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- PDB-1re0: Structure of ARF1-GDP bound to Sec7 domain complexed with Brefeldin A -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1re0
タイトルStructure of ARF1-GDP bound to Sec7 domain complexed with Brefeldin A
要素
  • ADP-ribosylation factor 1
  • ARF guanine-nucleotide exchange factor 1
キーワードPROTEIN TRANSPORT / all-helical / alph-beta
機能・相同性
機能・相同性情報


Synthesis of PIPs at the Golgi membrane / Synthesis of PIPs at the plasma membrane / synaptic vesicle budding / positive regulation of late endosome to lysosome transport / regulation of phospholipid metabolic process / Golgi to transport vesicle transport / lysosomal membrane organization / phospholipase D activator activity / Intra-Golgi traffic / COPI-dependent Golgi-to-ER retrograde traffic ...Synthesis of PIPs at the Golgi membrane / Synthesis of PIPs at the plasma membrane / synaptic vesicle budding / positive regulation of late endosome to lysosome transport / regulation of phospholipid metabolic process / Golgi to transport vesicle transport / lysosomal membrane organization / phospholipase D activator activity / Intra-Golgi traffic / COPI-dependent Golgi-to-ER retrograde traffic / COPI-mediated anterograde transport / cellular bud / Golgi cis cisterna / trans-Golgi Network Vesicle Budding / mitotic cleavage furrow ingression / trans-Golgi Network Vesicle Budding / positive regulation of ER to Golgi vesicle-mediated transport / Lysosome Vesicle Biogenesis / very-low-density lipoprotein particle assembly / Glycosphingolipid transport / regulation of receptor internalization / Golgi Associated Vesicle Biogenesis / Intra-Golgi traffic / MHC class II antigen presentation / regulation of Arp2/3 complex-mediated actin nucleation / positive regulation of calcium ion-dependent exocytosis / Synthesis of PIPs at the Golgi membrane / postsynaptic actin cytoskeleton organization / regulation of ARF protein signal transduction / intra-Golgi vesicle-mediated transport / retrograde vesicle-mediated transport, Golgi to endoplasmic reticulum / Nef Mediated CD4 Down-regulation / dendritic spine organization / long-term synaptic depression / COPI-dependent Golgi-to-ER retrograde traffic / Lysosome Vesicle Biogenesis / positive regulation of sodium ion transmembrane transport / Golgi Associated Vesicle Biogenesis / positive regulation of dendritic spine development / cell leading edge / Synthesis of PIPs at the plasma membrane / positive regulation of endocytosis / intracellular copper ion homeostasis / endomembrane system / endoplasmic reticulum to Golgi vesicle-mediated transport / COPI-mediated anterograde transport / vesicle-mediated transport / MHC class II antigen presentation / Gene and protein expression by JAK-STAT signaling after Interleukin-12 stimulation / sarcomere / small monomeric GTPase / guanyl-nucleotide exchange factor activity / actin filament organization / positive regulation of protein secretion / macroautophagy / intracellular protein transport / cellular response to virus / GDP binding / late endosome / actin cytoskeleton organization / postsynaptic density / neuron projection / protein domain specific binding / Golgi membrane / focal adhesion / GTPase activity / glutamatergic synapse / GTP binding / perinuclear region of cytoplasm / Golgi apparatus / magnesium ion binding / endoplasmic reticulum / protein-containing complex / mitochondrion / RNA binding / extracellular exosome / membrane / plasma membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Mon2/Sec7/BIG1-like, HUS domain / Mon2/Sec7/BIG1-like, HUS domain / Arf Nucleotide-binding Site Opener; domain 2 / Arf Nucleotide-binding Site Opener,domain 2 / Annexin V; domain 1 - #20 / Sec7 domain / Sec7, C-terminal domain superfamily / Sec7 domain superfamily / Sec7 domain / SEC7 domain profile. ...Mon2/Sec7/BIG1-like, HUS domain / Mon2/Sec7/BIG1-like, HUS domain / Arf Nucleotide-binding Site Opener; domain 2 / Arf Nucleotide-binding Site Opener,domain 2 / Annexin V; domain 1 - #20 / Sec7 domain / Sec7, C-terminal domain superfamily / Sec7 domain superfamily / Sec7 domain / SEC7 domain profile. / Sec7 domain / ADP-ribosylation factor 1-5 / Small GTPase superfamily, ARF type / Annexin V; domain 1 / small GTPase Arf family profile. / Sar1p-like members of the Ras-family of small GTPases / Small GTPase superfamily, ARF/SAR type / ADP-ribosylation factor family / ARF-like small GTPases; ARF, ADP-ribosylation factor / Rab subfamily of small GTPases / Small GTP-binding protein domain / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / Rossmann fold / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / Orthogonal Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-AFB / CITRIC ACID / GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP-ribosylation factor 1 / ARF guanine-nucleotide exchange factor 1 / ADP-ribosylation factor 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Goldberg, J. / Mossessova, E.
引用ジャーナル: Mol.Cell / 年: 2003
タイトル: Crystal structure of ARF1*Sec7 complexed with Brefeldin A and its implications for the guanine nucleotide exchange mechanism.
著者: Mossessova, E. / Corpina, R.A. / Goldberg, J.
履歴
登録2003年11月6日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02003年12月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月29日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年2月14日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: ADP-ribosylation factor 1
B: ARF guanine-nucleotide exchange factor 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,1816
ポリマ－44,2412
非ポリマー9404
水2,036113
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4670 Å2
ΔGint-24 kcal/mol
Surface area17980 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)64.725, 72.294, 119.632
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

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タンパク質 , 2種, 2分子 AB

#1: タンパク質 ADP-ribosylation factor 1


分子量: 18822.455 Da / 分子数: 1 / 断片: Truncated form of ARF1 (residues 17-180) / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ARF1 / プラスミド: pET / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)pLysS / 参照: UniProt: P32889, UniProt: P84077*PLUS
#2: タンパク質 ARF guanine-nucleotide exchange factor 1


分子量: 25418.918 Da / 分子数: 1 / 断片: Core Sec7 domain of Gea1 (residues 540-754) / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
遺伝子: Gea1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P47102

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非ポリマー , 5種, 117分子

#3: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 化合物 ChemComp-GDP / GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / GDP


タイプ: RNA linking / 分子量: 443.201 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O11P2 / コメント: GDP, エネルギー貯蔵分子*YM
#5: 化合物 ChemComp-AFB / 1,6,7,8,9,11A,12,13,14,14A-DECAHYDRO-1,13-DIHYDROXY-6-METHYL-4H-CYCLOPENT[F]OXACYCLOTRIDECIN-4-ONE / BREFELDIN A


分子量: 280.359 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C16H24O4 / コメント: 抗ウイルス剤*YM
#6: 化合物 ChemComp-CIT / CITRIC ACID / クエン酸


分子量: 192.124 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H8O7
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 113 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.16 Å3/Da / 溶媒含有率: 61.12 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: PEG 400, sodium citrate, Tris-HCL, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K
結晶化
*PLUS
温度: 4 ℃ / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細化学式
150 mMsodium citrate1reservoir
219 %(w/v)PEG4001reservoir
3100 mMTris-HCl1reservoirpH8.5
420 mMHEPES1drop
5150 mM1dropNaCl
64 mMdithiothreitol1drop

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X25 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD
放射モノクロメーター: Si 111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.4→20 Å / Num. all: 22531 / Num. obs: 22531 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / Biso Wilson estimate: 37.5 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.061
反射 シェル解像度: 2.4→2.49 Å / % possible all: 99.9
反射
*PLUS
Num. measured all: 136824
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 99.9 % / Num. unique obs: 2221 / Num. measured obs: 13339 / Rmerge(I) obs: 0.249 / Mean I/σ(I) obs: 6.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNS1精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
AMoRE位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.4→19.95 Å / Rfactor Rfree error: 0.007 / Data cutoff high absF: 1201695.34 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.234 1106 5 %RANDOM
Rwork0.209 ---
all0.214 22531 --
obs0.209 22049 97.7 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 30.7622 Å2 / ksol: 0.348137 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 42.6 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--5.18 Å20 Å20 Å2
2--0.83 Å20 Å2
3---4.35 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.34 Å0.29 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.28 Å0.21 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.4→19.95 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2887 0 62 113 3062
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.006
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.2
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d20.5
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.75
LS精密化 シェル解像度: 2.4→2.55 Å / Rfactor Rfree error: 0.022 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.299 193 5.5 %
Rwork0.242 3312 -
obs--95.2 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PARAMPROTEIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION2WATER_REP.PARAMWATER.TOP
X-RAY DIFFRACTION3PARAM.IONION.TOP
X-RAY DIFFRACTION4GDP.PARAMGDP.TOPOL
X-RAY DIFFRACTION5BRE+CITRATE.PARBRE+CITRATE.TOP
精密化
*PLUS
最高解像度: 2.4 Å / 最低解像度: 20 Å / % reflection Rfree: 5 % / Rfactor Rfree: 0.238 / Rfactor Rwork: 0.211
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.012
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.8
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_deg20.5
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_deg0.75

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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