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- PDB-1roc: Crystal structure of the histone deposition protein Asf1 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1roc
タイトルCrystal structure of the histone deposition protein Asf1
要素Anti-silencing protein 1
キーワードREPLICATION / CHAPERONE / beta-sandwich
機能・相同性
機能・相同性情報


Formation of Senescence-Associated Heterochromatin Foci (SAHF) / H3 histone acetyltransferase complex / acetyltransferase activator activity / DNA replication-dependent chromatin assembly / nucleosome disassembly / silent mating-type cassette heterochromatin formation / cellular response to stress / negative regulation of DNA damage checkpoint / subtelomeric heterochromatin formation / regulation of DNA repair ...Formation of Senescence-Associated Heterochromatin Foci (SAHF) / H3 histone acetyltransferase complex / acetyltransferase activator activity / DNA replication-dependent chromatin assembly / nucleosome disassembly / silent mating-type cassette heterochromatin formation / cellular response to stress / negative regulation of DNA damage checkpoint / subtelomeric heterochromatin formation / regulation of DNA repair / positive regulation of transcription elongation by RNA polymerase II / nucleosome assembly / chromatin organization / regulation of gene expression / histone binding / chromosome, telomeric region / chromatin remodeling / regulation of transcription by RNA polymerase II / chromatin / nucleus / cytosol
類似検索 - 分子機能
Histone chaperone ASF1-like / Histone deposition protein Asf1 / Histone chaperone ASF1-like / Histone chaperone ASF1-like superfamily / ASF1 like histone chaperone / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
BROMIDE ION / Histone chaperone ASF1
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 1.5 Å
データ登録者Daganzo, S.M. / Erzberger, J.P. / Lam, W.M. / Skordalakes, E. / Zhang, R. / Franco, A.A. / Brill, S.J. / Adams, P.D. / Berger, J.M. / Kaufman, P.D.
引用ジャーナル: Curr.Biol. / 年: 2003
タイトル: Structure and function of the conserved core of histone deposition protein Asf1.
著者: Daganzo, S.M. / Erzberger, J.P. / Lam, W.M. / Skordalakes, E. / Zhang, R. / Franco, A.A. / Brill, S.J. / Adams, P.D. / Berger, J.M. / Kaufman, P.D.
履歴
登録2003年12月2日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02003年12月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月29日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Advisory / Refinement description / Version format compliance
改定 1.32024年2月14日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Anti-silencing protein 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,21910
ポリマ－17,5001
非ポリマー7199
水2,846158
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)94.395, 31.702, 53.625
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 124.55, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 Anti-silencing protein 1


分子量: 17499.730 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
遺伝子: ASF1, YJL115W, J0755 / プラスミド: pSV271 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 RIL / 参照: UniProt: P32447
#2: 化合物
ChemComp-BR / BROMIDE ION


分子量: 79.904 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: Br
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 158 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.89 Å3/Da / 溶媒含有率: 34.82 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: PEG 3350, sodium bromide, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K
結晶化
*PLUS
温度: 18 ℃ / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細化学式
110 mMHEPES-NaOH1droppH7.5
250 mM1dropNaCl
31 mMTCEP1drop
4100 mM1dropNH4F
5100 mM1dropNaBr
620 %PEG33501drop
80.85-1.0 M1reservoirNaBr
917 %PEG33501reservoir
7Asf1N1drop800nl
10Asf1N1reservoir900nl

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データ収集

回折平均測定温度: 200 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.3.1 / 波長: 0.956, 0.920
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2003年6月30日
放射モノクロメーター: Double Crystal Si (111) / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.9561
20.921
反射解像度: 1.4→50 Å / Num. all: 25672 / Num. obs: 23670 / % possible obs: 92.2 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 3.3 % / Rsym value: 0.06 / Net I/σ(I): 18.8
反射 シェル解像度: 1.4→1.46 Å / 冗長度: 1.5 % / Mean I/σ(I) obs: 1.9 / Rsym value: 0.34 / % possible all: 48

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.1.24精密化
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
SOLVE位相決定
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 1.5→30 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.952 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.926 / SU B: 1.685 / SU ML: 0.063 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2.6 / ESU R: 0.095 / ESU R Free: 0.1 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2465 1085 5.2 %RANDOM
Rwork0.19766 ---
all0.2001 20158 --
obs0.20012 19972 99.08 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 18.847 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.72 Å20 Å20.32 Å2
2---0.23 Å20 Å2
3----0.13 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.5→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1235 0 9 158 1402
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0090.0211264
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.0941.9641724
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg18.9135154
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0810.2197
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.02966
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2180.2528
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1740.2116
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2140.287
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1520.224
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.6751.5777
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.30721272
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.1123487
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.5134.5452
LS精密化 シェル解像度: 1.5→1.539 Å / Total num. of bins used: 20 /
Rfactor反射数
Rfree0.333 85
Rwork0.271 1343
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 61.9243 Å / Origin y: 9.4668 Å / Origin z: 7.3717 Å
111213212223313233
T0.0091 Å20.0051 Å20 Å2-0.0058 Å20.0069 Å2--0.0161 Å2
L0.2775 °20.0552 °2-0.1345 °2-0.373 °20.1358 °2--0.6386 °2
S0.0164 Å °0.0281 Å °0.0133 Å °0.0036 Å °0.0154 Å °-0.0208 Å °-0.0187 Å °-0.0194 Å °-0.0318 Å °
精密化
*PLUS
最高解像度: 1.5 Å / 最低解像度: 30 Å / Num. reflection Rfree: 1082 / Rfactor Rwork: 0.1977
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_d0.009
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_deg1.094

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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