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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1rta | ||||||
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タイトル | CRYSTAL STRUCTURE DISPOSITION OF THYMIDYLIC ACID TETRAMER IN COMPLEX WITH RIBONUCLEASE A | ||||||
要素 |
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キーワード | HYDROLASE/DNA / PROTEIN-DNA COMPLEX / HYDROLASE-DNA COMPLEX | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 pancreatic ribonuclease / ribonuclease A activity / RNA nuclease activity / nucleic acid binding / lyase activity / defense response to Gram-positive bacterium / extracellular region 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Bos taurus (ウシ) | ||||||
手法 | X線回折 / 解像度: 2.5 Å | ||||||
データ登録者 | Birdsall, D.L. / McPherson, A. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 1992 タイトル: Crystal structure disposition of thymidylic acid tetramer in complex with ribonuclease A. 著者: Birdsall, D.L. / McPherson, A. #1: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.B / 年: 1986 タイトル: Comparison of Two Independently Refined Models of Ribonuclease A 著者: Wlodawer, A. / Borkakoti, N. / Moss, D.S. / Howlin, B. #2: ジャーナル: Biochemistry / 年: 1985 タイトル: Nuclear Magnetic Resonance and Neutron Diffraction Studies of the Complex of Ribonuclease A with Uridine Vanadate, a Transition-State Analogue 著者: Borah, B. / Chen, C.-W. / Egan, W. / Miller, M. / Wlodawer, A. / Cohen, J.S. #3: ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 1983 タイトル: Active Site of RNase: Neutron Diffraction Study of a Complex with Uridine Vanadate, a Transition-State Analog 著者: Wlodawer, A. / Miller, M. / Sjolin, L. #4: ジャーナル: Biochemistry / 年: 1983 タイトル: Structure of Ribonuclease A: Results of Joint Neutron and X-Ray Refinement at 2.0 Angstroms Resolution 著者: Wlodawer, A. / Sjolin, L. #5: ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 1982 タイトル: The Refined Crystal Structure of Ribonuclease A at 2.0 Angstroms Resolution 著者: Wlodawer, A. / Bott, R. / Sjolin, L. #6: ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 1982 タイトル: Hydrogen Exchange in RNase A: Neutron Diffraction Study 著者: Wlodawer, A. / Sjolin, L. #7: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.A / 年: 1981 タイトル: Structure of Ribonuclease A: X-Ray and Neutron Refinement 著者: Wlodawer, A. / Bott, R. / Sjolin, L. #8: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.A / 年: 1981 タイトル: Joint Refinement of Macromolecular Structures with X-Ray and Neutron Single- Crystal Diffraction Data 著者: Wlodawer, A. / Hendrickson, W.A. #9: ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 1981 タイトル: Orientation of Histidine Residues in RNase A: Neutron Diffraction Study 著者: Wlodawer, A. / Sjolin, L. #10: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.B / 年: 1980 タイトル: Studies of Ribonuclease A by X-Ray and Neutron Diffraction 著者: Wlodawer, A. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1rta.cif.gz | 31.7 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1rta.ent.gz | 25 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1rta.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 1rta_validation.pdf.gz | 423.5 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 1rta_full_validation.pdf.gz | 439.5 KB | 表示 | |
XML形式データ | 1rta_validation.xml.gz | 9.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 1rta_validation.cif.gz | 11.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rt/1rta ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rt/1rta | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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Atom site foot note | 1: RESIDUES 93 AND 114 ARE CIS PROLINES. |
-要素
#1: DNA鎖 | 分子量: 1171.814 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 |
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#2: タンパク質 | 分子量: 13708.326 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 器官: PANCREAS / Secretion: MILK / 参照: UniProt: P61823, EC: 3.1.27.5 |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.47 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.12 % |
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結晶化 | 詳細: THE COMPLEX WAS FORMED BY DIFFUSION OF DNA INTO THE NATIVE CRYSTALS. |
-データ収集
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
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放射波長 | 相対比: 1 |
反射 | *PLUS 最高解像度: 2.5 Å / Num. obs: 4466 / Observed criterion σ(I): 2 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | Rfactor Rwork: 0.235 / Rfactor obs: 0.235 / 最高解像度: 2.5 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 最高解像度: 2.5 Å
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拘束条件 |
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精密化 | *PLUS 最高解像度: 2.5 Å / 最低解像度: 10 Å / Num. reflection obs: 4218 / Rfactor obs: 0.235 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS タイプ: x_angle_d / Dev ideal: 5.4 |