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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1rla | ||||||
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タイトル | THREE-DIMENSIONAL STRUCTURE OF RAT LIVER ARGINASE, THE BINUCLEAR MANGANESE METALLOENZYME OF THE UREA CYCLE | ||||||
要素 | ARGINASE | ||||||
キーワード | HYDROLASE / UREA CYCLE / ARGININE METABOLISM / MAGNESIUM | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 regulation of L-arginine import across plasma membrane / Urea cycle / collagen biosynthetic process / mammary gland involution / arginine metabolic process / positive regulation of neutrophil mediated killing of fungus / negative regulation of T-helper 2 cell cytokine production / response to selenium ion / response to methylmercury / arginase ...regulation of L-arginine import across plasma membrane / Urea cycle / collagen biosynthetic process / mammary gland involution / arginine metabolic process / positive regulation of neutrophil mediated killing of fungus / negative regulation of T-helper 2 cell cytokine production / response to selenium ion / response to methylmercury / arginase / arginase activity / arginine catabolic process to ornithine / urea cycle / response to manganese ion / response to vitamin A / response to steroid hormone / Neutrophil degranulation / response to herbicide / response to zinc ion / cellular response to glucagon stimulus / negative regulation of type II interferon-mediated signaling pathway / defense response to protozoan / response to amine / negative regulation of activated T cell proliferation / response to vitamin E / response to axon injury / response to amino acid / maternal process involved in female pregnancy / cellular response to interleukin-4 / response to cadmium ion / negative regulation of T cell proliferation / cellular response to transforming growth factor beta stimulus / positive regulation of endothelial cell proliferation / cellular response to dexamethasone stimulus / liver development / female pregnancy / lung development / response to peptide hormone / cellular response to hydrogen peroxide / manganese ion binding / cellular response to lipopolysaccharide / mitochondrial outer membrane / adaptive immune response / response to lipopolysaccharide / response to xenobiotic stimulus / innate immune response / neuronal cell body / extracellular space / identical protein binding / cytosol / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Rattus norvegicus (ドブネズミ) | ||||||
手法 | X線回折 / 解像度: 2.1 Å | ||||||
データ登録者 | Kanyo, Z. / Scolnick, L. / Ash, D. / Christianson, D.W. | ||||||
引用 | ジャーナル: Nature / 年: 1996 タイトル: Structure of a unique binuclear manganese cluster in arginase. 著者: Kanyo, Z.F. / Scolnick, L.R. / Ash, D.E. / Christianson, D.W. #1: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1992 タイトル: Crystallization and Oligomeric Structure of Rat Liver Arginase 著者: Kanyo, Z.F. / Chen, C.Y. / Daghigh, F. / Ash, D.E. / Christianson, D.W. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1rla.cif.gz | 220.4 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1rla.ent.gz | 178.3 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1rla.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 1rla_validation.pdf.gz | 380.3 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 1rla_full_validation.pdf.gz | 394.1 KB | 表示 | |
XML形式データ | 1rla_validation.xml.gz | 20 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 1rla_validation.cif.gz | 31.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rl/1rla ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rl/1rla | HTTPS FTP |
-関連構造データ
類似構造データ |
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-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 35019.098 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: PH 8.5 / 由来: (天然) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 器官: LIVER / 参照: UniProt: P07824, arginase #2: 化合物 | ChemComp-MN / #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.28 Å3/Da / 溶媒含有率: 48 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | *PLUS 温度: 4 ℃ / pH: 8.5 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: Kanyo, Z.F., (1992) J.Mol.Biol., 224, 1175. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
放射光源 | 波長: 1.5418 |
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検出器 | タイプ: RIGAKU / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1994年9月17日 |
放射 | 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | Rmerge(I) obs: 0.056 |
反射 | *PLUS 最高解像度: 2.1 Å / Num. obs: 46162 / % possible obs: 91.6 % / Num. measured all: 147454 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 58.3 % / Rmerge(I) obs: 0.365 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 解像度: 2.1→20 Å / Rfactor Rfree: 0.229 / Rfactor Rwork: 0.178 / Rfactor obs: 0.178 / σ(F): 2 | |||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.1→20 Å
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ソフトウェア | *PLUS 名称: X-PLOR / 分類: refinement | |||||||||||||||
精密化 | *PLUS Num. reflection obs: 47913 | |||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | |||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | |||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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