PDB-1rcw: Crystal structure of CT610 from Chlamydia trachomatis

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 1rcw

タイトル

Crystal structure of CT610 from Chlamydia trachomatis

要素

CT610

キーワード

OXIDOREDUCTASE / TOXIN / iron / di-iron / redox enzyme / metallo enzyme

機能・相同性

機能・相同性情報

Oxidoreductases; Acting on the CH-CH group of donors; With oxygen as acceptor / symbiont-mediated suppression of host tumor necrosis factor-mediated signaling pathway / toxin activity / host cell cytoplasm / oxidoreductase activity / extracellular region / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Chlamydia trachomatis (トラコーマクラミジア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

多波長異常分散 / 解像度: 2.5 Å

データ登録者

Schwarzenbacher, R. / Liddington, R.C.

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2004
タイトル: Structure of the Chlamydia protein CADD reveals a redox enzyme that modulates host cell apoptosis.
著者: Schwarzenbacher, R. / Stenner-Liewen, F. / Liewen, H. / Robinson, H. / Yuan, H. / Bossy-Wetzel, E. / Reed, J.C. / Liddington, R.C.

履歴

登録	2003年11月4日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2004年5月4日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年4月29日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.3	2024年11月20日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_conn_type / struct_ncs_dom_lim / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn_type.id / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

Remark 650

HELIX DETERMINATION METHOD: AUTHOR

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	1rcw.cif.gz	144.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb1rcw.ent.gz	115.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	1rcw.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rc/1rcw ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rc/1rcw	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	3brw-1 2owq-d 1jxn-1 2gmm-d 3mux-d 1n3o-d 4xue-d 1jxn-2 4duh-d 6dn7-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: CT610

B: CT610

C: CT610

ヘテロ分子

81.2 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: CT610

B: CT610

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
54.1 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

C: CT610

ヘテロ分子

C: CT610

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
54.1 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	77.553, 192.966, 93.740
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	20
Space group name H-M	C222₁

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B
3	1	C
4	1	A
5	1	B
6	1	C
7	1	A
8	1	B
9	1	C

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: ASN / Beg label comp-ID: ASN

Dom-ID	Component-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Refine code	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	LEU	LEU	1	A	A	7 - 219	7 - 219
2	1	ASP	ASP	1	B	B	7 - 220	7 - 220
3	1	LEU	LEU	1	C	C	7 - 219	7 - 219
4	2	LEU	LEU	1	A	A	7 - 219	7 - 219
5	2	ASP	ASP	1	B	B	7 - 220	7 - 220
6	2	LEU	LEU	1	C	C	7 - 219	7 - 219
7	3	LEU	LEU	4	A	A	7 - 219	7 - 219
8	3	ASP	ASP	4	B	B	7 - 220	7 - 220
9	3	LEU	LEU	4	C	C	7 - 219	7 - 219

#1: タンパク質	CT610 / CADD 分子量: 26953.797 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Chlamydia trachomatis (トラコーマクラミジア) 遺伝子: CT610 / プラスミド: pet21d / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: O84616
#2: 化合物	ChemComp-FE / FE (III) ION 分子量: 55.845 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 169 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.2 Å³/Da / 溶媒含有率: 43.3 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 10% (v/v) PEG 6K, 20mM cacodylate, pH 6.50, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

NSLS

/ ビームライン: X12B / 波長: 0.998, 0.9791, 0.925, 0.9794

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2001年6月20日

放射

プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

ID	波長 (Å)	相対比
1	0.998	1
2	0.9791	1
3	0.925	1
4	0.9794	1

反射

解像度: 2.5→29.88 Å / Num. obs: 24069 / % possible obs: 96.8 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4.1 % / R_sym value: 0.061 / Net I/σ(I): 11.2

反射シェル

解像度: 2.5→2.56 Å / 冗長度: 4.2 % / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / R_sym value: 0.401 / % possible all: 94.2

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
SOLVE		位相決定
REFMAC	5.1	精密化

精密化

構造決定の手法:

多波長異常分散 / 解像度: 2.5→29.88 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.953 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.898 / SU B: 19.855 / SU ML: 0.221 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 1.081 / ESU R Free: 0.33 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. The density adjacent to the iron ions in copy A and B could not be identified and has been modeled as Waters 501 and 503. It may also ...

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.258	1226	5.1 %	RANDOM
R_work	0.191	-	-	-
obs	0.195	22843	96.8 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 31.53 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-1.7 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	1.93 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.23 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.5→29.88 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5186	0	6	169	5361

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.017	0.022	5372
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.02	4718
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.563	1.948	7260
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.928	3	11009
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.427	5	637
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	37.539	24.7	283
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	19.231	15	937
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	20.756	15	24
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.094	0.2	769
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.02	5990
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.002	0.02	1117
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.26	0.2	1432
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.188	0.2	4690
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other	0.092	0.2	3013
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.356	0.2	208
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other	0.185	0.2	4
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined	0.089	0.2	5
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.383	0.2	21
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other	0.313	0.2	80
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.414	0.2	12
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.803	3	3194
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.359	3	1292
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	3.483	5	5108
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	6.175	8	2178
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	9.173	11	2152
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Dom-ID	Auth asym-ID	数	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	A	6424	tight positional	0.13	0.05
2	B	6424	tight positional	0.13	0.05
3	C	6424	tight positional	0.25	0.05
1	A	3212	medium positional	0.13	0.5
2	B	3212	medium positional	0.13	0.5
3	C	3212	medium positional	0.25	0.5
1	A	6424	tight thermal	1.66	0.5
2	B	6424	tight thermal	1.62	0.5
3	C	6424	tight thermal	3.26	0.5
1	A	3212	medium thermal	1.66	2
2	B	3212	medium thermal	1.62	2
3	C	3212	medium thermal	3.26	2

LS精密化シェル

解像度: 2.5→2.56 Å / Total num. of bins used: 20 /

	R_factor	反射数
R_free	0.341	80
R_work	0.25	1585

精密化 TLS

手法: refined / Origin x: 28.18 Å / Origin y: 71.555 Å / Origin z: -8.173 Å

	11	12	13	21	22	23	31	32	33
T	-0.017 Å²	-0.001 Å²	0.0264 Å²	-	-0.0234 Å²	-0.0134 Å²	-	-	-0.0503 Å²
L	0.31 °²	-0.0447 °²	0.0284 °²	-	0.1645 °²	-0.1649 °²	-	-	0.2893 °²
S	0.0149 Å °	0.0168 Å °	0.0913 Å °	0.0317 Å °	0.0232 Å °	0.0268 Å °	-0.0743 Å °	-0.0282 Å °	-0.0381 Å °

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	A	7 - 219	7 - 219
2	X-RAY DIFFRACTION	1	B	B	7 - 220	7 - 220
3	X-RAY DIFFRACTION	1	C	C	7 - 219	7 - 219

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関連情報:EMDBヘッダ

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