+
データを開く
-
基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1r9k | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Representative solution structure of the catalytic domain of SopE2 | ||||||
![]() | TypeIII-secreted protein effector: invasion-associated protein | ||||||
![]() | CELL INVASION / Salmonella / invasion / type III / GEF / SopE | ||||||
機能・相同性 | ![]() GTPase activator activity / guanyl-nucleotide exchange factor activity / actin cytoskeleton organization / extracellular region 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | 溶液NMR / simulated annealing | ||||||
![]() | Williams, C. / Galyov, E.E. / Bagby, S. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Solution Structure, Backbone Dynamics, and Interaction with Cdc42 of Salmonella Guanine Nucleotide Exchange Factor SopE2(,). 著者: Williams, C. / Galyov, E.E. / Bagby, S. #1: ![]() タイトル: Biochemical and structural analysis of Salmonella and Burkholderia virulence proteins 著者: Williams, C. #2: ![]() タイトル: Assignment of the 1H,13C and 15N resonances of the catalytic domain of guanine nucelotide exchange factor SopE2 from Salmonella dublin 著者: Williams, C. / Galyov, E.E. / Bagby, S. | ||||||
履歴 |
|
-
構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
---|
-
ダウンロードとリンク
-
ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 67.6 KB | 表示 | ![]() |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | ![]() | 51.4 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 347 KB | 表示 | ![]() |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | ![]() | 369.8 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 8.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 10.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 1r6eC C: 同じ文献を引用 ( |
---|---|
類似構造データ | |
その他のデータベース |
|
-
リンク
-
集合体
登録構造単位 | ![]()
| |||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| |||||||||
NMR アンサンブル |
|
-
要素
#1: タンパク質 | 分子量: 18585.338 Da / 分子数: 1 / 断片: SopE2 GEF domain / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 株: LT2 / 遺伝子: sopE2 / プラスミド: pGEX-2T / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: ![]() ![]() |
---|
-実験情報
-実験
実験 | 手法: 溶液NMR | ||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
NMR実験 |
| ||||||||||||||||||||||||
NMR実験の詳細 | Text: The structure was determined using triple-resonance NMR spectroscopy. |
-
試料調製
詳細 |
| ||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
試料状態 |
|
-NMR測定
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
---|---|
放射波長 | 相対比: 1 |
NMRスペクトロメーター | タイプ: Varian INOVA / 製造業者: Varian / モデル: INOVA / 磁場強度: 600 MHz |
-
解析
NMR software |
| ||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1 詳細: he structures are based on a total of 3065 restraints, 2682 are NOE-derived distance constraints, 249 dihedral angle restraints,134 distance restraints from hydrogen bonds. | ||||||||||||||||||||
代表構造 | 選択基準: closest to the average | ||||||||||||||||||||
NMRアンサンブル | コンフォーマー選択の基準: structures with acceptable covalent geometry,structures with the least restraint violations,structures with the lowest energy 計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 1 |