ソフトウェア 名称 バージョン 分類 CNS1 精密化 HKL-2000データ削減 SCALEPACKデータスケーリング SOLVE位相決定
精密化 構造決定の手法 : 単波長異常分散 / 解像度 : 3→24.66 Å / Rfactor Rfree error : 0.011 / Data cutoff high absF : 758670.95 / Data cutoff low absF : 0 / Isotropic thermal model : RESTRAINED / 交差検証法 : THROUGHOUT / σ(F) : 0 / 立体化学のターゲット値 : Engh & HuberRfactor 反射数 %反射 Selection details Rfree 0.288 1381 10.5 % RANDOM Rwork 0.263 - - - all 0.263 - - - obs 0.263 13009 90.4 % -
溶媒の処理 溶媒モデル : FLAT MODEL / Bsol : 39.7153 Å2 / ksol : 0.2878 e/Å3 原子変位パラメータ Biso mean : 67.8 Å2 Baniso -1 Baniso -2 Baniso -3 1- -15.32 Å2 -2.05 Å2 0 Å2 2- - -15.32 Å2 0 Å2 3- - - 30.64 Å2
Refine analyze Free Obs Luzzati coordinate error 0.47 Å 0.43 Å Luzzati d res low - 5 Å Luzzati sigma a 0.73 Å 0.56 Å
精密化ステップ サイクル : LAST / 解像度 : 3→24.66 Åタンパク質 核酸 リガンド 溶媒 全体 原子数 1368 0 0 0 1368
拘束条件 大きな表を表示 (3 x 19) 大きな表を隠す Refine-ID タイプ Dev ideal X-RAY DIFFRACTION c_bond_d0.009 X-RAY DIFFRACTION c_bond_d_naX-RAY DIFFRACTION c_bond_d_protX-RAY DIFFRACTION c_angle_dX-RAY DIFFRACTION c_angle_d_naX-RAY DIFFRACTION c_angle_d_protX-RAY DIFFRACTION c_angle_deg1.4 X-RAY DIFFRACTION c_angle_deg_naX-RAY DIFFRACTION c_angle_deg_protX-RAY DIFFRACTION c_dihedral_angle_d19.6 X-RAY DIFFRACTION c_dihedral_angle_d_naX-RAY DIFFRACTION c_dihedral_angle_d_protX-RAY DIFFRACTION c_improper_angle_d0.85 X-RAY DIFFRACTION c_improper_angle_d_naX-RAY DIFFRACTION c_improper_angle_d_protX-RAY DIFFRACTION c_mcbond_itX-RAY DIFFRACTION c_mcangle_itX-RAY DIFFRACTION c_scbond_itX-RAY DIFFRACTION c_scangle_it
LS精密化 シェル 解像度 : 3→3.19 Å / Rfactor Rfree error : 0.048 / Total num. of bins used : 6 Rfactor 反射数 %反射 Rfree 0.502 108 10 % Rwork 0.397 972 - obs - - 88.7 %
Xplor file Refine-ID Serial no Param file Topol file X-RAY DIFFRACTION 1 PROTEIN_REP.PARAMPROTEIN.TOPX-RAY DIFFRACTION 2 ION.PARAMWATER.TOPX-RAY DIFFRACTION 3 WATER_REP.PARAM
精密化 *PLUS
最高解像度 : 3 Å / 最低解像度 : 25 Å / % reflection Rfree : 10 % / Rfactor Rfree : 0.2883 / Rfactor Rwork : 0.2636 溶媒の処理 *PLUS
原子変位パラメータ *PLUS
拘束条件 *PLUS
Refine-ID タイプ Dev ideal X-RAY DIFFRACTION c_angle_deg1.38 X-RAY DIFFRACTION c_dihedral_angle_dX-RAY DIFFRACTION c_dihedral_angle_deg19.6 X-RAY DIFFRACTION c_improper_angle_dX-RAY DIFFRACTION c_improper_angle_deg0.85