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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1rsm | ||||||
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タイトル | THE 2-ANGSTROMS RESOLUTION STRUCTURE OF A THERMOSTABLE RIBONUCLEASE A CHEMICALLY CROSS-LINKED BETWEEN LYSINE RESIDUES 7 AND 41 | ||||||
要素 | RIBONUCLEASE A | ||||||
キーワード | HYDROLASE (NUCLEIC ACID / RNA) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 pancreatic ribonuclease / ribonuclease A activity / RNA nuclease activity / nucleic acid binding / lyase activity / defense response to Gram-positive bacterium / extracellular region 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Bos taurus (ウシ) | ||||||
手法 | X線回折 / 解像度: 2 Å | ||||||
データ登録者 | Weber, P.C. / Sheriff, S. / Ohlendorf, D.H. / Finzel, B.C. / Salemme, F.R. | ||||||
引用 | ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 1985 タイトル: The 2-A resolution structure of a thermostable ribonuclease A chemically cross-linked between lysine residues 7 and 41. 著者: Weber, P.C. / Sheriff, S. / Ohlendorf, D.H. / Finzel, B.C. / Salemme, F.R. #1: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1985 タイトル: Preliminary Crystallographic Data for Cross-Linked (Lysine7-Lysine41)-Ribonuclease A 著者: Weber, P.C. / Salemme, F.R. / Lin, S.H. / Konishi, Y. / Scheraga, H.A. #2: ジャーナル: Biochemistry / 年: 1984 タイトル: Influence of an Extrinsic Cross-Link on the Folding Pathway of Ribonuclease A. Conformational and Thermodynamic Analysis of Cross-Linked (Lysine7-Lysine41)-Ribonuclease A 著者: Lin, S.H. / Konishi, Y. / Denton, M.E. / Scheraga, H.A. #3: ジャーナル: Biochemistry / 年: 1983 タイトル: Structure of Ribonuclease A. Results of Joint Neutron and X-Ray Refinement at 2.0-Angstroms Resolutions 著者: Wlodawer, A. / Sjolin, L. | ||||||
履歴 |
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Remark 700 | SHEET THIS STRUCTURE CONTAINS TWO SHEETS. SHEET S1 COMPRISES THREE STRANDS. IN THE SECOND STRAND OF ...SHEET THIS STRUCTURE CONTAINS TWO SHEETS. SHEET S1 COMPRISES THREE STRANDS. IN THE SECOND STRAND OF SHEET S1, RESIDUES 88 AND 89 *BULGE OUT*. IN ORDER TO REPRESENT THIS BREAK IN STRAND 2, TWO SHEETS (S1A AND S1B) ARE DEFINED BELOW. STRANDS 1 AND 3 OF *SHEETS* S1A AND S1B ARE, THEREFORE, IDENTICAL AND STRAND 2 DIFFERS. SHEET S2 COMPRISES FOUR STRANDS. RESIDUE 120 DOES NOT PROPERLY BELONG IN STRAND 4 OF SHEET S2. IN ORDER TO REPRESENT THIS BREAK IN STRAND 4, TWO SHEETS (S2A AND S2B) ARE DEFINED BELOW. STRANDS 1,2,3 OF *SHEETS* S2A AND S2B ARE, THEREFORE, IDENTICAL AND STRAND 4 DIFFERS. |
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1rsm.cif.gz | 37.7 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1rsm.ent.gz | 26 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1rsm.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 1rsm_validation.pdf.gz | 426.2 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 1rsm_full_validation.pdf.gz | 428 KB | 表示 | |
XML形式データ | 1rsm_validation.xml.gz | 8.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 1rsm_validation.cif.gz | 10.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rs/1rsm ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rs/1rsm | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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Atom site foot note | 1: RESIDUES 93 AND 114 ARE CIS-PROLINES. |
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 13708.326 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bos taurus (ウシ) / 細胞株: S2 / 器官: PANCREAS / 参照: UniProt: P61823, EC: 3.1.27.5 |
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#2: 化合物 | ChemComp-NIN / |
#3: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.11 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.65 % |
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結晶化 | *PLUS 温度: 7 ℃ / pH: 8 / 手法: microdialysis |
溶液の組成 | *PLUS 濃度: 30 %(v/v) / 一般名: ethanol詳細: 50mM-Tris-HCl(pH7.5) and 50 mM-imidazole(pH8.0) are also suitable |
-データ収集
放射 | 散乱光タイプ: x-ray |
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放射波長 | 相対比: 1 |
反射 | *PLUS 最高解像度: 2 Å / 最低解像度: 2.1 Å / Num. obs: 8301 / Rmerge(I) obs: 0.081 / Num. measured all: 10701 |
-解析
ソフトウェア | 名称: PROLSQ / 分類: 精密化 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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精密化 | 最高解像度: 2 Å / σ(I): 1 /
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 最高解像度: 2 Å
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拘束条件 |
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精密化 | *PLUS 最低解像度: 20 Å / σ(I): 1 / 最高解像度: 2 Å / Num. reflection obs: 7853 / Rfactor obs: 0.184 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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