PDB-1r7h: NrdH-redoxin of Corynebacterium ammoniagenes forms a domain-swapp...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 1r7h

タイトル

NrdH-redoxin of Corynebacterium ammoniagenes forms a domain-swapped dimer

要素

NrdH-redoxin

キーワード

ELECTRON TRANSPORT / NRDH / THIOREDOXIN / GLUTAREDOXIN / REDOX PROTEIN / DOMAIN SWAPPING

機能・相同性

機能・相同性情報

cell redox homeostasis / electron transfer activity
類似検索 - 分子機能

生物種

Corynebacterium ammoniagenes (バクテリア)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 2.69 Å

データ登録者

Stehr, M. / Lindqvist, Y.

引用

ジャーナル: Proteins / 年: 2004
タイトル: NrdH-redoxin of Corynebacterium ammoniagenes forms a domain-swapped dimer.
著者: Stehr, M. / Lindqvist, Y.

履歴

登録	2003年10月21日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2004年5月4日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年4月29日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.3	2023年8月23日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id
改定 1.4	2024年10月30日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	1r7h.cif.gz	40.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb1r7h.ent.gz	28.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	1r7h.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	1r7h_validation.pdf.gz	422.7 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	1r7h_full_validation.pdf.gz	422.7 KB	表示
XML形式データ	1r7h_validation.xml.gz	7.5 KB	表示
CIF形式データ	1r7h_validation.cif.gz	9.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/r7/1r7h ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/r7/1r7h	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1h75S S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	4gvb-d 1w9q-1 1abo-3 4mhe-2 3bqp-d 1w9o-2 2be0-d 2q8r-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: NrdH-redoxin

B: NrdH-redoxin

16.6 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	89.63, 89.63, 40.15
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	173
Space group name H-M	P6₃

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:
NCSドメイン領域:

Refine code: 2

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	1	MET	MET	VAL	VAL	A	A	1 - 12	1 - 12
2	1	1	MET	MET	VAL	VAL	B	B	1 - 12	1 - 12
3	2	1	CYS	CYS	ASP	ASP	A	A	14 - 22	14 - 22
4	2	1	CYS	CYS	ASP	ASP	B	B	14 - 22	14 - 22
5	3	1	ALA	ALA	TYR	TYR	A	A	24 - 28	24 - 28
6	3	1	ALA	ALA	TYR	TYR	B	B	24 - 28	24 - 28
7	4	1	THR	THR	VAL	VAL	A	A	30 - 31	30 - 31
8	4	1	THR	THR	VAL	VAL	B	B	30 - 31	30 - 31
9	5	1	ILE	ILE	ASP	ASP	A	A	33 - 36	33 - 36
10	5	1	ILE	ILE	ASP	ASP	B	B	33 - 36	33 - 36
11	6	1	ALA	ALA	ALA	ALA	A	A	39	39
12	6	1	ALA	ALA	ALA	ALA	B	B	39	39
13	7	1	TYR	TYR	VAL	VAL	A	A	42 - 43	42 - 43
14	7	1	TYR	TYR	VAL	VAL	B	B	42 - 43	42 - 43
15	8	1	ALA	ALA	TYR	TYR	A	A	45 - 48	45 - 48
16	8	1	ALA	ALA	TYR	TYR	B	B	45 - 48	45 - 48
1	1	2	GLN	GLN	VAL	VAL	A	A	50 - 54	50 - 54
2	1	2	GLN	GLN	VAL	VAL	B	B	50 - 54	50 - 54
3	2	2	VAL	VAL	GLU	GLU	A	A	56 - 59	56 - 59
4	2	2	VAL	VAL	GLU	GLU	B	B	56 - 59	56 - 59
5	3	2	TRP	TRP	ILE	ILE	A	A	61 - 69	61 - 69
6	3	2	TRP	TRP	ILE	ILE	B	B	61 - 69	61 - 69
7	4	2	GLN	GLN	GLN	GLN	A	A	71 - 73	71 - 73
8	4	2	GLN	GLN	GLN	GLN	B	B	71 - 73	71 - 73

NCSアンサンブル:

ID
1
2

#1: タンパク質	NrdH-redoxin 分子量: 8299.427 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Corynebacterium ammoniagenes (バクテリア) 遺伝子: nrdh / プラスミド: pET24 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: O69271
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 37 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.8 Å³/Da / 溶媒含有率: 56.13 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.86 詳細: Na-citrate, Tris, MPD, spermidine, pH 7.86, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU / 波長: 1.5418 Å
検出器	タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2000年9月14日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.69→25 Å / Num. all: 5187 / Num. obs: 5187 / % possible obs: 98.6 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0
反射シェル	解像度: 2.69→2.76 Å / % possible all: 98.1

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.1.19	精密化
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
AMoRE		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB entry 1H75

1h75

解像度: 2.69→23.7 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.893 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.856 / SU B: 13.925 / SU ML: 0.279 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 1.652 / ESU R Free: 0.387 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2876	237	4.6 %	RANDOM
R_work	0.24305	-	-	-
all	0.24787	5179	-	-
obs	0.24513	4942	98.31 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 30.383 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.55 Å²	0.27 Å²	0 Å²
2-	-	0.55 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.82 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.69→23.7 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1150	0	0	37	1187

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.006	0.022	1172
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	1064
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	0.894	1.959	1592
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.694	3	2472
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.148	5	146
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.052	0.2	182
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.002	0.02	1298
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	228
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.151	0.2	211
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.191	0.2	1165
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other	0.083	0.2	659
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.183	0.2	18
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.08	0.2	8
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other	0.203	0.2	43
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.307	0.2	3
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.311	1.5	736
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	0.576	2	1184
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	0.523	3	436
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	0.945	4.5	408

Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Auth asym-ID: A / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Ens-ID	数	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	561	tight positional	0.02	0.05
2	327	tight positional	0.02	0.05
1	561	tight thermal	0.18	2
2	327	tight thermal	0.15	2

LS精密化シェル

解像度: 2.689→2.759 Å / Total num. of bins used: 20 /

	R_factor	反射数
R_free	0.422	16
R_work	0.324	346

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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