+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1rcu | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | X-RAY STRUCTURE OF TM1055 NORTHEAST STRUCTURAL GENOMICS CONSORTIUM TARGET VT76 | ||||||
要素 | conserved hypothetical protein VT76 | ||||||
キーワード | Structural Genomics / unknown function / PSI / Protein Structure Initiative / Northeast Structural Genomics Consortium / NESG | ||||||
機能・相同性 | Conserved hypothetical protein CHP00725 / SLOG cluster4 / SLOG cluster4 family / Rossmann fold - #450 / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / cytosol / Alpha Beta / Uncharacterized protein 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Thermotoga maritima (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2.5 Å | ||||||
データ登録者 | Kuzin, A.P. / Chen, Y. / Edwards, A. / Skarina, T. / Savchenko, A. / Tong, L. / Northeast Structural Genomics Consortium (NESG) | ||||||
引用 | ジャーナル: TO BE PUBLISHED タイトル: X-RAY STRUCTURE OF TM1055 NORTHEAST STRUCTURAL GENOMICS CONSORTIUM TARGET VT76 著者: Kuzin, A.P. / Edwards, A. / Skarina, T. / Savchenko, A. / Tong, L. | ||||||
履歴 |
| ||||||
Remark 300 | BIOMOLECULE: 1 THIS ENTRY CONTAINS THE CRYSTALLOGRAPHIC ASYMMETRIC UNIT WHICH CONSISTS OF 4 CHAIN(S) ...BIOMOLECULE: 1 THIS ENTRY CONTAINS THE CRYSTALLOGRAPHIC ASYMMETRIC UNIT WHICH CONSISTS OF 4 CHAIN(S). THE BIOLOGICAL UNIT IS UNKNOWN. |
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
---|
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1rcu.cif.gz | 133.5 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | pdb1rcu.ent.gz | 110.5 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1rcu.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 1rcu_validation.pdf.gz | 463 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | 1rcu_full_validation.pdf.gz | 478.4 KB | 表示 | |
XML形式データ | 1rcu_validation.xml.gz | 25.5 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 1rcu_validation.cif.gz | 34.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rc/1rcu ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rc/1rcu | HTTPS FTP |
-関連構造データ
類似構造データ | |
---|---|
その他のデータベース |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||
単位格子 |
|
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 21355.801 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Thermotoga maritima (バクテリア) プラスミド: PET15b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)* / 参照: UniProt: Q9X0E5 |
---|
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
---|
-試料調製
結晶 | マシュー密度: 1.92 Å3/Da / 溶媒含有率: 35.95 % |
---|---|
結晶化 | 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8 詳細: 0.2M sodium Formate, 0.05M Tris, 18% PEG 3350, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K | ||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X4A / 波長: 0.97879, 0.97907, 0.98027 | ||||||||||||
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2003年9月14日 | ||||||||||||
放射 | プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | ||||||||||||
放射波長 |
| ||||||||||||
反射 | 解像度: 2.5→50 Å / Num. obs: 43759 / % possible obs: 97.4 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3 % / Biso Wilson estimate: 29.5 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.096 |
-解析
ソフトウェア |
| ||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2.5→19.97 Å / Rfactor Rfree error: 0.005 / Data cutoff high absF: 194540.78 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
| ||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | 溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 23.1654 Å2 / ksol: 0.341112 e/Å3 | ||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 33.5 Å2
| ||||||||||||||||||||
Refine analyze |
| ||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.5→19.97 Å
| ||||||||||||||||||||
拘束条件 |
| ||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル | 解像度: 2.5→2.66 Å / Rfactor Rfree error: 0.015 / Total num. of bins used: 6
| ||||||||||||||||||||
Xplor file |
|