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- PDB-1rjl: Structure of the complex between OspB-CT and bactericidal Fab-H6831 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1rjl
タイトルStructure of the complex between OspB-CT and bactericidal Fab-H6831
要素
  • (Outer surface protein B) x 2
  • Fab H6831 H-chain
  • Fab H6831 L-chain
キーワードIMMUNE SYSTEM / Beta Sheet / Antibody-Protein Complex
機能・相同性
機能・相同性情報


cell outer membrane / membrane
類似検索 - 分子機能
Outer Surface Protein A; domain 3 - #1 / Outer surface lipoprotein, Borrelia / Outer surface lipoprotein domain superfamily / Borrelia lipoprotein / Outer Surface Protein A; domain 3 / Prokaryotic membrane lipoprotein lipid attachment site profile. / Immunoglobulins / Alpha-Beta Complex / Immunoglobulin-like / Sandwich ...Outer Surface Protein A; domain 3 - #1 / Outer surface lipoprotein, Borrelia / Outer surface lipoprotein domain superfamily / Borrelia lipoprotein / Outer Surface Protein A; domain 3 / Prokaryotic membrane lipoprotein lipid attachment site profile. / Immunoglobulins / Alpha-Beta Complex / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Outer surface protein B
類似検索 - 構成要素
生物種Borrelia burgdorferi (バクテリア)
Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.6 Å
データ登録者Becker, M. / Bunikis, J. / Lade, B.D. / Dunn, J.J. / Barbour, A.G. / Lawson, C.L.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2005
タイトル: Structural Investigation of Borrelia burgdorferi OspB, a BactericidalFab Target.
著者: Becker, M. / Bunikis, J. / Lade, B.D. / Dunn, J.J. / Barbour, A.G. / Lawson, C.L.
履歴
登録2003年11月19日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02004年11月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月29日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32023年8月23日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_special_symmetry / struct_sheet
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_sheet.number_strands
Remark 999SEQUENCE CHAINS A AND B: NO SUITABLE SEQUENCE DATABASE REFERENCE WAS FOUND AT THE TIME OF ...SEQUENCE CHAINS A AND B: NO SUITABLE SEQUENCE DATABASE REFERENCE WAS FOUND AT THE TIME OF PROCESSING. CHAIN C: THE SEQUENCE LISTED IN THE SEQRES FOR CHAIN C IS THE PORTION OF THE FOLLOWING CONSTRUCT THAT WAS CLEARLY OBSERVED IN THE DENSITY: ANKLDSKKLTRSNGTTLEYSQITDADNATKAVETLKNSIKLEGSLVVGKTTVEIK EGTVTLKREIEKDGKVKVFLNDTAGSNKKTGKWEDSTSTLTISADSKKTKDLVFL TDGTITVQQYNTAGTSLEGSASEIKNLSELKNALK THE AUTHORS DO NOT KNOW IF THE PORTION OF THE CONSTRUCT THAT WAS NOT OBSERVED IN THE DENSITY WAS MISSING DUE TO PROTEOLYSIS, OR WAS DISORDERED IN THE CRYSTAL. CHAIN D: THE AUTHORS SAW AN EXTRA BETA STRAND OF DENSITY THAT WAS NOT CONTINUOUS WITH THE MAIN BODY OF DENSITY (I.E. THERE WAS NO DENSITY FOR A CONNECTING LOOP) AND THAT DID NOT SHOW CLEAR SIDECHAIN DENSITY. THIS STRAND PRESUMABLY ARISES FROM SOME PORTION OR PORTIONS OF THE REMAINING 'UNOBSERVED' SEQUENCE ABOVE, BUT SINCE THE REGISTER WAS UNKNOWN, THE AUTHORS MODELLED IT AS A POLYALANINE STRAND, LISTED IN THE SEQRES AND COORDINATES AS UNK, UNKNOWN RESIDUE.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Fab H6831 L-chain
B: Fab H6831 H-chain
C: Outer surface protein B
D: Outer surface protein B


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)57,6324
ポリマ－57,6324
非ポリマー00
水2,594144
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)186.286, 37.271, 87.939
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.66, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11D-3-

UNK

21D-3-

UNK

詳細The biological assembly consists of one Fab:OspB-CT complex, which forms the asymmetric unit.

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要素

#1: 抗体 Fab H6831 L-chain


分子量: 23218.699 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) / 株: BALB-C
#2: 抗体 Fab H6831 H-chain


分子量: 23659.381 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) / 株: BALB-C
#3: タンパク質 Outer surface protein B


分子量: 10310.563 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Borrelia burgdorferi (バクテリア)
遺伝子: OSPB, BBA16 / プラスミド: pET9c / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL2(DE3)/pLysS / 参照: UniProt: P17739
#4: タンパク質・ペプチド Outer surface protein B


分子量: 443.539 Da / 分子数: 1 / Fragment: 5-residue polyunknown fragment / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Borrelia burgdorferi (バクテリア)
遺伝子: OSPB, BBA16 / プラスミド: pET9c / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL2(DE3)/pLysS
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 144 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 3

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試料調製

結晶
IDマシュー密度 (Å3/Da)溶媒含有率 (%)
12.6553.56
2
3
結晶化
温度 (K)Crystal-ID手法pH詳細
2771蒸気拡散法, ハンギングドロップ法5.6PEG3350, sodium citrate, pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
2772蒸気拡散法, ハンギングドロップ法5.6PEG 3350, sodium citrate, isopropanol, pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
2773蒸気拡散法, ハンギングドロップ法7.5PEG 3350, propionamide, MOPS, ammonium sulfate, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K

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データ収集

回折平均測定温度: 288 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X12C / 波長: 0.98 Å
検出器タイプ: BRANDEIS / 検出器: CCD
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.6→30.09 Å / Num. obs: 17715 / % possible obs: 94.3 % / Observed criterion σ(F): 0 / 冗長度: 7.9 % / Biso Wilson estimate: 39.3 Å2 / Limit h max: 71 / Limit h min: -71 / Limit k max: 14 / Limit k min: -71 / Limit l max: 33 / Limit l min: 0 / Observed criterion F max: 508735.16 / Observed criterion F min: 0.45 / Rmerge(I) obs: 0.078 / Net I/σ(I): 14.6
反射 シェル解像度: 2.6→2.64 Å / Rmerge(I) obs: 0.157 / Mean I/σ(I) obs: 4.8 / % possible all: 87.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
CNS1精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
AMoRE位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: Fab portion of PDB ENTRY 1OSP

1osp


解像度: 2.6→30.09 Å / Rfactor Rfree error: 0.006 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.235 1745 9.9 %Random
Rwork0.191 ---
obs-17715 92.6 %-
溶媒の処理溶媒モデル: CNS bulk solvent model used / Bsol: 35.2404 Å2 / ksol: 0.303959 e/Å3
原子変位パラメータBiso max: 98.73 Å2 / Biso mean: 39.2 Å2 / Biso min: 1.43 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--5.58 Å20 Å23 Å2
2--10.27 Å20 Å2
3----4.69 Å2
Refine Biso
クラスRefine-IDTreatment
polymerX-RAY DIFFRACTIONisotropic
waterX-RAY DIFFRACTIONisotropic
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.36 Å0.28 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.4 Å0.3 Å
Luzzati d res high-2.6
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.6→30.09 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4044 0 0 144 4188
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.006
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.7
X-RAY DIFFRACTIONx_torsion_deg27.2
X-RAY DIFFRACTIONx_torsion_impr_deg1.48
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it1.511.5
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it2.672
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it1.982
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it3.042.5
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 8

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection Rfree% reflection Rfree (%)Rfactor RworkNum. reflection RworkRfactor Rfree errorNum. reflection allNum. reflection obs% reflection obs (%)
2.6-2.720.2432118.90.24518270.0172362203886.3
2.72-2.860.2531897.90.25518870.0182395207686.7
2.86-3.040.2312078.90.23118710.0162328207889.2
3.04-3.280.21424310.20.21320080.0142373225194.9
3.28-3.60.2032018.50.20120890.0142373229096.5
3.6-4.120.1792028.40.17821030.0132407230595.8
4.12-5.190.1432379.80.14220910.0092406232896.7
5.19-30.090.18125510.20.18220940.0112502234993.8
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1protein_rep.paramwater_rep.param
X-RAY DIFFRACTION2protein.topwater.top

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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