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- PDB-1r9k: Representative solution structure of the catalytic domain of SopE2 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1r9k
タイトルRepresentative solution structure of the catalytic domain of SopE2
要素TypeIII-secreted protein effector: invasion-associated protein
キーワードCELL INVASION / Salmonella / invasion / type III / GEF / SopE
機能・相同性
機能・相同性情報


GTPase activator activity / guanyl-nucleotide exchange factor activity / actin cytoskeleton organization / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Guanine nucleotide exchange factor SopE, N-terminal domain / Salmonella type III secretion SopE effector N-terminus / SopE-like, GEF domain / Guanine nucleotide exchange factor SopE / Guanine nucleotide exchange factor SopE, GEF domain / SopE-like, GEF domain superfamily / SopE GEF domain / SopE-like GEF fold / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Guanine nucleotide exchange factor sopE2 / Guanine nucleotide exchange factor sopE2
類似検索 - 構成要素
生物種Salmonella typhimurium (サルモネラ菌)
手法溶液NMR / simulated annealing
データ登録者Williams, C. / Galyov, E.E. / Bagby, S.
引用
ジャーナル: Biochemistry / 年: 2004
タイトル: Solution Structure, Backbone Dynamics, and Interaction with Cdc42 of Salmonella Guanine Nucleotide Exchange Factor SopE2(,).
著者: Williams, C. / Galyov, E.E. / Bagby, S.
#1: ジャーナル: To be Published / 年: 2003
タイトル: Biochemical and structural analysis of Salmonella and Burkholderia virulence proteins
著者: Williams, C.
#2: ジャーナル: J.BIOMOL.NMR / 年: 2003
タイトル: Assignment of the 1H,13C and 15N resonances of the catalytic domain of guanine nucelotide exchange factor SopE2 from Salmonella dublin
著者: Williams, C. / Galyov, E.E. / Bagby, S.
履歴
登録2003年10月30日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02004年9月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月29日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.32012年3月21日Group: Other
改定 1.42018年1月24日Group: Database references / カテゴリ: citation_author / Item: _citation_author.name
改定 1.52024年5月1日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_nmr_software
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: TypeIII-secreted protein effector: invasion-associated protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,5851
ポリマ－18,5851
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)1 / 100structures with acceptable covalent geometry,structures with the least restraint violations,structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1closest to the average

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要素

#1: タンパク質 TypeIII-secreted protein effector: invasion-associated protein


分子量: 18585.338 Da / 分子数: 1 / 断片: SopE2 GEF domain / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Salmonella typhimurium (サルモネラ菌)
株: LT2 / 遺伝子: sopE2 / プラスミド: pGEX-2T / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) / 参照: UniProt: Q9KIZ2, UniProt: Q7CQD4*PLUS

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
2122D NOESY
2222D TOCSY
1313D 13C-separated NOESY
1413D 15N-separated NOESY
353HNHA
NMR実験の詳細Text: The structure was determined using triple-resonance NMR spectroscopy.

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
11mM SopE2 U-15N,13C; 20mM HEPES buffer; 90% H2O, 10% D2O90% H2O/10% D2O
21mM SopE2 unlabelled; 20mM tris buffer; 99.6% D2O99.6% D2O
31mM SopE2 U-15N; 20mM HEPES buffer; 90% H2O, 10% D2O90% H2O/10% D2O
試料状態
Conditions-IDイオン強度pH圧 (kPa)温度 (K)
107ambient 298 K
207ambient 298 K
307ambient 298 K

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NMR測定

放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長相対比: 1
NMRスペクトロメータータイプ: Varian INOVA / 製造業者: Varian / モデル: INOVA / 磁場強度: 600 MHz

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
NMRPipe2.1Delaglio et al解析
Sparky3.1Goddard & knellerデータ解析
XPLOR-NIH2.06Schwieters et al構造決定
XPLOR-NIH2.06Schwieters et al精密化
精密化手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1
詳細: he structures are based on a total of 3065 restraints, 2682 are NOE-derived distance constraints, 249 dihedral angle restraints,134 distance restraints from hydrogen bonds.
代表構造選択基準: closest to the average
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with acceptable covalent geometry,structures with the least restraint violations,structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 1

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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