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- PDB-1re6: Localisation of Dynein Light Chains 1 and 2 and their Pro-apoptot... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1re6
タイトルLocalisation of Dynein Light Chains 1 and 2 and their Pro-apoptotic Ligands
要素dynein light chain 2
キーワードCONTRACTILE PROTEIN / dynein light chain / apoptosis / dimer
機能・相同性
機能・相同性情報


Activation of BMF and translocation to mitochondria / Macroautophagy / Intraflagellar transport / myosin V complex / COPI-independent Golgi-to-ER retrograde traffic / 9+0 non-motile cilium / HSP90 chaperone cycle for steroid hormone receptors (SHR) in the presence of ligand / Amplification of signal from unattached kinetochores via a MAD2 inhibitory signal / COPI-mediated anterograde transport / Aggrephagy ...Activation of BMF and translocation to mitochondria / Macroautophagy / Intraflagellar transport / myosin V complex / COPI-independent Golgi-to-ER retrograde traffic / 9+0 non-motile cilium / HSP90 chaperone cycle for steroid hormone receptors (SHR) in the presence of ligand / Amplification of signal from unattached kinetochores via a MAD2 inhibitory signal / COPI-mediated anterograde transport / Aggrephagy / Mitotic Prometaphase / EML4 and NUDC in mitotic spindle formation / Resolution of Sister Chromatid Cohesion / RHO GTPases Activate Formins / Separation of Sister Chromatids / MHC class II antigen presentation / cytoplasmic dynein complex / microtubule-based process / scaffold protein binding / microtubule / postsynaptic density / centrosome / protein-containing complex binding / glutamatergic synapse / identical protein binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Protein Inhibitor Of Neuronal Nitric Oxide Synthase / Protein Inhibitor Of Neuronal Nitric Oxide Synthase; / Dynein light chain, type 1/2, conserved site / Dynein light chain type 1 signature. / Dynein light chain, type 1/2 / Dynein light chain type 1 / Dynein light chain type 1 / Dynein light chain superfamily / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
: / Dynein light chain 2, cytoplasmic
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法溶液NMR / distance geometry, simulated annealing, molecular dynamics, torsion angle dynamics
データ登録者Day, C.L. / Puthalakath, H. / Skea, G. / Strasser, A. / Barsukov, I. / Lian, L.Y. / Huang, D.C. / Hinds, M.G.
引用ジャーナル: Biochem.J. / 年: 2004
タイトル: Localization of dynein light chains 1 and 2 and their pro-apoptotic ligands.
著者: Day, C.L. / Puthalakath, H. / Skea, G. / Strasser, A. / Barsukov, I. / Lian, L.Y. / Huang, D.C. / Hinds, M.G.
履歴
登録2003年11月6日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02004年3月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月29日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32022年3月2日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_nmr_software ...database_2 / pdbx_nmr_software / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.42024年5月22日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: dynein light chain 2
B: dynein light chain 2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,5532
ポリマ－21,5532
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 256structures with acceptable covalent geometry,structures with favorable non-bond energy,structures with the least restraint violations,structures with the lowest energy,target function
代表モデルモデル #1closest to the average

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要素

#1: タンパク質 dynein light chain 2


分子量: 10776.303 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: DLC2 / プラスミド: PGEX6P-3 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) / 参照: GenBank: 18087731, UniProt: Q9D0M5*PLUS

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1112D NOESY
1223D 15N-separated NOESY
1333D 13C-separated NOESY
142HNHA
NMR実験の詳細Text: THE STRUCTURE WAS DETERMINED USING STANDARD 2D AND 3D HETERONUCLEAR TECHNIQUES

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
11mM DLC2, 50mM Sodium phosphate buffer pH 6.7, 70mM NaCl, 2mM TCEP, 0.04% Sodium Azide, 95% H2O, 5% D2O95% H2O/5% D2O
21mM U-15N DLC2, 50mM Sodium phosphate buffer pH 6.7, 70mM NaCl, 2mM TCEP, 0.04% Sodium Azide, 95% H2O, 5% D2O95% H2O/5% D2O
31mM U-13C,15N DLC2, 50mM Sodium phosphate buffer pH 6.7, 70mM NaCl, 2mM TCEP, 0.04% Sodium Azide, 95% H2O, 5% D2O95% H2O/5% D2O
試料状態
Conditions-IDイオン強度pH圧 (kPa)温度 (K)
1120mM 6.7ambient 298 K
2120mM 6.7ambient 298 K
3120mM 6.7ambient 298 K
結晶化
*PLUS
手法: other / 詳細: NMR

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NMR測定

放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M
放射波長相対比: 1
NMRスペクトロメータータイプ: Bruker DRX / 製造業者: Bruker / モデル: DRX / 磁場強度: 600 MHz

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
XwinNMR2.6BRUKER AGcollection
XwinNMR2.6BRUKER AG解析
XEASY1.3BARTELS, XIA, BILLETER, GUNTERT, WUTHRICHデータ解析
DYANA1.5GUNTERT, MUMENTHALER, WUTHRICH構造決定
CNS1BRUNGER, ADAMS, CLORE, DELANO, GROS, GROSSE-KUNSTLEVE, JIANG, KUSEWSKI, NILGES, PANNU, READ, RICE, SIMONSON, WARREN精密化
精密化手法: distance geometry, simulated annealing, molecular dynamics, torsion angle dynamics
ソフトェア番号: 1
詳細: the structures are based on a total of 1602 restraints, 1417 are NOE derived distance constraints,99 are interprotomer distance constraints, 127 are dihedral angle restraints and 29 hydrogen bonds.
代表構造選択基準: closest to the average
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with acceptable covalent geometry,structures with favorable non-bond energy,structures with the least restraint violations,structures with the lowest ...コンフォーマー選択の基準: structures with acceptable covalent geometry,structures with favorable non-bond energy,structures with the least restraint violations,structures with the lowest energy,target function
計算したコンフォーマーの数: 256 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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