ソフトウェア | 名称 | バージョン | 分類 |
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CNS | 1.1 | 精密化 | DENZO | | データ削減 | SCALEPACK | | データスケーリング | SHARP | | 位相決定 |
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精密化 | 構造決定の手法: 単波長異常分散, 多重同系置換 解像度: 2.1→19.73 Å / Rfactor Rfree error: 0.009 / Data cutoff high absF: 1707195.19 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber / 詳細: BULK SOLVENT MODEL USED
| Rfactor | 反射数 | %反射 | Selection details |
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Rfree | 0.263 | 775 | 5.1 % | RANDOM |
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Rwork | 0.23 | - | - | - |
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obs | 0.23 | 15203 | 94.7 % | - |
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all | - | 16053 | - | - |
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 61.3136 Å2 / ksol: 0.420799 e/Å3 |
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原子変位パラメータ | Biso mean: 41.8 Å2
| Baniso -1 | Baniso -2 | Baniso -3 |
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1- | 2.85 Å2 | 2.08 Å2 | 0 Å2 |
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2- | - | 2.85 Å2 | 0 Å2 |
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3- | - | - | -5.69 Å2 |
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Refine analyze | | Free | Obs |
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Luzzati coordinate error | 0.33 Å | 0.27 Å |
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Luzzati d res low | - | 6 Å |
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Luzzati sigma a | 0.28 Å | 0.2 Å |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.1→19.73 Å
| タンパク質 | 核酸 | リガンド | 溶媒 | 全体 |
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原子数 | 2061 | 0 | 0 | 159 | 2220 |
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拘束条件 | Refine-ID | タイプ | Dev ideal | Dev ideal target |
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X-RAY DIFFRACTION | c_bond_d0.008 | | X-RAY DIFFRACTION | c_angle_deg0.8 | | X-RAY DIFFRACTION | c_dihedral_angle_d22.7 | | X-RAY DIFFRACTION | c_improper_angle_d0.56 | | X-RAY DIFFRACTION | c_mcbond_it1.15 | 1.5 | X-RAY DIFFRACTION | c_mcangle_it2.03 | 2 | X-RAY DIFFRACTION | c_scbond_it1.44 | 2 | X-RAY DIFFRACTION | c_scangle_it2.37 | 2.5 | | | | | | | | |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.1→2.23 Å / Rfactor Rfree error: 0.028 / Total num. of bins used: 6
| Rfactor | 反射数 | %反射 |
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Rfree | 0.315 | 128 | 5.4 % |
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Rwork | 0.271 | 2238 | - |
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obs | - | - | 89.9 % |
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Xplor file | Refine-ID | Serial no | Param file | Topol file |
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X-RAY DIFFRACTION | 1 | PROTEIN_REP.PARAMPROTEIN.TOPX-RAY DIFFRACTION | 2 | | | X-RAY DIFFRACTION | 3 | WATER_REP.PARAMWATER.TOPX-RAY DIFFRACTION | 4 | ION.PARAMION.TOP | | | | | |
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精密化 | *PLUS 最高解像度: 2.1 Å / 最低解像度: 20 Å / % reflection Rfree: 5 % / Rfactor Rfree: 0.26 |
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溶媒の処理 | *PLUS |
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原子変位パラメータ | *PLUS |
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拘束条件 | *PLUS Refine-ID | タイプ | Dev ideal |
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X-RAY DIFFRACTION | c_angle_deg0.75 | X-RAY DIFFRACTION | c_dihedral_angle_d | X-RAY DIFFRACTION | c_dihedral_angle_deg22.7 | X-RAY DIFFRACTION | c_improper_angle_d | X-RAY DIFFRACTION | c_improper_angle_deg0.56 | | | | | |
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LS精密化 シェル | *PLUS Rfactor Rfree: 0.32 / Rfactor Rwork: 0.27 |
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