PDB-1r8o: Crystal structure of an unusual Kunitz-type trypsin inhibitor fro...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 1r8o

タイトル

Crystal structure of an unusual Kunitz-type trypsin inhibitor from Copaifera langsdorffii seeds

要素

(Kunitz trypsin inhibitor) x 2

キーワード

HYDROLASE INHIBITOR / Kunitz (STI) trypsin inhibitor / beta-trefoil fold / Copaifera langsdorffii

機能・相同性

SH3 type barrels. - #480 / SH3 type barrels. / Roll / Mainly Beta / : / :

機能・相同性情報

生物種

Copaifera langsdorffii (マメ科)

手法

X線回折 /

シンクロトロン / SIR QUICK CRIO-SOAKING METHOD / 解像度: 1.83 Å

データ登録者

Krauchenco, S. / Nagem, R.A.P. / da Silva, J.A. / Marangoni, S. / Polikarpov, I.

引用

ジャーナル: Biochimie / 年: 2004
タイトル: Three-dimensional structure of an unusual Kunitz (STI) type trypsin inhibitor from Copaifera langsdorffii.
著者: Krauchenco, S. / Nagem, R.A.P. / Da Silva, J.A. / Marangoni, S. / Polikarpov, I.

履歴

登録	2003年10月27日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2004年5月25日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年4月29日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Advisory / Refinement description / Version format compliance
改定 1.3	2024年10月30日	Group: Data collection / Database references / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	1r8o.cif.gz	48.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb1r8o.ent.gz	35 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	1r8o.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	1r8o_validation.pdf.gz	432.8 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	1r8o_full_validation.pdf.gz	436.7 KB	表示
XML形式データ	1r8o_validation.xml.gz	11.2 KB	表示
CIF形式データ	1r8o_validation.cif.gz	15.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/r8/1r8o ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/r8/1r8o	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1r8n
類似構造データ	2gzb-2 1q9s-d 3f74-1 5r8i-d 3f78-1 2prd-d 5r85-d 1dgq-1 1dgq-d 5r8c-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Kunitz trypsin inhibitor

B: Kunitz trypsin inhibitor

18 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	58.710, 58.710, 93.750
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	96
Space group name H-M	P4₃2₁2

#1: タンパク質	Kunitz trypsin inhibitor / STI 分子量: 10129.670 Da / 分子数: 1 / 断片: residues 1-96 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Copaifera langsdorffii (マメ科) / 参照: UniProt: P84144
#2: タンパク質	Kunitz trypsin inhibitor / STI 分子量: 7902.113 Da / 分子数: 1 / 断片: residues 97-167 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Copaifera langsdorffii (マメ科) / 参照: UniProt: P84145
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 182 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 3

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.24 Å³/Da / 溶媒含有率: 45.05 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.3 詳細: 25% PEG4000 in 0.1M sodium acetate buffer, pH 4.3, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K

-
データ収集

回折

ID	平均測定温度 (K)	Crystal-ID
1	100	1
2	100	1
3	100	1
1,2,3		1

放射光源

由来	サイト	ビームライン	ID	波長 (Å)
シンクロトロン	LNLS	D03B-MX1	1	1.54
シンクロトロン	LNLS	D03B-MX1	2	1.54
シンクロトロン	LNLS	D03B-MX1	3	1.54

検出器

タイプ	ID	検出器	日付
MARRESEARCH	1	IMAGE PLATE	2000年9月4日
MARRESEARCH	2	IMAGE PLATE	2000年9月15日
MARRESEARCH	3	IMAGE PLATE	2000年9月18日

放射

ID	モノクロメーター	プロトコル	単色(M)・ラウエ(L)	散乱光タイプ	Wavelength-ID
1	triangular bent crystal monochromator	SINGLE WAVELENGTH	M	x-ray	1
2	triangular bent crystal monochromator	SINGLE WAVELENGTH	M	x-ray	1
3	triangular bent crystal monochromator	SINGLE WAVELENGTH	M	x-ray	1

放射波長

波長: 1.54 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.83→25.28 Å / Num. all: 15027 / Num. obs: 14387 / % possible obs: 95.7 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 8.2 % / B_iso Wilson estimate: 14.2 Å² / R_merge(I) obs: 0.089 / Net I/σ(I): 23.6

反射シェル

解像度: 1.83→1.87 Å / 冗長度: 5.4 % / R_merge(I) obs: 0.508 / Mean I/σ(I) obs: 3.3 / Num. unique all: 14387 / % possible all: 97.6

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.1.19	精密化
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
SHARP		位相決定

精密化

構造決定の手法: SIR QUICK CRIO-SOAKING METHOD / 解像度: 1.83→25.28 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.958 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.937 / SU B: 2.543 / SU ML: 0.08 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.137 / ESU R Free: 0.131

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.21237	703	5 %	RANDOM
R_work	0.16844	-	-	-
all	0.17	15027	-	-
obs	0.17	14387	95.7 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 13.229 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.21 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	0.21 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.41 Å²

Refine analyze

	Free	Obs
Luzzati coordinate error	0.23 Å	0.22 Å
Luzzati d res low	-	5 Å
Luzzati sigma a	0.16 Å	0.16 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.83→25.28 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1267	0	0	182	1449

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.019	0.022	1293
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.734	2.006	1736
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.559	5	165
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.134	0.2	186
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.008	0.02	950
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.229	0.2	583
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.256	0.2	145
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.396	0.2	69
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.464	0.2	15
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.064	1.5	827
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.885	2	1332
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.052	3	466
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	4.823	4.5	404

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor R_free error	Num. reflection obs	% reflection obs (%)
1.83-1.92	0.267	74	0.247	874	0.031	1594	87.7
1.92-2.02	0.244	91	0.246		0.026	1729	93.1
2.02-2.14	0.251	84	0.235		0.027	1775	96.9
2.14-2.31	0.226	95	0.24		0.023	1815	97.9
2.31-2.54	0.256	87	0.231		0.027	1787	96.5
2.54-2.91	0.256	82	0.231		0.028	1805	95.8
2.91-3.66	0.2	84	200		0.022	1881	98.2
3.66-25.28	0.211	106	0.2		0.02	2001	98.8

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.9574	0.2012	0.1774	2.2191	0.4691	2.2555	-0.0238	-0.1	0.0945	0.2637	-0.0116	0.098	-0.0235	-0.0392	0.0353	0.2169	-0.0179	-0.0017	0.1962	-0.011	0.2076	22.083	15.055	26.29
2	2.3505	0.1301	0.6963	2.5197	0.2079	2.387	0.0217	0.1118	0.0107	0.0364	-0.073	0.2222	0.0475	-0.0588	0.0513	0.1872	-0.01	-0.0043	0.2004	-0.0134	0.2319	17.525	11.868	18.043
3	2.5478	-0.162	0.5939	2.001	0.3117	2.0187	-0.0169	0.0116	0.1109	0.0943	-0.0046	0.1895	-0.0607	0.0031	0.0215	0.135	-0.0151	0.0086	0.1193	-0.0039	0.1587	20.197	14.33	21.611

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	1 - 96
2	X-RAY DIFFRACTION	2	B	97 - 167
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	97 - 189
4	X-RAY DIFFRACTION	3	B	168 - 255

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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