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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1rps | ||||||
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タイトル | Crystallographic Analysis of the Interaction of Nitric Oxide with Quaternary-T Human Hemoglobin. Hemoglobin exposed to NO under anerobic conditions | ||||||
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![]() | OXYGEN STORAGE/TRANSPORT / globin / OXYGEN STORAGE-TRANSPORT COMPLEX | ||||||
機能・相同性 | ![]() nitric oxide transport / hemoglobin binding / hemoglobin alpha binding / haptoglobin binding / haptoglobin-hemoglobin complex / renal absorption / organic acid binding / hemoglobin complex / oxygen transport / Scavenging of heme from plasma ...nitric oxide transport / hemoglobin binding / hemoglobin alpha binding / haptoglobin binding / haptoglobin-hemoglobin complex / renal absorption / organic acid binding / hemoglobin complex / oxygen transport / Scavenging of heme from plasma / endocytic vesicle lumen / blood vessel diameter maintenance / hydrogen peroxide catabolic process / oxygen carrier activity / Late endosomal microautophagy / Heme signaling / carbon dioxide transport / response to hydrogen peroxide / Erythrocytes take up oxygen and release carbon dioxide / Erythrocytes take up carbon dioxide and release oxygen / Cytoprotection by HMOX1 / oxygen binding / regulation of blood pressure / platelet aggregation / Chaperone Mediated Autophagy / peroxidase activity / positive regulation of nitric oxide biosynthetic process / tertiary granule lumen / Factors involved in megakaryocyte development and platelet production / ficolin-1-rich granule lumen / blood microparticle / iron ion binding / heme binding / Neutrophil degranulation / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / membrane / metal ion binding / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() | ||||||
![]() | Chan, N.-L. / Kavanaugh, J.S. / Rogers, P.H. / Arnone, A. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Crystallographic analysis of the interaction of nitric oxide with quaternary-T human hemoglobin. 著者: Chan, N.-L. / Kavanaugh, J.S. / Rogers, P.H. / Arnone, A. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 127.4 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 100.6 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 1.7 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 1.8 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 26.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 35.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 15150.353 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() #2: タンパク質 | 分子量: 15890.198 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() #3: 化合物 | ChemComp-HEM / #4: 化合物 | ChemComp-NO / #5: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.56 Å3/Da / 溶媒含有率: 52 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 298 K / pH: 7 詳細: 10 mg/mL human hemoglobin, 10 mM potassium phosphate, 100 mM potassium chloride, 10-12% PEG 6000, 3 mM sodium dithionite (under anaerobic conditions), BATCH METHOD, temperature 298K, pH 7 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS pH: 7 / 手法: batch method | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 298 K |
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放射光源 | 由来: ![]() |
検出器 | タイプ: SDMS / 検出器: AREA DETECTOR / 日付: 1998年6月20日 |
放射 | モノクロメーター: graphite / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.11→39.841 Å / Num. all: 37996 / Num. obs: 37996 / % possible obs: 96.9 % / 冗長度: 6.3 % / Rmerge(I) obs: 0.094 / Net I/σ(I): 8.1 |
反射 シェル | 解像度: 2.11→2.27 Å / 冗長度: 2.6 % / Rmerge(I) obs: 0.272 / Mean I/σ(I) obs: 1.5 / % possible all: 87.1 |
反射 | *PLUS 最高解像度: 2.15 Å / Num. obs: 34068 / 冗長度: 6.7 % / Num. measured all: 228410 / Rmerge(I) obs: 0.087 |
反射 シェル | *PLUS 最高解像度: 2.15 Å / 最低解像度: 2.32 Å / % possible obs: 85.9 % / Num. unique obs: 5934 / Num. measured obs: 15236 / Rmerge(I) obs: 0.254 / Mean I/σ(I) obs: 1.9 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: pdb id 1RQ3 解像度: 2.11→10 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.956 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.929 / SU B: 8.03 / SU ML: 0.205 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.265 / ESU R Free: 0.207 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 25.816 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.11→10 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.1→2.152 Å / Total num. of bins used: 20 /
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ソフトウェア | *PLUS バージョン: 5 / 分類: refinement | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS 最高解像度: 2.15 Å / Rfactor Rfree: 0.232 / Rfactor Rwork: 0.181 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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LS精密化 シェル | *PLUS Rfactor Rfree: 0.284 / Rfactor Rwork: 0.236 |