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万見
- PDB-1r6k: HPV11 E2 TAD crystal structure -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1r6k
タイトルHPV11 E2 TAD crystal structure
要素HPV11 REGULATORY PROTEIN E2
キーワードTRANSCRIPTION / REPLICATION / Papillomavirus / E2 TAD / TAD domain / X-ray structure
機能・相同性
機能・相同性情報


viral DNA genome replication / regulation of DNA replication / DNA replication / DNA-binding transcription factor activity / nucleotide binding / DNA-templated transcription / host cell nucleus / DNA binding
類似検索 - 分子機能
E2 (early) protein, N terminal domain, subdomain 1 / Regulatory Protein E2; Chain: A; Domain 2 / Papillomavirus E2 early protein domain / Papillomavirus E2, C-terminal / Papillomavirus E2, N-terminal / Regulatory protein E2 / E2 regulatory, transactivation domain / E2 regulatory, transactivation domain, subdomain 1 / E2 regulatory, transactivation domain, subdomain 2 / E2 (early) protein, N terminal ...E2 (early) protein, N terminal domain, subdomain 1 / Regulatory Protein E2; Chain: A; Domain 2 / Papillomavirus E2 early protein domain / Papillomavirus E2, C-terminal / Papillomavirus E2, N-terminal / Regulatory protein E2 / E2 regulatory, transactivation domain / E2 regulatory, transactivation domain, subdomain 1 / E2 regulatory, transactivation domain, subdomain 2 / E2 (early) protein, N terminal / E2 (early) protein, C terminal / E2/EBNA1, C-terminal / Beta Complex / Helix Hairpins / Nucleotide-binding alpha-beta plait domain superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Beta / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Regulatory protein E2
類似検索 - 構成要素
生物種Human papillomavirus type 11 (パピローマウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Wang, Y. / Coulombe, R.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2004
タイトル: Crystal Structure of the E2 Transactivation Domain of Human Papillomavirus Type 11 Bound to a Protein Interaction Inhibitor
著者: Wang, Y. / Coulombe, R. / Cameron, D.R. / Thauvette, L. / Massariol, M.-J. / Amon, L.M. / Fink, D. / Titolo, S. / Welchner, E. / Yoakim, C. / Archambault, J. / White, P.W.
履歴
登録2003年10月15日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02004年2月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月29日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32011年11月16日Group: Atomic model
改定 1.42018年1月24日Group: Database references / カテゴリ: citation_author / Item: _citation_author.name
改定 1.52024年2月14日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: HPV11 REGULATORY PROTEIN E2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,9181
ポリマ－23,9181
非ポリマー00
水64936
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)54.86, 169.90, 46.11
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number21
Cell settingorthorhombic
Space group name H-MC222
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-231-

HOH

21A-237-

HOH

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要素

#1: タンパク質 HPV11 REGULATORY PROTEIN E2 / HPV11 E2 TAD / E2 protein


分子量: 23918.117 Da / 分子数: 1 / 断片: TRANSACTIVATION DOMAIN (RESIDUES 2-201) / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: apo form
由来: (組換発現) Human papillomavirus type 11 (パピローマウイルス)
属: Alphapapillomavirus / 生物種: Human papillomavirus - 6 / 遺伝子: E2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): B834 / 参照: UniProt: P04015
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 36 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.53 Å3/Da / 溶媒含有率: 51 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5
詳細: Na Succinate, PEG 5000, mme, Ammonium Sulfate, pH 5.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
結晶化
*PLUS
温度: 4 ℃ / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細
10.1 Msodium succinate1reservoirpH5.0
218 %PEG5000 MME1reservoir
30.2 Mammonium sulfate1reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X4A / 波長: 0.9790,0.9794,0.9743,0.9879
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2000年3月1日
放射プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.9791
20.97941
30.97431
40.98791
反射解像度: 2.5→50 Å / Num. all: 7497 / Num. obs: 7497 / % possible obs: 97.1 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 8.88 % / Rmerge(I) obs: 0.087 / Net I/σ(I): 28.75
反射 シェル解像度: 2.5→2.59 Å / Rmerge(I) obs: 0.342 / Mean I/σ(I) obs: 5.36 / Num. unique all: 768 / % possible all: 99
反射
*PLUS
Num. obs: 7724 / Num. measured all: 68569
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 99 %

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解析

ソフトウェア
名称分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
AMoRE位相決定
CNS精密化
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2.5→50 Å / Isotropic thermal model: Isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.3032 1094 -Random
Rwork0.2566 ---
all0.2566 13578 --
obs0.2566 13578 94.2 %-
原子変位パラメータBiso mean: 44.316 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.48 Å0.4 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.52 Å0.45 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.5→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1480 0 0 36 1516
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.08948
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.32919
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d23.09775
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.85039
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it1.271
精密化
*PLUS
最高解像度: 2.5 Å / 最低解像度: 50 Å / Rfactor Rfree: 0.303 / Rfactor Rwork: 0.257
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.0089
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.329
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_deg23.09775
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_deg0.85039

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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