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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1rqh | |||||||||
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タイトル | Propionibacterium shermanii transcarboxylase 5S subunit bound to pyruvic acid | |||||||||
![]() | transcarboxylase 5S subunit | |||||||||
![]() | TRANSFERASE / TIM-barrel / carbamylated lysine / transcarboxylase / cobalt / pyruvic acid | |||||||||
機能・相同性 | ![]() methylmalonyl-CoA carboxytransferase / methylmalonyl-CoA carboxytransferase activity / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | ![]() | |||||||||
手法 | ![]() | |||||||||
![]() | Hall, P.R. / Zheng, R. / Antony, L. / Pusztai-Carey, M. / Carey, P.R. / Yee, V.C. | |||||||||
![]() | ![]() タイトル: Transcarboxylase 5S structures: assembly and catalytic mechanism of a multienzyme complex subunit. 著者: Hall, P.R. / Zheng, R. / Antony, L. / Pusztai-Carey, M. / Carey, P.R. / Yee, V.C. #1: ジャーナル: ACTA CRYSTALLOGR.,SECT.D / 年: 2004 タイトル: Expression and crystallization of several forms of the Propionibacterium shermanii transcarboxylase 5S subunit. 著者: Hall, P.R. / Zheng, R. / Pusztai-Carey, M. / van den Akker, F. / Carey, P.R. / Yee, V.C. | |||||||||
履歴 |
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Remark 999 | SEQUENCE RESIDUE 184 EXISTS IN TWO ALTERNATE CONFORMATIONS: KCX, CARBAMYLATED LYSINE, AND LYS. |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 120 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 89 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 59652.465 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 詳細: RESIDUE 184 EXISTS IN TWO ALTERNATE CONFORMATIONS: KCX AND LYS 由来: (組換発現) ![]() 生物種: Propionibacterium freudenreichii / 株: subsp. shermanii / 遺伝子: 5S / プラスミド: pETBlue-2 / 発現宿主: ![]() ![]() 参照: GenBank: 38304072, UniProt: Q70AC7*PLUS, methylmalonyl-CoA carboxytransferase |
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#2: 化合物 | ChemComp-CO / |
#3: 化合物 | ChemComp-PYR / |
#4: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.31 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.73 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 詳細: PEG 4000, Tris, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 95 K |
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放射光源 | 由来: ![]() |
検出器 | タイプ: RIGAKU RAXIS IV / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2003年5月22日 |
放射 | モノクロメーター: Yale mirrors / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2→30 Å / Num. all: 37671 / Num. obs: 34906 / % possible obs: 92.8 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4.6 % / Biso Wilson estimate: 17.2 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.087 / Net I/σ(I): 16.3 |
反射 シェル | 解像度: 2→2.07 Å / Rmerge(I) obs: 0.218 / Mean I/σ(I) obs: 4.3 / % possible all: 80.5 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 同系置換 開始モデル: PDB ENTRY 1RQB 解像度: 2→28.09 Å / Rfactor Rfree error: 0.005 / Data cutoff high absF: 370661.43 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber 詳細: RESIDUE 184 EXISTS IN TWO ALTERNATE CONFORMATIONS: KCX AND LYS.
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 49.0483 Å2 / ksol: 0.32071 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 32.6 Å2
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2→28.09 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2→2.13 Å / Rfactor Rfree error: 0.015 / Total num. of bins used: 6
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Xplor file |
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