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- PDB-1rkq: Crystal structure of HAD-like phosphatase yidA from E. coli -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1rkq
タイトルCrystal structure of HAD-like phosphatase yidA from E. coli
要素Hypothetical protein yidA
キーワードstructural genomics / unknown function / Two domain structure with beta-alpha sandwich. Stucture contains a Magnesium Ion. / PSI / Protein Structure Initiative / New York SGX Research Center for Structural Genomics / NYSGXRC
機能・相同性
機能・相同性情報


sugar-phosphatase / sugar-phosphatase activity / phosphatase activity / magnesium ion binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Hypothetical cof family signature 1. / Hypothetical Protein, Haloacid Dehalogenase-like Hydrolase; Chain: A; domain 2 - #10 / Cof family / Hypothetical cof family signature 2. / Hypothetical Protein, Haloacid Dehalogenase-like Hydrolase; Chain: A; domain 2 / HAD-superfamily hydrolase, subfamily IIB / haloacid dehalogenase-like hydrolase / HAD superfamily/HAD-like / HAD superfamily / HAD-like superfamily ...Hypothetical cof family signature 1. / Hypothetical Protein, Haloacid Dehalogenase-like Hydrolase; Chain: A; domain 2 - #10 / Cof family / Hypothetical cof family signature 2. / Hypothetical Protein, Haloacid Dehalogenase-like Hydrolase; Chain: A; domain 2 / HAD-superfamily hydrolase, subfamily IIB / haloacid dehalogenase-like hydrolase / HAD superfamily/HAD-like / HAD superfamily / HAD-like superfamily / Rossmann fold / 2-Layer Sandwich / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Sugar phosphatase YidA
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / Single Crystal SIRAS by RIP / 解像度: 1.4 Å
データ登録者Ramagopal, U.A. / Almo, S.C. / Burley, S.K. / New York SGX Research Center for Structural Genomics (NYSGXRC)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal Structure of NYSGRC target T1436: A Hypothetical protein yidA.
著者: Ramagopal, U.A. / Almo, S.C.
履歴
登録2003年11月23日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02004年3月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月29日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32017年10月11日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.42021年2月3日Group: Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: audit_author / pdbx_struct_conn_angle ...audit_author / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _audit_author.identifier_ORCID / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id ..._audit_author.identifier_ORCID / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.52024年2月14日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.62024年4月3日Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Hypothetical protein yidA
B: Hypothetical protein yidA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)62,2806
ポリマ－62,1612
非ポリマー1204
水11,133618
1
A: Hypothetical protein yidA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,1403
ポリマ－31,0801
非ポリマー602
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Hypothetical protein yidA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,1403
ポリマ－31,0801
非ポリマー602
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)45.120, 54.871, 67.725
Angle α, β, γ (deg.)112.58, 96.37, 106.79
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

#1: タンパク質 Hypothetical protein yidA


分子量: 31080.424 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: YIDA, B3697, C4619, SF3767, S4004 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0A8Y5
#2: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 618 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.31 Å3/Da / 溶媒含有率: 49 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: PEG 3350, Magnesium Chloride,, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K

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データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11201
21201
放射光源
由来サイトビームラインID波長 (Å)
シンクロトロンNSLS X9A10.97901
シンクロトロンNSLS X9A21.0083
検出器
タイプID検出器日付
MARRESEARCH1CCD2003年8月6日
MARRESEARCH2CCD2003年8月6日
放射
IDプロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1SINGLE WAVELENGTHMx-ray1
2SINGLE WAVELENGTHMx-ray2
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.979011
21.00831
反射解像度: 1.4→24 Å / Num. all: 106331 / Num. obs: 106331 / % possible obs: 95.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.7 % / Biso Wilson estimate: 16.8 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.043 / Rsym value: 0.064 / Net I/σ(I): 30.9
反射 シェル解像度: 1.4→1.45 Å / Rmerge(I) obs: 0.37 / Mean I/σ(I) obs: 2.58 / Num. unique all: 10374 / Rsym value: 0.56 / % possible all: 93.4

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解析

ソフトウェア
名称分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
SHELXEモデル構築
RESOLVEモデル構築
ARP/wARPモデル構築
REFMAC精密化
RESOLVE位相決定
精密化構造決定の手法: Single Crystal SIRAS by RIP
開始モデル: Experimental Phasing by single crystal SIRAS (Radiation damage).

解像度: 1.4→24.5 Å / SU B: 1.104 / SU ML: 0.044 / Isotropic thermal model: ISOTROPIC / 交差検証法: Throught / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R: 0.063 / ESU R Free: 0.068 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.213 5253 -RANDOM
Rwork0.177 ---
all0.185 99828 --
obs-99828 95.5 %-
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.4→24.5 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4208 0 10 612 4830
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Weight
X-RAY DIFFRACTIONp_bond_d0.0242820.02
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_d0.03458160.04
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_deg
X-RAY DIFFRACTIONp_planar_d0.0414100.05
X-RAY DIFFRACTIONp_hb_or_metal_coord
X-RAY DIFFRACTIONp_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONp_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONp_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONp_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONp_plane_restr0.0315400.04
X-RAY DIFFRACTIONp_chiral_restr0.1390.15
X-RAY DIFFRACTIONp_singtor_nbd0.16815560.3
X-RAY DIFFRACTIONp_multtor_nbd0.26926390.3
X-RAY DIFFRACTIONp_xhyhbond_nbd
X-RAY DIFFRACTIONp_xyhbond_nbd0.105990.3
X-RAY DIFFRACTIONp_planar_tor6.25597
X-RAY DIFFRACTIONp_staggered_tor13.41515
X-RAY DIFFRACTIONp_orthonormal_tor
X-RAY DIFFRACTIONp_transverse_tor22.25420
X-RAY DIFFRACTIONp_special_tor0015
LS精密化 シェル解像度: 1.4→1.469 Å /
Rfactor反射数
Rfree0.259 660
Rwork0.2 -
obs-13179

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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