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- PDB-1rax: RA-DOMAIN OF RAL GUANOSINE-NUCLEOTIDE DISSOCIATION STIMULATOR -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1rax
タイトルRA-DOMAIN OF RAL GUANOSINE-NUCLEOTIDE DISSOCIATION STIMULATOR
要素PROTEIN (RA-DOMAIN OF RAL GUANOSINE DISSOCIATION STIMULATOR)
キーワードRAS-BINDING DOMAIN / RALGEF / RALGDS / RAS / RA
機能・相同性
機能・相同性情報


GTPase regulator activity / brush border / p38MAPK events / guanyl-nucleotide exchange factor activity / RAF/MAP kinase cascade / Ras protein signal transduction / nucleus / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
Ral guanine nucleotide dissociation stimulator / Ras association (RalGDS/AF-6) domain / Ras association (RalGDS/AF-6) domain / Ras-associating (RA) domain profile. / Ras guanine-nucleotide exchange factor, conserved site / Ras Guanine-nucleotide exchange factors domain signature. / Ras-associating (RA) domain / RasGEF N-terminal motif / Guanine nucleotide exchange factor for Ras-like GTPases; N-terminal motif / Ras-like guanine nucleotide exchange factor, N-terminal ...Ral guanine nucleotide dissociation stimulator / Ras association (RalGDS/AF-6) domain / Ras association (RalGDS/AF-6) domain / Ras-associating (RA) domain profile. / Ras guanine-nucleotide exchange factor, conserved site / Ras Guanine-nucleotide exchange factors domain signature. / Ras-associating (RA) domain / RasGEF N-terminal motif / Guanine nucleotide exchange factor for Ras-like GTPases; N-terminal motif / Ras-like guanine nucleotide exchange factor, N-terminal / Ras-like guanine nucleotide exchange factor / Ras guanine-nucleotide exchange factors N-terminal domain profile. / Ras guanine nucleotide exchange factor domain superfamily / Ras guanine-nucleotide exchange factor, catalytic domain superfamily / RasGEF domain / Ras guanine-nucleotide exchange factors catalytic domain profile. / Guanine nucleotide exchange factor for Ras-like small GTPases / Ras guanine-nucleotide exchange factors catalytic domain / Phosphatidylinositol 3-kinase Catalytic Subunit; Chain A, domain 1 / Ubiquitin-like (UB roll) / Ubiquitin-like domain superfamily / Roll / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Ral guanine nucleotide dissociation stimulator
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法溶液NMR / DISTANCE GEOMETRY, SIMULATED ANNEALING
データ登録者Mueller, T.D. / Handel, L. / Schmieder, P. / Oschkinat, H.
引用
ジャーナル: To be Published
タイトル: High-Resolution Structure of the Ra-Domain of Human Ralgds and a Dynamics Study of its Binding Loop to Ras
著者: Mueller, T.D. / Handel, L. / Schmieder, P. / Oschkinat, H.
#1: ジャーナル: Nat.Struct.Biol. / 年: 1997
タイトル: Three-dimensional structure of the Ras-interacting domain of RalGDS.
著者: Huang, L. / Weng, X. / Hofer, F. / Martin, G.S. / Kim, S.H.
#2: ジャーナル: Nat.Struct.Biol. / 年: 1997
タイトル: Structure of the Ras-binding domain of RalGEF and implications for Ras binding and signalling.
著者: Geyer, M. / Herrmann, C. / Wohlgemuth, S. / Wittinghofer, A. / Kalbitzer, H.R.
#3: ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 1996
タイトル: Differential interaction of the ras family GTP-binding proteins H-Ras, Rap1A, and R-Ras with the putative effector molecules Raf kinase and Ral-guanine nucleotide exchange factor.
著者: Herrmann, C. / Horn, G. / Spaargaren, M. / Wittinghofer, A.
#4: ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 1994
タイトル: Identification of the guanine nucleotide dissociation stimulator for Ral as a putative effector molecule of R-ras, H-ras, K-ras, and Rap.
著者: Spaargaren, M. / Bischoff, J.R.
#5: ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 1994
タイトル: Activated Ras interacts with the Ral guanine nucleotide dissociation stimulator.
著者: Hofer, F. / Fields, S. / Schneider, C. / Martin, G.S.
#6: ジャーナル: Embo J. / 年: 1993
タイトル: Characterization of a guanine nucleotide dissociation stimulator for a ras-related GTPase.
著者: Albright, C.F. / Giddings, B.W. / Liu, J. / Vito, M. / Weinberg, R.A.
履歴
登録1999年3月13日登録サイト: BNL / 処理サイト: RCSB
改定 1.01999年3月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月26日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32019年11月6日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: citation / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list
Item: _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI ..._citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.42021年10月27日Group: Data collection / Database references / Source and taxonomy
カテゴリ: database_2 / entity_src_gen ...database_2 / entity_src_gen / pdbx_nmr_software / pdbx_nmr_spectrometer
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _entity_src_gen.gene_src_strain / _entity_src_gen.pdbx_gene_src_gene / _pdbx_nmr_software.authors / _pdbx_nmr_software.classification / _pdbx_nmr_spectrometer.manufacturer / _pdbx_nmr_spectrometer.model
改定 1.52023年12月27日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PROTEIN (RA-DOMAIN OF RAL GUANOSINE DISSOCIATION STIMULATOR)


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)12,8891
ポリマ－12,8891
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)10 / 20STRUCTURES WITH THE LOWEST TOTAL ENERGY AND NOE ENERGY WERE SELECTED
代表モデルモデル #1

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要素

#1: タンパク質 PROTEIN (RA-DOMAIN OF RAL GUANOSINE DISSOCIATION STIMULATOR)


分子量: 12888.555 Da / 分子数: 1 / 断片: RAS-BINDING DOMAIN / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: RALGDS / プラスミド: PGEX-2T / 遺伝子 (発現宿主): HUMAN RALGDS GENE (RALGDS) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): DH5ALPHA / 参照: UniProt: Q12967

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1111H
12113C
13115N

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試料調製

試料状態pH: 6.5 / 温度: 300 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker DRXBrukerDRX6001
Bruker DMXBrukerDMX7502

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
X-PLOR3.1BRUNGER精密化
AURELIA2.1Neidig, Geyer, Gorler, Antz, Saffrich, Beneicke, Kalbitzerstructure calculation
X-PLOR3.1BRUNGERstructure calculation
精密化手法: DISTANCE GEOMETRY, SIMULATED ANNEALING / ソフトェア番号: 1
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: STRUCTURES WITH THE LOWEST TOTAL ENERGY AND NOE ENERGY WERE SELECTED
計算したコンフォーマーの数: 20 / 登録したコンフォーマーの数: 10

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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