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- PDB-1rie: STRUCTURE OF A WATER SOLUBLE FRAGMENT OF THE RIESKE IRON-SULFUR P... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1rie
タイトルSTRUCTURE OF A WATER SOLUBLE FRAGMENT OF THE RIESKE IRON-SULFUR PROTEIN OF THE BOVINE HEART MITOCHONDRIAL CYTOCHROME BC1-COMPLEX
要素RIESKE IRON-SULFUR PROTEIN
キーワードELECTRON TRANSPORT / OXIDOREDUCTASE / CYTOCHROME BC1 COMPLEX / HISTIDINE LIGANDS / RIESKE IRON-SULFUR CLUSTER
機能・相同性
機能・相同性情報


Complex III assembly / Respiratory electron transport / respiratory chain complex III / quinol-cytochrome-c reductase / quinol-cytochrome-c reductase activity / mitochondrial electron transport, ubiquinol to cytochrome c / 2 iron, 2 sulfur cluster binding / oxidoreductase activity / mitochondrial inner membrane / mitochondrion / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Ubiquinol-cytochrome c reductase 8kDa, N-terminal / Ubiquinol-cytochrome c reductase 8 kDa, N-terminal / Globular protein, non-globular alpha/beta subunit / Rieske Iron-sulfur Protein / Rieske [2Fe-2S] iron-sulphur domain / 3-layer Sandwich / Cytochrome bc1 complex subunit Rieske, transmembrane domain superfamily / Cytochrome b-c1 complex subunit Rieske, transmembrane domain / Ubiquinol cytochrome reductase transmembrane region / Ubiquinol-cytochrome c reductase, iron-sulphur subunit ...Ubiquinol-cytochrome c reductase 8kDa, N-terminal / Ubiquinol-cytochrome c reductase 8 kDa, N-terminal / Globular protein, non-globular alpha/beta subunit / Rieske Iron-sulfur Protein / Rieske [2Fe-2S] iron-sulphur domain / 3-layer Sandwich / Cytochrome bc1 complex subunit Rieske, transmembrane domain superfamily / Cytochrome b-c1 complex subunit Rieske, transmembrane domain / Ubiquinol cytochrome reductase transmembrane region / Ubiquinol-cytochrome c reductase, iron-sulphur subunit / Rieske iron-sulphur protein, C-terminal / Rieske iron-sulphur protein / Rieske [2Fe-2S] domain / Rieske [2Fe-2S] iron-sulphur domain / Rieske [2Fe-2S] iron-sulfur domain profile. / Rieske [2Fe-2S] iron-sulphur domain superfamily / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER / Cytochrome b-c1 complex subunit Rieske, mitochondrial
類似検索 - 構成要素
生物種Bos taurus (ウシ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 1.5 Å
データ登録者Iwata, S. / Saynovits, M. / Link, T.A. / Michel, H.
引用
ジャーナル: Structure / 年: 1996
タイトル: Structure of a water soluble fragment of the 'Rieske' iron-sulfur protein of the bovine heart mitochondrial cytochrome bc1 complex determined by MAD phasing at 1.5 A resolution.
著者: Iwata, S. / Saynovits, M. / Link, T.A. / Michel, H.
#1: ジャーナル: Eur.J.Biochem. / 年: 1996
タイトル: Isolation, Characterisation and Crystallisation of a Water-Soluble Fragment of the Rieske Iron-Sulfur Protein of Bovine Heart Mitochondrial Bc1 Complex
著者: Link, T.A. / Saynovits, M. / Assmann, C. / Iwata, S. / Ohnishi, T. / Von Jagow, G.
#2: ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 1993
タイトル: The Mitochondrial Targeting Presequence of the Rieske Iron-Sulfur Protein is Processed in a Single Step After Insertion Into the Cytochrome Bc1 Complex in Mammals and Retained as a Subunit in the Complex
著者: Brandt, U. / Yu, L. / Yu, C.A. / Trumpower, B.L.
#3: ジャーナル: Biochem.Biophys.Res.Commun. / 年: 1990
タイトル: Cloning and Sequencing of a Cdna Encoding the Rieske Iron-Sulfur Protein of Bovine Heart Mitochondrial Ubiquinol-Cytochrome C Reductase
著者: Usui, S. / Yu, L. / Yu, C.A.
#4: ジャーナル: FEBS Lett. / 年: 1987
タイトル: Isolation and Amino Acid Sequence of the 'Rieske' Iron Sulfur Protein of Beef Heart Ubiquinol:Cytochrome C Reductase
著者: Schagger, H. / Borchart, U. / Machleidt, W. / Link, T.A. / Von Jagow, G.
履歴
登録1996年2月23日処理サイト: BNL
改定 1.01996年12月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月24日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年10月23日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: RIESKE IRON-SULFUR PROTEIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,6162
ポリマ－14,4411
非ポリマー1761
水3,009167
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)32.100, 53.000, 38.000
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 100.30, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 RIESKE IRON-SULFUR PROTEIN / UBIQUINOL-CYTOCHROME C REDUCTASE IRON-SULFUR


分子量: 14440.658 Da / 分子数: 1 / 断片: SOLUBLE FRAGMENT / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 器官: HEART / Organelle: MITOCHONDRIA / 参照: UniProt: P13272, quinol-cytochrome-c reductase
#2: 化合物 ChemComp-FES / FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER


分子量: 175.820 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe2S2
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 167 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.2 Å3/Da / 溶媒含有率: 41 %
結晶化pH: 6 / 詳細: pH 6.0
結晶化
*PLUS
温度: 22 ℃ / pH: 6.2 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式
12.5-3 mg/mlprotein1drop
22 mM1dropNa2S2O4
320-30 %PEG60001reservoir
4100 mMMES1reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-6A / 波長: 1
検出器タイプ: FUJI / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1995年5月10日
放射モノクロメーター: SI(111) / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.5→40 Å / Num. obs: 18058 / % possible obs: 89.4 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.52 % / Rmerge(I) obs: 0.051 / Net I/σ(I): 28.6
反射 シェル解像度: 1.5→1.53 Å / Rmerge(I) obs: 0.27 / Mean I/σ(I) obs: 5.5 / % possible all: 68
反射
*PLUS
Num. measured all: 63633
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 68 %

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
MLPHARE位相決定
X-PLOR3.1精密化
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 1.5→10 Å / σ(F): 2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.211 -5 %
Rwork0.187 --
obs0.187 15165 75.6 %
原子変位パラメータBiso mean: 9.21 Å2
Refine analyzeLuzzati sigma a obs: 0.16 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.5→10 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1169 0 4 167 1340
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.009
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.5
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d27
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d1.4
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it2.324
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it2.949
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it2.553
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it3.188
ソフトウェア
*PLUS
名称: X-PLOR / 分類: refinement
精密化
*PLUS
Num. reflection all: 15880 / Rfactor all: 0.192
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_deg27
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_deg1.4

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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