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万見
- PDB-1r9f: Crystal structure of p19 complexed with 19-bp small interfering RNA -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1r9f
タイトルCrystal structure of p19 complexed with 19-bp small interfering RNA
要素
  • 5'-R(*CP*GP*UP*AP*CP*GP*CP*GP*GP*AP*AP*UP*AP*CP*UP*UP*CP*GP*AP*UP*U)-3'
  • 5'-R(*UP*CP*GP*AP*AP*GP*UP*AP*UP*UP*CP*CP*GP*CP*GP*UP*AP*CP*GP*UP*U)-3'
  • Core protein P19
キーワードViral protein/RNA / Protein-RNA complex / Dimer / double helix / Viral protein-RNA COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


virion component => GO:0044423 / RNA binding
類似検索 - 分子機能
RNA silencing suppressor P19 / Tombusvirus p19 core protein / Tombusvirus P19 superfamily / Tombusvirus P19 core protein / Enolase-like; domain 1 / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
RNA / RNA (> 10) / RNA silencing suppressor p19
類似検索 - 構成要素
生物種Tomato bushy stunt virus (ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 1.85 Å
データ登録者Ye, K. / Malinina, L. / Patel, D.J.
引用ジャーナル: Nature / 年: 2003
タイトル: Recognition of small interfering RNA by a viral suppressor of RNA
著者: Ye, K. / Malinina, L. / Patel, D.J.
履歴
登録2003年10月28日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02004年1月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月29日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32021年10月27日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_struct_special_symmetry ...database_2 / pdbx_struct_special_symmetry / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
B: 5'-R(*CP*GP*UP*AP*CP*GP*CP*GP*GP*AP*AP*UP*AP*CP*UP*UP*CP*GP*AP*UP*U)-3'
C: 5'-R(*UP*CP*GP*AP*AP*GP*UP*AP*UP*UP*CP*CP*GP*CP*GP*UP*AP*CP*GP*UP*U)-3'
A: Core protein P19
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,3015
ポリマ－29,1093
非ポリマー1922
水1,26170
1
B: 5'-R(*CP*GP*UP*AP*CP*GP*CP*GP*GP*AP*AP*UP*AP*CP*UP*UP*CP*GP*AP*UP*U)-3'
C: 5'-R(*UP*CP*GP*AP*AP*GP*UP*AP*UP*UP*CP*CP*GP*CP*GP*UP*AP*CP*GP*UP*U)-3'
A: Core protein P19
ヘテロ分子

B: 5'-R(*CP*GP*UP*AP*CP*GP*CP*GP*GP*AP*AP*UP*AP*CP*UP*UP*CP*GP*AP*UP*U)-3'
C: 5'-R(*UP*CP*GP*AP*AP*GP*UP*AP*UP*UP*CP*CP*GP*CP*GP*UP*AP*CP*GP*UP*U)-3'
A: Core protein P19
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)58,60210
ポリマ－58,2186
非ポリマー3844
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation10_545y+2/3,x-2/3,-z+1/31
単位格子
Length a, b, c (Å)91.249, 91.249, 148.630
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number155
Space group name H-MH32
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-10-

A

詳細The biological assemble is a p19 dimer in complex with one siRNA duplex generated from the protein monomer and half RNA (19-bp duplex in half occupancy) in the asymmetric unit by the operation: Y+2/3,X-2/3,-Z+1/3. The 2-fold symmetry operation generates another overlapping half RNA in opposite orientation, compensating the lack of symmetry in RNA duplex itself.

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要素

#1: RNA鎖 5'-R(*CP*GP*UP*AP*CP*GP*CP*GP*GP*AP*AP*UP*AP*CP*UP*UP*CP*GP*AP*UP*U)-3'


分子量: 6690.004 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: 5'-OH and 3'-OH
#2: RNA鎖 5'-R(*UP*CP*GP*AP*AP*GP*UP*AP*UP*UP*CP*CP*GP*CP*GP*UP*AP*CP*GP*UP*U)-3'


分子量: 6666.964 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: 5'-OH and 3'-OH
#3: タンパク質 Core protein P19


分子量: 15751.966 Da / 分子数: 1 / Fragment: Residues 27-158 / Mutation: L144M, L147M / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Tomato bushy stunt virus (ウイルス)
属: Tombusvirus / 遺伝子: p19 / プラスミド: pET28a / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P11690
#4: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 70 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.05 Å3/Da / 溶媒含有率: 39.86 %
結晶化温度: 293 K / pH: 7.5
詳細: ammonium sulfate, potassium chloride, HEPES-NaOH, dithiothreitol, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K, pH 7.50
溶液の組成
ID名称Crystal-IDSol-ID
1ammonium sulfate11
2potassium chloride11
3HEPES-NaOH11
4dithiothreitol11
5H2O11
6ammonium sulfate12
7potassium chloride12
8H2O12
結晶化
*PLUS
温度: 20 ℃ / pH: 7.6 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式詳細
1125000 nMprotein1drop
20.1 M1dropKCl
35 mMHEPES-KOH1drop
410 mM1droppH7.6
51.2-1.6 Mammonium sulfate1reservoir
60.1 MHEPES-NaOH1reservoirpH7.5
71
81

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 14-ID-B / 波長: 0.9791,0.9789,0.9562
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2003年7月18日
放射モノクロメーター: DIAMOND (111) DOUBLE-CRYSTAL MONOCHROMATOR
プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.97911
20.97891
30.95621
反射解像度: 1.85→50 Å / Num. obs: 39408 / % possible obs: 99.1 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 9.5 % / Biso Wilson estimate: 21.8 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.06 / Net I/σ(I): 44.8
反射 シェル解像度: 1.85→1.92 Å / Rmerge(I) obs: 0.725 / Mean I/σ(I) obs: 2 / % possible all: 93.2
反射
*PLUS
最高解像度: 1.85 Å / 最低解像度: 50 Å / Num. obs: 20413 / % possible obs: 99.11 % / Num. measured all: 194486 / Rmerge(I) obs: 0.06
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 93.2 % / Num. unique obs: 1872 / Mean I/σ(I) obs: 2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNS1.1精密化
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
CNS1.1位相決定
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 1.85→14.86 Å / Rfactor Rfree error: 0.005 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: ENGH & HUBER
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.23 1772 4.9 %RANDOM
Rwork0.212 ---
obs0.212 36309 92.3 %-
all-36309 --
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 44.85 Å2 / ksol: 0.35 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 46.4 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-5.46 Å24.19 Å20 Å2
2--5.46 Å20 Å2
3----10.91 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.26 Å0.24 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.29 Å0.27 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.85→14.86 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数972 810 10 70 1862
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.004
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg0.9
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d16.3
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d1.02
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.421.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it2.212
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it2.112
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it3.152.5
LS精密化 シェル解像度: 1.86→1.97 Å / Rfactor Rfree error: 0.024 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.355 220 4.5 %
Rwork0.324 4623 -
obs--74.2 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PARAMPROTEIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION2DNA-RNA_REP.PARAMDNA-RNA.TOP
X-RAY DIFFRACTION3WATER_REP.PARAMWATER.TOP
X-RAY DIFFRACTION4ION.PARAMION.TOP
精密化
*PLUS
最低解像度: 15 Å / % reflection Rfree: 5 % / Rfactor Rfree: 0.236 / Rfactor Rwork: 0.214
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg0.9
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_deg16.3

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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