGNATED BY CHAINS A AND C) AND P51 (DESIGNATED BY CHAINS B AND D). THE DNA DUPLEX IS COMPOSED OF TEMPLATE (DESIGNATED CHAIN E) AND PRIMER (DESIGNATED CHAIN F). THE BOUND DEOXY-THYMINE TRIPHOSPHATE HAS CHAIN IDENTIFIER A. IN THIS CRYSTAL FORM THERE ARE TWO REVERSE TRANSCRIPTASE COMPLEXES PER ASYMMETRIC UNIT. ONE MOLECULE WAS SIGNIFICANTLY BETTER ORDERED THAN THE OTHER. COORDINATES FOR BOTH MOLECULES ARE CONTAINED IN THIS ENTRY, AND THE NON-CRYSTALLOGRAPHIC SYMMETRY TRANSFORMATIONS GIVEN BELOW WERE THOSE USED TO GENERATE CHAINS C,D,G, AND H FROM A,B,E, AND F DURING THE COURSE OF REFINEMENT.

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要素

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DNA鎖 , 2種, 4分子 EGFH

#1: DNA鎖 DNA TEMPLATE FOR REVERSE TRANSCRIPTASE


分子量: 8327.361 Da / 分子数: 2 / 変異: C2-THIOL TETHER AT TEMPLATE GUANINE 11 / 由来タイプ: 合成
#2: DNA鎖 DNA PRIMER FOR REVERSE TRANSCRIPTASE


分子量: 6416.123 Da / 分子数: 2 / Fragment: PRIMER / 変異: C2-THIOL TETHER AT TEMPLATE GUANINE 11 / 由来タイプ: 合成

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PROTEIN (REVERSE ... , 2種, 4分子 ACBD

#3: タンパク質 PROTEIN (REVERSE TRANSCRIPTASE) / E.C.2.7.7.49 / HIV-1 RT


分子量: 63869.148 Da / 分子数: 2 / Fragment: P61 / 変異: P1K, Q258C, E478Q / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
属: Lentivirus / 株: BH10 / 遺伝子: POL / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P03366, RNA-directed DNA polymerase
#4: タンパク質 PROTEIN (REVERSE TRANSCRIPTASE) / E.C.2.7.7.49 / HIV-1 RT


分子量: 51399.047 Da / 分子数: 2 / Fragment: P50 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
属: Lentivirus / 株: BH10 / 遺伝子: POL / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P04585, RNA-directed DNA polymerase

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非ポリマー , 2種, 8分子

#5: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#6: 化合物 ChemComp-TTP / THYMIDINE-5'-TRIPHOSPHATE / dTTP


分子量: 482.168 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H17N2O14P3

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.21 Å3/Da / 溶媒含有率: 61.66 %
結晶化pH: 6.5 / 詳細: pH 6.5
結晶化
*PLUS
温度: 4 ℃ / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: drop consists of equal volume of protein and reservoir solutions
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式
18 mg/mlprotein-DNA complex1drop
210 mMMES1drop
32 mM1dropMgCl2
4200 mM1dropNaCl
50.02 mMEDTA1drop
62.5 mMdTTP1drop
714 %(w/v)PEG60001reservoir
850 mMMES1reservoir
91 M1reservoirNaCl
1010 mM1reservoirMgCl2
110.1 mMEDTA1reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 110 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X25 / 波長: 1.1
検出器タイプ: BRANDEIS - B4 / 検出器: CCD
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.2→18 Å / Num. obs: 54281 / % possible obs: 93.8 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 4.2 % / Rsym value: 0.103 / Net I/σ(I): 11.2
反射 シェル解像度: 3.2→3.3 Å / 冗長度: 1.7 % / Mean I/σ(I) obs: 2.7 / Rsym value: 0.372 / % possible all: 84.3
反射
*PLUS
Rmerge(I) obs: 0.103
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 84.3 % / Num. unique obs: 4802 / Rmerge(I) obs: 0.372

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
AMoRE位相決定
X-PLOR3.851精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 3.2→12 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.298 --RANDOM
Rwork0.224 ---
obs0.224 49983 92.2 %-
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.2→12 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数15852 1872 64 0 17788
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.013
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg2.1
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it
Refine LS restraints NCSNCS model details: RESTRAINTS
LS精密化 シェル解像度: 3.2→3.3 Å / Total num. of bins used: 10
Rfactor反射数%反射
Rfree0.385 --
Rwork0.325 3760 -
obs--81.4 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PARHCSDX.PROTOPH19.SOL
X-RAY DIFFRACTION2PARAM11.INTTOPH19.PEP
X-RAY DIFFRACTION3DNA-RNA_REP.PARAMTOP_NDBX.DNA
X-RAY DIFFRACTION4PARAM19.SOL

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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