[日本語] English
万見
- PDB-1rmv: RIBGRASS MOSAIC VIRUS, FIBER DIFFRACTION -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1rmv
タイトルRIBGRASS MOSAIC VIRUS, FIBER DIFFRACTION
要素
  • RIBGRASS MOSAIC VIRUS COAT PROTEIN
  • RIBGRASS MOSAIC VIRUS RNA
キーワードVirus/RNA / RIBGRASS MOSAIC VIRUS / TOBAMOVIRUS / RMV CLUSTER / COAT PROTEIN (VIRAL) / COMPLEX (COAT PROTEIN-RNA) / Helical virus / Virus-RNA COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


helical viral capsid / structural molecule activity
類似検索 - 分子機能
Tobacco mosaic virus-like, coat protein / Tobacco mosaic virus-like, coat protein / Tobacco mosaic virus-like, coat protein superfamily / Virus coat protein (TMV like) / Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A) / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
RNA / Capsid protein
類似検索 - 構成要素
生物種Ribgrass mosaic virus (ウイルス)
手法繊維回折 / 分子置換 / 解像度: 2.9 Å
データ登録者Wang, H. / Stubbs, G.
引用
ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.A / 年: 1993
タイトル: Molecular dynamics in refinement against fiber diffraction data.
著者: Wang, H. / Stubbs, G.
#1: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1993
タイトル: Preliminary X-Ray Diffraction Studies of Ribgrass Mosaic Virus
著者: Wang, H. / Planchart, A. / Allen, D. / Pattanayek, R. / Stubbs, G.
#2: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.A / 年: 1985
タイトル: Solving the Phase Problem in Fiber Diffraction. Application to Tobacco Mosaic Virus at 3.6 Angstroms Resolution
著者: Namba, K. / Stubbs, G.
履歴
登録1997年2月11日処理サイト: BNL
改定 1.01997年5月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月24日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32017年11月29日Group: Derived calculations / Other
カテゴリ: pdbx_database_status / struct_conf / struct_conf_type
Item: _pdbx_database_status.process_site
改定 1.42023年8月9日Group: Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: database_2 / pdbx_initial_refinement_model ...database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_oper_list / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_oper_list.name / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _pdbx_struct_oper_list.type / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 1.52024年10月16日Group: Data collection / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
B: RIBGRASS MOSAIC VIRUS RNA
A: RIBGRASS MOSAIC VIRUS COAT PROTEIN


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,5112
ポリマ－18,5112
非ポリマー00
水00
1
B: RIBGRASS MOSAIC VIRUS RNA
A: RIBGRASS MOSAIC VIRUS COAT PROTEIN
x 49


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)907,04598
ポリマ－907,04598
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
helical symmetry operation48
identity operation1_555x,y,z1
2


  • 登録構造と同一（異なる座標系）
  • helical asymmetric unit
タイプ名称対称操作数
helical symmetry operation1
3


  • 登録構造と同一
  • helical asymmetric unit, std helical frame
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)1.000, 1.000, 1.000
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number1
Space group name H-MP1
対称性らせん対称: (回転対称性: 1 / Dyad axis: no / N subunits divisor: 49 / Num. of operations: 49 / Rise per n subunits: 69.7 Å / Rotation per n subunits: 1080 °)
詳細THE BASIC REPEAT UNIT OF THE VIRAL HELIX IS 69.7 ANGSTROMS IN LENGTH WITH 49 SUBUNITS IN 3 HELICAL TURNS.

-
要素

#1: RNA鎖 RIBGRASS MOSAIC VIRUS RNA


分子量: 958.660 Da / 分子数: 1 / 断片: GAA / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Ribgrass mosaic virus (ウイルス) / 属: Tobamovirus
#2: タンパク質 RIBGRASS MOSAIC VIRUS COAT PROTEIN


分子量: 17552.461 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Ribgrass mosaic virus (ウイルス) / 属: Tobamovirus / 参照: UniProt: P03580
Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: 繊維回折

-
試料調製

結晶化pH: 7.2 / 詳細: pH 7.2
結晶化
*PLUS

-
データ収集

回折平均測定温度: 298 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: ELLIOT GX-6 / 波長: 1.5418
検出器タイプ: KODAK FILM / 検出器: FILM / 日付: 1990年10月1日 / 詳細: MIRRORS
放射単色(M)・ラウエ(L): M
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.8→50 Å / Num. obs: 6045 / % possible obs: 91.2 % / 冗長度: 4 %

-
解析

ソフトウェア
名称分類
FXPLOR精密化
RADPVデータ削減
SCALVデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2TMV

2tmv


解像度: 2.9→10 Å / σ(F): 0 /
Rfactor反射数%反射
Rwork0.095 --
obs-5315 91.2 %
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.9→10 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1235 67 0 0 1302
ソフトウェア
*PLUS
名称: FXPLOR / 分類: refinement
精密化
*PLUS
Rfactor obs: 0.095
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプ
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る