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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1rmt | ||||||
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タイトル | Crystal structure of AphA class B acid phosphatase/phosphotransferase complexed with adenosine. | ||||||
![]() | Class B acid phosphatase | ||||||
![]() | HYDROLASE / Class B acid phosphatase / DDDD acid phosphatase / metallo-enzyme / adenosine. | ||||||
機能・相同性 | ![]() L-phosphoserine phosphatase activity / acid phosphatase / acid phosphatase activity / outer membrane-bounded periplasmic space / magnesium ion binding / identical protein binding / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Calderone, V. / Forleo, C. / Benvenuti, M. / Rossolini, G.M. / Thaller, M.C. / Mangani, S. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Insights in the catalytic mechanism of AphA from Escherichia coli 著者: Calderone, V. / Forleo, C. / Benvenuti, M. / Rossolini, G.M. / Thaller, M.C. / Mangani, S. #1: ![]() タイトル: Identification of the gene (aphA) encoding the class B acid phosphatase/phosphotransferase of Escherichia coli MG1655 and characterization of its product. 著者: Thaller, M.C. / Schippa, S. / Bonci, A. / Cresti, S. / Rossolini, G.M. #2: ![]() タイトル: Expression, purification, crystallization and preliminary X-ray characterization of the class B acid phosphatase (AphA) from Escherichia coli 著者: Forleo, C. / Benvenuti, M. / Calderone, V. / Schippa, S. / Docquier, J.D. / Thaller, M.C. / M Rossolini, G. / Mangani, S. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 383.5 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 308.8 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 1.8 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 1.9 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 46.9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 70.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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単位格子 |
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詳細 | The biological assembly is a tetramer and there is a tetramer in the asymmetric unit. |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 23555.342 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() 参照: UniProt: P32697, UniProt: P0AE22*PLUS, acid phosphatase #2: 化合物 | ChemComp-MG / #3: 化合物 | ChemComp-ADN / #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.36 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.97 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.2 詳細: Crystallization components* AphA 6mg/mL, 50mM Na acetate, 25% PEG 6000, 10mM adenosine, pH 7.2, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2002年12月7日 |
放射 | モノクロメーター: Diamond (111), Ge(220) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.96111 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.4→75.419 Å / Num. all: 153897 / Num. obs: 153897 / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.4 % / Rmerge(I) obs: 0.099 / Rsym value: 0.099 / Net I/σ(I): 3.7 |
反射 シェル | 解像度: 1.4→1.48 Å / 冗長度: 2.3 % / Rmerge(I) obs: 0.452 / Mean I/σ(I) obs: 1.6 / Rsym value: 0.452 / % possible all: 59.3 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: PDB entry 1N8N 解像度: 1.4→74.54 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.965 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.954 / SU B: 1.205 / SU ML: 0.046 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.079 / ESU R Free: 0.067 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 11.611 Å2
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Refine analyze | Luzzati coordinate error obs: 0.046 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.4→74.54 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.4→1.436 Å / Total num. of bins used: 20 /
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