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- PDB-1rmq: Crystal structure of AphA class B acid phosphatase/phosphotransfe... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1rmq
タイトルCrystal structure of AphA class B acid phosphatase/phosphotransferase with osmiate mimicking the catalytic intermediate
要素Class B acid phosphatase
キーワードHYDROLASE / Class B acid phosphatase / DDDD acid phosphatase / metallo-enzyme / osmiate
機能・相同性
機能・相同性情報


L-phosphoserine phosphatase activity / acid phosphatase / acid phosphatase activity / outer membrane-bounded periplasmic space / magnesium ion binding / identical protein binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
HAD-superfamily phosphatase, subfamily IIIB, AphA / Acid phosphatase, class B-like / HAD superfamily, subfamily IIIB (Acid phosphatase) / HAD superfamily/HAD-like / HAD superfamily / HAD-like superfamily / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
: / OSMIUM ION / Class B acid phosphatase / Class B acid phosphatase
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Calderone, V. / Forleo, C. / Benvenuti, M. / Rossolini, G.M. / Thaller, M.C. / Mangani, S.
引用
ジャーナル: To be Published
タイトル: Insights in the catalytic mechanism of AphA from Escherichia coli
著者: Calderone, V. / Forleo, C. / Benvenuti, M. / Rossolini, G.M. / Thaller, M.C. / Mangani, S.
#1: ジャーナル: FEMS Microbiol.Lett. / 年: 1997
タイトル: Identification of the gene (aphA) encoding the class B acid phosphatase/phosphotransferase of Escherichia coli MG1655 and characterization of its product
著者: Thaller, M.C. / Schippa, S. / Bonci, A. / Cresti, S. / Rossolini, G.M.
#2: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2003
タイトル: Expression, purification, crystallization and preliminary X-ray characterization of the class B acid phosphatase (AphA) from Escherichia coli
著者: Forleo, C. / Benvenuti, M. / Calderone, V. / Schippa, S. / Docquier, J.D. / Thaller, M.C. / M Rossolini, G. / Mangani, S.
履歴
登録2003年11月28日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02004年12月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月29日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.32023年8月23日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Class B acid phosphatase
B: Class B acid phosphatase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,9898
ポリマ－47,1112
非ポリマー8796
水5,332296
1
A: Class B acid phosphatase
B: Class B acid phosphatase
ヘテロ分子

A: Class B acid phosphatase
B: Class B acid phosphatase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)95,97916
ポリマ－94,2214
非ポリマー1,75812
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_556-x,y,-z+11
Buried area13870 Å2
ΔGint-165 kcal/mol
Surface area32980 Å2
手法PISA, PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)91.732, 66.447, 91.523
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 121.30, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-513-

HOH

21A-540-

HOH

詳細The biological assembly is a tetramer, but there is a dimer in the asymmetric unit.

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要素

#1: タンパク質 Class B acid phosphatase


分子量: 23555.342 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: APHA, NAPA, B4055, SF4149, S3580 / プラスミド: pATac / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): DH5alpha
参照: UniProt: P32697, UniProt: P0AE22*PLUS, acid phosphatase
#2: 化合物 ChemComp-CO / COBALT (II) ION


分子量: 58.933 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Co
#3: 化合物
ChemComp-OS / OSMIUM ION


分子量: 190.230 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Os
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 296 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.59 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.11 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.2
詳細: AphA 6mg/mL, 50mM Na acetate, 25% PEG 6000, 10mM osmiate, pH 7.2, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: BM30A / 波長: 1.13980, 1.14057, 1.13800
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2002年2月12日 / 詳細: Double crystal monochromator
放射モノクロメーター: Double crystal monochromator / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
11.13981
21.140571
31.1381
反射解像度: 2→30.58 Å / Num. all: 31710 / Num. obs: 31710 / % possible obs: 99.3 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.4 % / Biso Wilson estimate: 23.344 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.089 / Rsym value: 0.089 / Net I/σ(I): 6.2
反射 シェル解像度: 2→2.11 Å / 冗長度: 3.1 % / Rmerge(I) obs: 0.402 / Mean I/σ(I) obs: 1.6 / Num. unique all: 4531 / Rsym value: 0.402 / % possible all: 97.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.1.24精密化
MOSFLMデータ削減
CCP4(SCALA)データスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1N8N

1n8n


解像度: 2→30 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.942 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.921 / SU B: 4.04 / SU ML: 0.113 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R: 0.183 / ESU R Free: 0.165 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.23002 2265 7.1 %RANDOM
Rwork0.18325 ---
all0.18661 29421 --
obs0.18661 29421 99.25 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 26.179 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.5 Å20 Å20.58 Å2
2--0.05 Å20 Å2
3---0.05 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.113 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3282 0 6 296 3584
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0260.0213353
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.9431.9294548
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg8.2025415
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1480.2483
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.010.022616
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2220.21640
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.2130.2284
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined0.3240.21
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2520.2116
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.250.228
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.1351.52082
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.85323365
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.31631271
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it5.0664.51183
LS精密化 シェル解像度: 2→2.052 Å / Total num. of bins used: 20 /
Rfactor反射数
Rfree0.297 163
Rwork0.239 2101

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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