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- PDB-1rkx: Crystal Structure at 1.8 Angstrom of CDP-D-glucose 4,6-dehydratas... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1rkx
タイトルCrystal Structure at 1.8 Angstrom of CDP-D-glucose 4,6-dehydratase from Yersinia pseudotuberculosis
要素CDP-glucose-4,6-dehydratase
キーワードLYASE / Dehydratase / SDR / CDP Glucose dehydratase
機能・相同性
機能・相同性情報


CDP-glucose 4,6-dehydratase / CDP-glucose 4,6-dehydratase activity / nucleotide binding
類似検索 - 分子機能
CDP-glucose 4,6-dehydratase / GDP-mannose 4,6 dehydratase / NAD(P)-binding domain / UDP-galactose 4-epimerase, domain 1 / UDP-galactose 4-epimerase; domain 1 / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / NAD(P)-binding domain superfamily / Alpha-Beta Complex / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE / CDP-D-glucose-4,6-dehydratase
類似検索 - 構成要素
生物種Yersinia pseudotuberculosis (仮性結核菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散, 多重同系置換 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Vogan, E.M. / Bellamacina, C. / He, X. / Liu, H.W. / Ringe, D. / Petsko, G.A.
引用
ジャーナル: Biochemistry / 年: 2004
タイトル: Crystal Structure at 1.8 A Resolution of CDP-d-Glucose 4,6-Dehydratase from Yersinia pseudotuberculosis
著者: Vogan, E.M. / Bellamacina, C. / He, X. / Liu, H.W. / Ringe, D. / Petsko, G.A.
#1: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2002
タイトル: Purification, crystallization and molecular symmetry of CDP-D-glucose 4,6-dehydratase from Yersinia pseudotuberculosis.
著者: Vogan, E.M. / Bellamacina, C.R. / He, X. / Liu, H.-W. / Ringe, D. / Petsko, G.A.
#2: ジャーナル: To be Published
タイトル: The X-ray crystal structure of CDP-D-glucose 4,6-dehydratase from Yersinia pseduotuberculosis.
履歴
登録2003年11月23日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02004年3月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月29日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年2月14日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: CDP-glucose-4,6-dehydratase
B: CDP-glucose-4,6-dehydratase
C: CDP-glucose-4,6-dehydratase
D: CDP-glucose-4,6-dehydratase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)163,9158
ポリマ－161,2614
非ポリマー2,6544
水15,529862
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area12650 Å2
ΔGint-85 kcal/mol
Surface area48620 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)99.900, 115.870, 126.830
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
詳細The biological assembly is a 222 tetramer. All molecules all included explicitly.

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要素

#1: タンパク質
CDP-glucose-4,6-dehydratase


分子量: 40315.230 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Yersinia pseudotuberculosis (仮性結核菌)
遺伝子: ascB / プラスミド: pJT8 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): HB101 / 参照: UniProt: Q57329, CDP-glucose 4,6-dehydratase
#2: 化合物
ChemComp-NAD / NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE


分子量: 663.425 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H27N7O14P2 / コメント: NAD*YM
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 862 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.3 Å3/Da / 溶媒含有率: 46 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: ammonium sulfate, PEG 4000, potassium HEPES, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K

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データ収集

回折平均測定温度: 113 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X12B / 波長: 1.0704 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 1999年3月5日
放射モノクロメーター: Si 111 Crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.0704 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→50 Å / Num. all: 136502 / Num. obs: 133360 / % possible obs: 97.7 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 5.8 % / Biso Wilson estimate: 19.8 Å2 / Rsym value: 0.066 / Net I/σ(I): 18.4
反射 シェル解像度: 1.8→1.86 Å / 冗長度: 3.2 % / Mean I/σ(I) obs: 2.6 / Num. unique all: 13502 / Rsym value: 0.35 / % possible all: 93.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNS0.9精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
MLPHARE位相決定
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散, 多重同系置換
開始モデル: NONE

解像度: 1.8→36.25 Å / Rfactor Rfree error: 0.004 / Data cutoff high absF: 4589 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED INDIVIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.266 5025 3.8 %SHELLS
Rwork0.229 ---
all0.229 133248 --
obs0.229 133248 97.5 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 46.66 Å2 / ksol: 0.367491 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 27 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-8.04 Å20 Å20 Å2
2---3.89 Å20 Å2
3----4.16 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.29 Å0.25 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.29 Å0.26 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.8→36.25 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数11121 0 176 862 12159
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.006
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.2
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d21
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.74
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it2.221.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it3.232
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it3.12
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it5.172.5
Refine LS restraints NCSNCS model details: RESTR
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 10

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection Rfree% reflection Rfree (%)Rfactor RworkNum. reflection RworkRfactor Rfree errorNum. reflection obs% reflection obs (%)
1.8-1.860.3383352.70.307122100.0181254592.7
1.86-1.940.4776700.3951318797.8
1.94-2.030.313350.2581345399.4
2.03-2.130.2596700.2251349199.6
2.13-2.270.2743350.2921338798.7
2.27-2.440.2936700.2351347099
2.44-2.690.2493690.2091360699.8
2.69-3.080.2476360.221363199.9
3.08-3.880.2313350.2071234489.6
3.88-5000.2096700.1841413499.7
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PARAMPROTEIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION2WATER_REP.PARAMWATER.TOP
X-RAY DIFFRACTION3NAD.PARNAD.TOP
X-RAY DIFFRACTION4CIS_PEPTIDE.PARAM

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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