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- PDB-1ro5: Crystal Structure of the AHL Synthase LasI -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1ro5
タイトルCrystal Structure of the AHL Synthase LasI
要素Autoinducer synthesis protein lasI
キーワードSIGNALING PROTEIN / alpha-beta-alpha sandwich / phosphopantetheine fold
機能・相同性
機能・相同性情報


acyl-homoserine-lactone synthase / N-acyl homoserine lactone synthase activity / quorum sensing / signal transduction
類似検索 - 分子機能
Autoinducer synthesis, conserved site / Autoinducer synthase family signature. / Autoinducer synthase / Autoinducer synthase / Autoinducer synthase family profile. / Gcn5-related N-acetyltransferase (GNAT) / Acyl-CoA N-acyltransferase / Aminopeptidase / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Acyl-homoserine-lactone synthase
類似検索 - 構成要素
生物種Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単一同系置換・異常分散 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Gould, T.A. / Schweizer, H.P. / Churchill, M.E.
引用ジャーナル: Mol.Microbiol. / 年: 2004
タイトル: Structure of the Pseudomonas aeruginosa acyl-homoserinelactone synthase LasI.
著者: Gould, T.A. / Schweizer, H.P. / Churchill, M.E.
履歴
登録2003年12月1日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02004年8月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月29日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.32022年12月21日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_struct_conn_angle ...database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42024年5月22日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Autoinducer synthesis protein lasI
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,1106
ポリマ－22,6601
非ポリマー4505
水1,04558
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
A: Autoinducer synthesis protein lasI
ヘテロ分子
x 12


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)277,31972
ポリマ－271,92312
非ポリマー5,39660
水21612
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation7_555-z,-x,y1
crystal symmetry operation10_555-y,z,-x1
crystal symmetry operation16_544x,-y-1/2,-z-1/21
crystal symmetry operation20_544-z,x-1/2,-y-1/21
crystal symmetry operation24_544-y,-z-1/2,x-1/21
crystal symmetry operation27_554-x+1/2,y,-z-1/21
crystal symmetry operation30_554z+1/2,-x,-y-1/21
crystal symmetry operation33_554y+1/2,z,x-1/21
crystal symmetry operation38_545-x+1/2,-y-1/2,z1
crystal symmetry operation41_545z+1/2,x-1/2,y1
crystal symmetry operation47_545y+1/2,-z-1/2,-x1
Buried area31610 Å2
ΔGint-921 kcal/mol
Surface area95210 Å2
手法PISA, PQS
3
A: Autoinducer synthesis protein lasI
ヘテロ分子
x 12


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)277,31972
ポリマ－271,92312
非ポリマー5,39660
水21612
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_655-x+1,-y,z1
crystal symmetry operation3_655-x+1,y,-z1
crystal symmetry operation4_555x,-y,-z1
crystal symmetry operation33_554y+1/2,z,x-1/21
crystal symmetry operation34_555-y+1/2,z,-x+1/21
crystal symmetry operation35_555y+1/2,-z,-x+1/21
crystal symmetry operation36_554-y+1/2,-z,x-1/21
crystal symmetry operation41_545z+1/2,x-1/2,y1
crystal symmetry operation42_555z+1/2,-x+1/2,-y1
crystal symmetry operation43_555-z+1/2,-x+1/2,y1
crystal symmetry operation44_545-z+1/2,x-1/2,-y1
Buried area26280 Å2
ΔGint-773 kcal/mol
Surface area100540 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)154.900, 154.900, 154.900
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number196
Space group name H-MF23
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-402-

SO4

21A-403-

SO4

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要素

#1: タンパク質 Autoinducer synthesis protein lasI / AHL SYNTHASE LASI


分子量: 22660.248 Da / 分子数: 1
変異: Deletion of residues 60, 61, 62, 63, and insertion of 60G
由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌) / 遺伝子: LASI, PA1432 / プラスミド: pViet / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): SA1503 (DE3) / 参照: UniProt: P33883
#2: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 58 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.42 Å3/Da / 溶媒含有率: 63.99 %
結晶化温度: 303 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.9
詳細: Ammonium Sulfate, Sodium Sulfate, MOPS, NaCl, pH 6.9, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 303K

-
データ収集

回折平均測定温度: 95 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 1.033 Å
検出器タイプ: SBC-2 / 検出器: CCD / 日付: 2001年12月11日 / 詳細: Undulator A
放射モノクロメーター: SI 220 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.033 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→500 Å / Num. obs: 13180 / % possible obs: 95 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 7.52 % / Rmerge(I) obs: 0.103 / Net I/σ(I): 25.14
反射 シェル解像度: 2.3→2.38 Å / 冗長度: 1.8 % / Rmerge(I) obs: 0.221 / Mean I/σ(I) obs: 4 / Num. unique all: 1067 / % possible all: 77

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.1.24精密化
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
SOLVE位相決定
RESOLVE位相決定
精密化構造決定の手法: 単一同系置換・異常分散 / 解像度: 2.3→35.58 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.95 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.932 / SU B: 5.543 / SU ML: 0.138 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.251 / ESU R Free: 0.208
詳細: CNS was also used in refinement. Only the S for SO4 402 and 403 is present in the coordinates.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.23637 1338 9.9 %RANDOM
Rwork0.19251 ---
all0.1971 13860 --
obs0.19712 12210 99.21 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 47.441 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.36 Å0.3 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.31 Å0.24 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→35.58 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1561 0 13 58 1632
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0360.0211625
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.3821.9672191
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.6715195
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1880.2238
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0130.021195
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.260.2706
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1640.283
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined0.1660.23
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.7330.249
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.3120.29
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.7281.5973
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.15121564
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it4.8983652
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it7.6914.5627
LS精密化 シェル解像度: 2.301→2.361 Å / Total num. of bins used: 20 /
Rfactor反射数
Rfree0.327 80
Rwork0.23 877

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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