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万見
- PDB-1rc5: CRYSTAL STRUCTURE OF MG(II)-COMPLEX OF RNASE III ENDONUCLEASE DOM... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1rc5
タイトルCRYSTAL STRUCTURE OF MG(II)-COMPLEX OF RNASE III ENDONUCLEASE DOMAIN FROM AQUIFEX AEOLICUS AT 2.30 ANGSTROM RESOLUTION
要素Ribonuclease III
キーワードHYDROLASE / RIBONUCLEASE / RNASE III / DOUBLE-STRANDED RNA / RNA INTERFERENCE / ENDONUCLEASE DOMAIN / ENDONUCLEOLYTIC CLEAVAGE
機能・相同性
機能・相同性情報


ribonuclease III / ribonuclease III activity / tRNA processing / RNA processing / mRNA processing / rRNA processing / double-stranded RNA binding / regulation of gene expression / metal ion binding / identical protein binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Ribonuclease III domain / Ribonuclease iii, N-terminal Endonuclease Domain; Chain A / Ribonuclease-III-like / Ribonuclease III / Ribonuclease III family signature. / Ribonuclease III domain / Ribonuclease III family domain profile. / Ribonuclease III family / Ribonuclease III domain / Double-stranded RNA binding motif ...Ribonuclease III domain / Ribonuclease iii, N-terminal Endonuclease Domain; Chain A / Ribonuclease-III-like / Ribonuclease III / Ribonuclease III family signature. / Ribonuclease III domain / Ribonuclease III family domain profile. / Ribonuclease III family / Ribonuclease III domain / Double-stranded RNA binding motif / Double-stranded RNA binding motif / Ribonuclease III, endonuclease domain superfamily / Double stranded RNA-binding domain (dsRBD) profile. / Double-stranded RNA-binding domain / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Aquifex aeolicus (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Blaszczyk, J. / Gan, J. / Ji, X.
引用
ジャーナル: Structure / 年: 2004
タイトル: Noncatalytic Assembly of Ribonuclease III with Double-Stranded RNA.
著者: Blaszczyk, J. / Gan, J. / Tropea, J.E. / Court, D.L. / Waugh, D.S. / Ji, X.
#1: ジャーナル: Structure / 年: 2001
タイトル: Crystallographic and Modelling Studies of RNase III Suggest a Mechanism for Double-Stranded RNA Cleavage
著者: Blaszczyk, J. / Tropea, J.E. / Bubunenko, M. / Routzahn, K.M. / Waugh, D.S. / Court, D.L. / Ji, X.
履歴
登録2003年11月3日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02004年3月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月29日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32023年8月23日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42023年8月30日Group: Database references / Structure summary / カテゴリ: audit_author / citation_author
Item: _audit_author.identifier_ORCID / _citation_author.identifier_ORCID
Remark 999SEQUENCE EXPRESSED WITH A N-TERMINAL GLYCINE RESIDUE, AND WITH SIX-HISTIDINE-TAGGED C-TERMINUS.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Ribonuclease III
B: Ribonuclease III
C: Ribonuclease III
D: Ribonuclease III
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)72,7498
ポリマ－72,6524
非ポリマー974
水12,160675
1
A: Ribonuclease III
B: Ribonuclease III
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,3754
ポリマ－36,3262
非ポリマー492
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2490 Å2
ΔGint-28 kcal/mol
Surface area14580 Å2
手法PISA
2
C: Ribonuclease III
D: Ribonuclease III
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,3754
ポリマ－36,3262
非ポリマー492
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2450 Å2
ΔGint-27 kcal/mol
Surface area13830 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)49.742, 140.856, 49.746
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 117.29, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質
Ribonuclease III / RNase III


分子量: 18163.012 Da / 分子数: 4 / 断片: N-TERMINAL ENDONUCLEASE DOMAIN (RESIDUES 1-147) / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Aquifex aeolicus (バクテリア) / 遺伝子: RNC, AQ_946 / プラスミド: PKM803 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: O67082, ribonuclease III
#2: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 4 / 断片: MAGNESIUM ION / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 675 / 断片: WATER / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.08 Å3/Da / 溶媒含有率: 39.5 %
結晶化温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: PEG4000, TRIS-HCL, ACETATE, CHLORIDE, pH 8.50, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 292K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X9B / 波長: 1.045 / 波長: 1.045 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2001年4月10日 / 詳細: MIRROR
放射モノクロメーター: SILICON 111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.045 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→30 Å / Num. all: 24431 / Num. obs: 24431 / % possible obs: 89.4 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 2.822 % / Biso Wilson estimate: 32.8 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.076 / Net I/σ(I): 13.8929
反射 シェル解像度: 2.3→2.38 Å / 冗長度: 2.42 % / Rmerge(I) obs: 0.279 / Mean I/σ(I) obs: 3.903 / Num. unique all: 2407 / % possible all: 87.4

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解析

ソフトウェア
名称分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
AMoRE位相決定
SHELXL-97精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ID 1I4S

1i4s


解像度: 2.3→30 Å / Num. parameters: 20239 / Num. restraintsaints: 20369 / Isotropic thermal model: ISOTROPIC / 交差検証法: FREE R / σ(F): 4 / σ(I): 2 / 立体化学のターゲット値: ENGH AND HUBER
詳細: LEAST-SQUARES REFINEMENT USING THE KONNERT-HENDRICKSON CONJUGATE-GRADIENT ALGORITHM. CNS was also used for refinement.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2553 1248 5.4398 %RANDOM
Rwork0.197 ---
obs0.1918 19661 85.1 %-
all-22942 --
溶媒の処理溶媒モデル: MOEWS & KRETSINGER, J.MOL.BIOL.91(1975) 201-228
原子変位パラメータBiso mean: 34.611 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.253 Å / Luzzati d res low obs: 5 Å / Num. disordered residues: 2 / Occupancy sum hydrogen: 0 / Occupancy sum non hydrogen: 5599
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4929 0 4 675 5608
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONs_bond_d0.004
X-RAY DIFFRACTIONs_angle_d0.016
X-RAY DIFFRACTIONs_similar_dist0
X-RAY DIFFRACTIONs_from_restr_planes0.018
X-RAY DIFFRACTIONs_zero_chiral_vol0.019
X-RAY DIFFRACTIONs_non_zero_chiral_vol0.026
X-RAY DIFFRACTIONs_anti_bump_dis_restr0.019
X-RAY DIFFRACTIONs_rigid_bond_adp_cmpnt0
X-RAY DIFFRACTIONs_similar_adp_cmpnt0.079
X-RAY DIFFRACTIONs_approx_iso_adps0
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RworkRefine-IDNum. reflection obsTotal num. of bins used
2.3-2.40.245X-RAY DIFFRACTION243810
2.4-2.510.229X-RAY DIFFRACTION233710
2.51-2.670.205X-RAY DIFFRACTION212710
2.67-2.840.193X-RAY DIFFRACTION235210
2.84-3.050.18X-RAY DIFFRACTION236710
3.05-3.310.176X-RAY DIFFRACTION222410
3.31-3.70.179X-RAY DIFFRACTION227410
3.7-4.630.174X-RAY DIFFRACTION229110
4.63-7.810.194X-RAY DIFFRACTION224710
7.81-300.302X-RAY DIFFRACTION56710

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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