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- PDB-1rf3: Structurally Distinct Recognition Motifs in Lymphotoxin-B Recepto... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1rf3
タイトルStructurally Distinct Recognition Motifs in Lymphotoxin-B Receptor and CD40 for TRAF-mediated Signaling
要素
  • 24-residue peptide from Lymphotoxin-B Receptor
  • TNF receptor associated factor 3
キーワードSIGNALING PROTEIN / CD40 / NF-KB signaling / LTBR / TNF receptor / TRAF3 crystallography
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of interferon-beta production / hematopoietic or lymphoid organ development / TRAF3 deficiency - HSE / TNF receptor superfamily (TNFSF) members mediating non-canonical NF-kB pathway / Toll signaling pathway / serine/threonine protein kinase complex / CD40 receptor complex / TRIF-dependent toll-like receptor signaling pathway / myeloid dendritic cell differentiation / regulation of defense response to virus ...regulation of interferon-beta production / hematopoietic or lymphoid organ development / TRAF3 deficiency - HSE / TNF receptor superfamily (TNFSF) members mediating non-canonical NF-kB pathway / Toll signaling pathway / serine/threonine protein kinase complex / CD40 receptor complex / TRIF-dependent toll-like receptor signaling pathway / myeloid dendritic cell differentiation / regulation of defense response to virus / regulation of proteolysis / thioesterase binding / tumor necrosis factor receptor binding / positive regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway / regulation of canonical NF-kappaB signal transduction / toll-like receptor 4 signaling pathway / negative regulation of NF-kappaB transcription factor activity / toll-like receptor signaling pathway / type I interferon-mediated signaling pathway / positive regulation of type I interferon production / protein K63-linked ubiquitination / ubiquitin ligase complex / tumor necrosis factor-mediated signaling pathway / Regulation of TBK1, IKKε (IKBKE)-mediated activation of IRF3, IRF7 / regulation of cytokine production / Regulation of TBK1, IKKε-mediated activation of IRF3, IRF7 upon TLR3 ligation / TICAM1-dependent activation of IRF3/IRF7 / Activation of IRF3, IRF7 mediated by TBK1, IKKε (IKBKE) / TNFR2 non-canonical NF-kB pathway / Negative regulators of DDX58/IFIH1 signaling / positive regulation of JNK cascade / RING-type E3 ubiquitin transferase / cellular response to mechanical stimulus / cytoplasmic side of plasma membrane / ubiquitin-protein transferase activity / SARS-CoV-1 activates/modulates innate immune responses / ubiquitin protein ligase activity / Ovarian tumor domain proteases / TRAF3-dependent IRF activation pathway / defense response to virus / protein phosphatase binding / regulation of apoptotic process / positive regulation of canonical NF-kappaB signal transduction / endosome membrane / endosome / immune response / ubiquitin protein ligase binding / apoptotic process / protein kinase binding / SARS-CoV-2 activates/modulates innate and adaptive immune responses / Golgi apparatus / signal transduction / mitochondrion / zinc ion binding / identical protein binding / plasma membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Tumour necrosis factor receptor 3 / Tumour necrosis factor receptor 3, N-terminal / TNF receptor-associated factor 3 / TRAF3, MATH domain / : / TNF receptor-associated factor 2/3/5, RING domain / TRAF-type zinc finger / TNF receptor-associated factor TRAF, metazoa / : / TRAF/meprin, MATH domain ...Tumour necrosis factor receptor 3 / Tumour necrosis factor receptor 3, N-terminal / TNF receptor-associated factor 3 / TRAF3, MATH domain / : / TNF receptor-associated factor 2/3/5, RING domain / TRAF-type zinc finger / TNF receptor-associated factor TRAF, metazoa / : / TRAF/meprin, MATH domain / Zinc finger, TRAF-type / Zinc finger TRAF-type profile. / Apoptosis, Tumor Necrosis Factor Receptor Associated Protein 2; Chain A / Apoptosis, Tumor Necrosis Factor Receptor Associated Protein 2; Chain A / TNFR/NGFR family cysteine-rich region domain profile. / TNFR/NGFR cysteine-rich region / TNFR/NGFR family cysteine-rich region signature. / Tumor necrosis factor receptor / nerve growth factor receptor repeats. / TNFR/NGFR cysteine-rich region / MATH/TRAF domain / MATH/TRAF domain profile. / meprin and TRAF homology / TRAF-like / Zinc finger, RING-type, conserved site / Zinc finger RING-type signature. / Zinc finger RING-type profile. / Zinc finger, RING-type / Zinc finger, RING/FYVE/PHD-type / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Tumor necrosis factor receptor superfamily member 3 / TNF receptor-associated factor 3
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / フーリエ合成 / 解像度: 3.5 Å
データ登録者Li, C. / Norris, P.S. / Ni, C.Z. / Havert, M.L. / Chiong, E.M. / Tran, B.R. / Cabezas, E. / Cheng, G. / Reed, J.C. / Satterthwait, A.C. ...Li, C. / Norris, P.S. / Ni, C.Z. / Havert, M.L. / Chiong, E.M. / Tran, B.R. / Cabezas, E. / Cheng, G. / Reed, J.C. / Satterthwait, A.C. / Ware, C.F. / Ely, K.R.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2003
タイトル: Structurally distinct recognition motifs in lymphotoxin-beta receptor and CD40 for tumor necrosis factor receptor-associated factor (TRAF)-mediated signaling.
著者: Li, C. / Norris, P.S. / Ni, C.Z. / Havert, M.L. / Chiong, E.M. / Tran, B.R. / Cabezas, E. / Reed, J.C. / Satterthwait, A.C. / Ware, C.F. / Ely, K.R.
履歴
登録2003年11月7日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02004年7月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月29日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32017年10月11日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.42023年8月23日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: TNF receptor associated factor 3
B: 24-residue peptide from Lymphotoxin-B Receptor


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,4212
ポリマ－25,4212
非ポリマー00
水00
1
A: TNF receptor associated factor 3
B: 24-residue peptide from Lymphotoxin-B Receptor

A: TNF receptor associated factor 3
B: 24-residue peptide from Lymphotoxin-B Receptor

A: TNF receptor associated factor 3
B: 24-residue peptide from Lymphotoxin-B Receptor


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)76,2636
ポリマ－76,2636
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_665-y+1,x-y+1,z1
crystal symmetry operation3_565-x+y,-x+1,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)83.700, 83.700, 79.100
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number150
Space group name H-MP321

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要素

#1: タンパク質 TNF receptor associated factor 3 / CD40 receptor associated factor 1 / CRAF1 / CD40 binding protein / CD40BP / LMP1 associated protein ...CD40 receptor associated factor 1 / CRAF1 / CD40 binding protein / CD40BP / LMP1 associated protein / LAP1 / CAP-1


分子量: 22904.287 Da / 分子数: 1 / 断片: Recognition motif (residues 377-568) / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TRAF3 OR CRAF1 OR CAP1 / プラスミド: pET21b / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 DE3 / 参照: UniProt: Q13114
#2: タンパク質・ペプチド 24-residue peptide from Lymphotoxin-B Receptor


分子量: 2516.669 Da / 分子数: 1 / 断片: Recognition motif (residues 385-408) / 由来タイプ: 合成
詳細: The peptide was chemically synthesized, the sequence of the peptide occurs naturally in humans (Homo sapiens)
参照: UniProt: P36941

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.14 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.88 %
結晶化温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 15% PEG4000, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 294K

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データ収集

回折平均測定温度: 98 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL9-1 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2001年10月18日
放射モノクロメーター: Si 111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.5→50 Å / Num. all: 4026 / Num. obs: 3177 / % possible obs: 95.4 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 4.43 % / Biso Wilson estimate: 15.1 Å2 / Rsym value: 0.12 / Net I/σ(I): 8
反射 シェル解像度: 3.5→3.63 Å / Mean I/σ(I) obs: 8 / Num. unique all: 390 / Rsym value: 0.38 / % possible all: 95

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解析

ソフトウェア
名称分類
MAR345データ収集
SCALEPACKデータスケーリング
CNS精密化
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: フーリエ合成
開始モデル: PDB ENTRY 1L0A

1l0a


解像度: 3.5→8 Å / Isotropic thermal model: Engh & Huber / 交差検証法: Througout / σ(F): 2
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.315 163 -RANDOM
Rwork0.266 ---
all-3701 --
obs-3177 83 %-
原子変位パラメータBiso mean: 25.3 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-13.65 Å213.65 Å2-27.31 Å2
2---2.69 Å20 Å2
3---0 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.35 Å0.36 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.41 Å0.44 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.5→8 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1709 0 0 0 1709
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.009
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.52
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d24.4
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d1.23
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.1291.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it1.9692
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it1.5362
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it2.5342.5
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkRefine-IDNum. reflection obsTotal num. of bins used
3.5-3.640.276190.262X-RAY DIFFRACTION4653
4.03-4.290.263460.236X-RAY DIFFRACTION6713
6-80.408380.307X-RAY DIFFRACTION6763
Xplor fileSerial no: 1 / Param file: protein_rep.param / Topol file: protein.top

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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