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万見
- PDB-1rrd: DNA/RNA HYBRID DUPLEX CONTAINING A PURINE-RICH RNA STRAND, NMR, 1... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1rrd
タイトルDNA/RNA HYBRID DUPLEX CONTAINING A PURINE-RICH RNA STRAND, NMR, 10 STRUCTURES
要素
  • DNA (5'-D(*GP*CP*TP*TP*CP*TP*CP*TP*TP*C)-3')
  • RNA (5'-R(*GP*AP*AP*GP*AP*GP*AP*AP*GP*C)-3')
キーワードDNA-RNA HYBRID / DNA/RNA HYBRID / PURINE/PYRIMIDINE-RICH STRANDS / ANTISENSE
機能・相同性DNA / RNA
機能・相同性情報
手法溶液NMR / simulated annealing
データ登録者Gyi, J.I. / Lane, A.N. / Conn, G.L. / Brown, T.
引用
ジャーナル: Biochemistry / 年: 1998
タイトル: Solution structures of DNA.RNA hybrids with purine-rich and pyrimidine-rich strands: comparison with the homologous DNA and RNA duplexes.
著者: Gyi, J.I. / Lane, A.N. / Conn, G.L. / Brown, T.
#1: ジャーナル: Biochemistry / 年: 1996
タイトル: Comparison of the Thermodynamic Stabilities and Solution Conformations of DNA.RNA Hybrids Containing Purine-Rich and Pyrimidine-Rich Strands with DNA and RNA Duplexes
著者: Gyi, J.I. / Conn, G.L. / Lane, A.N. / Brown, T.
履歴
登録1997年10月21日処理サイト: BNL
改定 1.01998年4月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月24日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32022年3月2日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other
カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status ...database_2 / pdbx_database_status / pdbx_nmr_software / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.process_site / _pdbx_nmr_software.name
改定 1.42024年5月22日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: RNA (5'-R(*GP*AP*AP*GP*AP*GP*AP*AP*GP*C)-3')
B: DNA (5'-D(*GP*CP*TP*TP*CP*TP*CP*TP*TP*C)-3')


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)6,2492
ポリマ－6,2492
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)10 / 100LOWEST POTENTIAL ENERGY, MINIMAL VIOLATIONS AND ACCEPTABLE STEREOCHEMISTRY
代表モデル

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要素

#1: RNA鎖 RNA (5'-R(*GP*AP*AP*GP*AP*GP*AP*AP*GP*C)-3') / RR10.DY10


分子量: 3287.076 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
#2: DNA鎖 DNA (5'-D(*GP*CP*TP*TP*CP*TP*CP*TP*TP*C)-3') / RR10.DY10


分子量: 2961.940 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
111NOESY
121COSY

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試料調製

試料状態pH: 7 / 温度: 303 K
結晶化
*PLUS
手法: other / 詳細: NMR

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Varian UNITYVarianUNITY5001
Varian UNITYPLUSVarianUNITYPLUS6002

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解析

ソフトウェア名称: AMBER / 分類: 精密化
NMR software
名称バージョン開発者分類
Discover95MOLECULAR SIMULATIONS INC.精密化
Felix95構造決定
NUCFIT構造決定
pfit構造決定
Discover95構造決定
精密化手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1
詳細: DISTANCE CONSTRAINTS FOR GLYCOSIDIC TORSION ANGLES, PENTOSE PSEUDOROTATIONAL PHASE ANGLES/AMPLITUDES AND FRACTION OF SOUTH STATE SUGARS CALCULATED FROM NOE BUILD-UP CURVES AND COUPLING ...詳細: DISTANCE CONSTRAINTS FOR GLYCOSIDIC TORSION ANGLES, PENTOSE PSEUDOROTATIONAL PHASE ANGLES/AMPLITUDES AND FRACTION OF SOUTH STATE SUGARS CALCULATED FROM NOE BUILD-UP CURVES AND COUPLING CONSTANTS BY A LEAST-SQUARES/GRID SEARCH METHOD IMPLEMENTED IN NUCFIT AND PFIT (A.N. LANE, NIMR, UK). TEN DIFFERENT SETS OF UNIQUE RESTRAINTS GENERATED 10 STRUCTURES, THE AVERAGE OF WHICH SATISFIED THE EXPERIMENTALLY DERIVED FRACTION OF SOUTH STATE SUGARS BETTER STRUCTURES GENERATED FROM A SINGLE SET OF RESTRAINTS. INTERNU CLEOTIDE DISTANCE CONSTRAINTS CALCULATED FROM NOE-BUILD-UP CURVES. STRUCTURES CALCULATED BY SIMULATED ANNEALING/RMD PROTOCOL WITHIN DISCOVER 95.0 USING AN AMBER FORCE FIELD AND A DISTANCE DIELECTRIC CONSTANT.
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: LOWEST POTENTIAL ENERGY, MINIMAL VIOLATIONS AND ACCEPTABLE STEREOCHEMISTRY
計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 10

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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