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万見
- PDB-1rl5: NMR structure with tightly bound water molecule of cytotoxin I fr... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1rl5
タイトルNMR structure with tightly bound water molecule of cytotoxin I from Naja oxiana in aqueous solution (major form)
要素Cytotoxin 1
キーワードTOXIN / S-type cytotoxin / membrane perturbation / cis/trans isomerization / bound water
機能・相同性
機能・相同性情報


other organism cell membrane / toxin activity / killing of cells of another organism / extracellular region / membrane
類似検索 - 分子機能
Snake cytotoxin, cobra-type / Snake toxin, conserved site / Snake toxins signature. / : / Snake toxin cobra-type / Snake three-finger toxin / CD59 / CD59 / Snake toxin-like superfamily / Ribbon / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Naja oxiana (コブラ)
手法溶液NMR / torsion angle dynamics
データ登録者Dubinnyi, M.A. / Pustovalova, Y.E. / Dubovskii, P.V. / Utkin, Y.N. / Arseniev, A.S.
引用ジャーナル: Biochem.J. / 年: 2005
タイトル: Interaction of three-finger toxins with phospholipid membranes: comparison of S- and P-type cytotoxins.
著者: Dubovskii, P.V. / Lesovoy, D.M. / Dubinnyi, M.A. / Konshina, A.G. / Utkin, Y.N. / Efremov, R.G. / Arseniev, A.S.
履歴
登録2003年11月25日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02005年2月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月29日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32022年3月2日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_nmr_software ...database_2 / pdbx_nmr_software / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name
改定 1.42024年11月6日Group: Data collection / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Cytotoxin 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)6,8311
ポリマ－6,8311
非ポリマー00
水181
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 400target function
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質 Cytotoxin 1


分子量: 6831.339 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Naja oxiana (コブラ) / Secretion: venome / 参照: UniProt: P01451
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1112D NOESY
1212D TOCSY
131DQF-COSY
1422D NOESY
1522D TOCSY
162DQF-COSY
NMR実験の詳細Text: Cytotoxin I major and minor conformational states (in ratio of 6:1) in aqueous solution, corresponding to trans and cis val7-pro8 peptide bond conformations, were established via NMR spectra ...Text: Cytotoxin I major and minor conformational states (in ratio of 6:1) in aqueous solution, corresponding to trans and cis val7-pro8 peptide bond conformations, were established via NMR spectra analysis. Here is the obtained major structure of cytotoxin I. The presented at HETATM section HOH in each model are tightly bound water molecules (with longer than for bulk water lifetimes nearby protein), reaveled by NMR approach. The principle of apportionment of these water molecules differs from that in crystal structures, for which the water molecules being at the proximity to protein are indicated.

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
120mM Cytotoxin I, 50mM KCl, H2OKCl: 50mM, H2O
220mM Cytotoxin I, 50mM KCl, D2OKCl: 50mM, D2O
試料状態イオン強度: 50 mM / pH: 6 / 圧: normal / 温度: 323 K

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NMR測定

放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M
放射波長相対比: 1
NMRスペクトロメータータイプ: Bruker DRX / 製造業者: Bruker / モデル: DRX / 磁場強度: 500 MHz

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
XwinNMR3.1.acollection
XwinNMR3.1.a解析
XEASY1.2.11Bartels. C.データ解析
CYANA1.0.6Guntert, P.構造決定
NMRPipeApril 12, 2001Delagio, F.解析
ACME2001.085.20.47Delagio, F.データ解析
CYANA1.0.6Guntert, P.精密化
精密化手法: torsion angle dynamics / ソフトェア番号: 1
詳細: 478 NOE-derived constraints, 202 angular constraints, 186 constraints for 31 hydrogen bonds, 24 constraints for 4 SS-bonds
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: target function / 計算したコンフォーマーの数: 400 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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