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万見
- PDB-1rnh: STRUCTURE OF RIBONUCLEASE H PHASED AT 2 ANGSTROMS RESOLUTION BY M... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1rnh
タイトルSTRUCTURE OF RIBONUCLEASE H PHASED AT 2 ANGSTROMS RESOLUTION BY MAD ANALYSIS OF THE SELENOMETHIONYL PROTEIN
要素RIBONUCLEASE HI
キーワードHYDROLASE(ENDORIBONUCLEASE)
機能・相同性
機能・相同性情報


DNA replication, removal of RNA primer / RNA catabolic process / ribonuclease H / RNA-DNA hybrid ribonuclease activity / endonuclease activity / nucleic acid binding / magnesium ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Ribonuclease HI / : / Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H / RNase H / RNase H type-1 domain profile. / Ribonuclease H domain / Nucleotidyltransferase; domain 5 / Ribonuclease H superfamily / Ribonuclease H-like superfamily / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Ribonuclease HI / Ribonuclease HI
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / 解像度: 2 Å
データ登録者Yang, W. / Hendrickson, W.A. / Crouch, R.J. / Satow, Y.
引用
ジャーナル: Science / 年: 1990
タイトル: Structure of ribonuclease H phased at 2 A resolution by MAD analysis of the selenomethionyl protein.
著者: Yang, W. / Hendrickson, W.A. / Crouch, R.J. / Satow, Y.
#1: ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 1990
タイトル: Expression, Purification, and Crystallization of Natural and Selenomethionyl Recombinant Ribonuclease H from Escherichia Coli
著者: Yang, W. / Hendrickson, W.A. / Kalman, E.T. / Crouch, R.J.
履歴
登録1990年7月11日処理サイト: BNL
改定 1.01991年10月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月24日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年6月5日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.process_site / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42024年10月23日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: RIBONUCLEASE HI
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,9072
ポリマ－17,8111
非ポリマー961
水1,54986
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)41.790, 86.340, 36.310
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
Atom site foot note1: RESIDUE 17 IS A CIS PROLINE.
2: THERE ARE THREE REGIONS OF LOW (OR NO) DENSITY, CONSISTING OF MSE 1 - LYS 3 (N TERMINUS), TYR 28 - ARG 31 (LOOP BETWEEN BETA STRAND 1 AND BETA STRAND 2), AND VAL 153 - VAL 155 (C TERMINUS). NO ...2: THERE ARE THREE REGIONS OF LOW (OR NO) DENSITY, CONSISTING OF MSE 1 - LYS 3 (N TERMINUS), TYR 28 - ARG 31 (LOOP BETWEEN BETA STRAND 1 AND BETA STRAND 2), AND VAL 153 - VAL 155 (C TERMINUS). NO COORDINATES ARE PRESENT IN THIS ENTRY FOR MSE 1 AND THE THREE C-TERMINAL RESIDUES.

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要素

#1: タンパク質 RIBONUCLEASE HI


分子量: 17810.578 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: K12 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: P00647, UniProt: P0A7Y4*PLUS, ribonuclease H
#2: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 86 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.84 Å3/Da / 溶媒含有率: 33.09 %
結晶化
*PLUS
pH: 7.5 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細
110 mg/mlprotein1drop
21.5 %satammonium sulfate1drop
310 mMHEPES1dropr
420-25 %(w/w)PEG33501reservoir
51.5 %satammonium sulfate1reservoir
61 mMEDTA1reservoir
71 mMdithiothreitol1reservoir
810 mMTris-HCl1reservoir

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データ収集

放射散乱光タイプ: x-ray
放射波長相対比: 1

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解析

ソフトウェア名称: PROLSQ / 分類: 精密化
精密化解像度: 2→10 Å / Rfactor obs: 0.198 / σ(F): 4
詳細: THERE ARE THREE REGIONS OF LOW (OR NO) DENSITY, CONSISTING OF MSE 1 - LYS 3 (N TERMINUS), TYR 28 - ARG 31 (LOOP BETWEEN BETA STRAND 1 AND BETA STRAND 2), AND VAL 153 - VAL 155 (C TERMINUS). ...詳細: THERE ARE THREE REGIONS OF LOW (OR NO) DENSITY, CONSISTING OF MSE 1 - LYS 3 (N TERMINUS), TYR 28 - ARG 31 (LOOP BETWEEN BETA STRAND 1 AND BETA STRAND 2), AND VAL 153 - VAL 155 (C TERMINUS). NO COORDINATES ARE PRESENT IN THIS ENTRY FOR MSE 1 AND THE THREE C-TERMINAL RESIDUES.
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→10 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1209 0 5 86 1300
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONp_bond_d0.0150.02
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_d0.0340.03
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_deg
X-RAY DIFFRACTIONp_planar_d0.0130.02
X-RAY DIFFRACTIONp_hb_or_metal_coord
X-RAY DIFFRACTIONp_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONp_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONp_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONp_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONp_plane_restr
X-RAY DIFFRACTIONp_chiral_restr0.1720.15
X-RAY DIFFRACTIONp_singtor_nbd
X-RAY DIFFRACTIONp_multtor_nbd
X-RAY DIFFRACTIONp_xhyhbond_nbd
X-RAY DIFFRACTIONp_xyhbond_nbd
X-RAY DIFFRACTIONp_planar_tor
X-RAY DIFFRACTIONp_staggered_tor
X-RAY DIFFRACTIONp_orthonormal_tor
X-RAY DIFFRACTIONp_transverse_tor
X-RAY DIFFRACTIONp_special_tor
精密化
*PLUS
最高解像度: 2 Å / 最低解像度: 10 Å / Rfactor all: 0.198 / Num. reflection obs: 8646 / Rfactor Rfree: 0.198
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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