PDB-1ri9: Structure of a helically extended SH3 domain of the T cell adapte...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 1ri9

タイトル

Structure of a helically extended SH3 domain of the T cell adapter protein ADAP

要素

FYN-binding protein

キーワード

SIGNALING PROTEIN / SH3-LIKE / HELICALLY EXTENDED

機能・相同性

機能・相同性情報

anchoring junction / Signal regulatory protein family interactions / Generation of second messenger molecules / protein localization to plasma membrane / integrin-mediated signaling pathway / actin cytoskeleton / T cell receptor signaling pathway / immune response / signaling receptor binding / lipid binding ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

溶液NMR / torsion angle dynamics

データ登録者

Heuer, K. / Kofler, M. / Langdon, G. / Thiemke, K. / Freund, C.

引用

ジャーナル: STRUCTURE / 年: 2004
タイトル: Structure of a Helically Extended SH3 Domain of the T Cell Adapter Protein ADAP.
著者: Heuer, K. / Kofler, M. / Langdon, G. / Thiemke, K. / Freund, C.

履歴

登録	2003年11月17日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2004年4月20日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年4月29日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.3	2020年2月5日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status ...database_2 / pdbx_database_status / pdbx_nmr_software / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list / struct_ref_seq_dif Item: _pdbx_database_status.status_code_cs / _pdbx_nmr_software.name / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.4	2023年6月14日	Group: Database references / Other / カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_nmr_data
改定 1.5	2024年5月8日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / Item: _database_2.pdbx_DOI

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	1ri9.cif.gz	497.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb1ri9.ent.gz	413 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	1ri9.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	1ri9_validation.pdf.gz	478.6 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	1ri9_full_validation.pdf.gz	842.4 KB	表示
XML形式データ	1ri9_validation.xml.gz	83.5 KB	表示
CIF形式データ	1ri9_validation.cif.gz	103.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ri/1ri9 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ri/1ri9	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	5tzf-2 1bb9-d 1i8n-2 2mx2-d 6f4i-1 6r0u-3 1sf5-d 6fdd-5 6hc0-5 2lw5-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	BMRB: 5467The same protein

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#63 - 2005年3月 T細胞受容体 (T-Cell Receptor) 類似性 (1) #214 - 2017年10月キメラ抗原受容体 (Chimeric Antigen Receptors) 類似性 (1) #43 - 2003年7月 Srcチロシンキナーゼ (Src Tyrosine Kinase) 類似性 (1) #60 - 2004年12月ユビキチン (Ubiquitin) 類似性 (1) #247 - 2020年7月ミエリン関連糖タンパク質 (Myelin-associated Glycoprotein) 類似性 (1) #169 - 2014年1月 HIV外被糖タンパク質 (HIV Envelope Glycoprotein) 類似性 (1) #209 - 2017年5月組織グルタミン転移酵素とセリアック病 (Tissue Transglutaminase and Celiac Disease) 類似性 (1) #62 - 2005年2月主要組織適合性複合体 (Major Histocompatibility Complex) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#63 - 2005年3月
T細胞受容体 (T-Cell Receptor)
類似性 (1)
#214 - 2017年10月
キメラ抗原受容体 (Chimeric Antigen Receptors)
類似性 (1)
#43 - 2003年7月
Srcチロシンキナーゼ (Src Tyrosine Kinase)
類似性 (1)
#60 - 2004年12月
ユビキチン (Ubiquitin)
類似性 (1)
#247 - 2020年7月
ミエリン関連糖タンパク質 (Myelin-associated Glycoprotein)
類似性 (1)
#169 - 2014年1月
HIV外被糖タンパク質 (HIV Envelope Glycoprotein)
類似性 (1)
#209 - 2017年5月
組織グルタミン転移酵素とセリアック病 (Tissue Transglutaminase and Celiac Disease)
類似性 (1)
#62 - 2005年2月
主要組織適合性複合体 (Major Histocompatibility Complex)
類似性 (1)

登録構造単位

A: FYN-binding protein

11.9 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

NMR アンサンブル

	データ	基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)	20 / 51	The submitted conformer models are the 20 structures with the lowest energy.
代表モデル	モデル #1	fewest violations,lowest energy

#1: タンパク質	FYN-binding protein 分子量: 11901.391 Da / 分子数: 1 / 断片: RESIDUES 683-771 OF ADAP PROTEIN / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: FYB, SLAP130 / プラスミド: pTFT74 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: O15117

#1: タンパク質

FYN-binding protein

分子量: 11901.391 Da / 分子数: 1 / 断片: RESIDUES 683-771 OF ADAP PROTEIN / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: FYB, SLAP130 / プラスミド: pTFT74 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主:

Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: O15117

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実験

実験

手法: 溶液NMR

NMR実験

Conditions-ID	Experiment-ID	Solution-ID	タイプ
1	1	1	2D NOESY
1	2	1	2D TOCSY
1	3	1	3D 13C-separated NOESY
1	4	1	3D 15N-separated NOESY

NMR実験の詳細

Text: This structure was determined using standard 2D homonuclear and 3D heteronuclear techniques.

-
試料調製

詳細	内容: 1.8mM ADAP-hSH3 domain "[U-95% 13C; U-90% 15N]" / 溶媒系: 90% H2O/10% D2O
試料状態	イオン強度: 0.05 / pH: 6.3 / 圧: ambient / 温度: 300 K

-
NMR測定

放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M
放射波長	相対比: 1
NMRスペクトロメーター	タイプ: Bruker DRX / 製造業者: Bruker / モデル: DRX / 磁場強度: 600 MHz

-
解析

NMR software

名称	バージョン	開発者	分類
XwinNMR	2.6	Bruker GmbH	collection
XEASY	1.3.13	Bartels, C., Xia, T.H., Billeter, M., Guentert, P. and Wuethrich, K.	データ解析
CYANA	1.0.6	Guentert, P.	構造決定
CYANA	1.0.6	Guentert, P.	精密化

精密化

手法: torsion angle dynamics / ソフトェア番号: 1
詳細: the structures are based on a total of 1136 restraints, 718 are NOE-derived distance constraints, 388 dihedral angle restraints,30 distance restraints from hydrogen bonds.

代表構造

選択基準: fewest violations,lowest energy

NMRアンサンブル

コンフォーマー選択の基準: The submitted conformer models are the 20 structures with the lowest energy.
計算したコンフォーマーの数: 51 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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