PDB-1r69: STRUCTURE OF THE AMINO-TERMINAL DOMAIN OF PHAGE 434 REPRESSOR AT ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 1r69

タイトル

STRUCTURE OF THE AMINO-TERMINAL DOMAIN OF PHAGE 434 REPRESSOR AT 2.0 ANGSTROMS RESOLUTION

要素

REPRESSOR PROTEIN CI

キーワード

GENE REGULATING PROTEIN

機能・相同性

機能・相同性情報

DNA binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Phage 434 (ファージ)

手法

X線回折 / 解像度: 2 Å

データ登録者

Mondragon, A. / Subbiah, S. / Alamo, S.C. / Drottar, M. / Harrison, S.C.

引用

ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1989
タイトル: Structure of the amino-terminal domain of phage 434 repressor at 2.0 A resolution.
著者: Mondragon, A. / Subbiah, S. / Almo, S.C. / Drottar, M. / Harrison, S.C.

履歴

登録	1988年12月8日	処理サイト: BNL
改定 1.0	1989年10月15日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年3月24日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.3	2024年2月14日	Group: Data collection / Database references / Other カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.process_site

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	1r69.cif.gz	22.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb1r69.ent.gz	14.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	1r69.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/r6/1r69 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/r6/1r69	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	4gu2-d 6nnb-d 3cp0-d 1s24-d 2juc-d 2r63-d 3ny1-2 4pzn-5 1r63-d 4eik-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#241 - 2020年1月 20年の分子を振り返って (Twenty Years of Molecules) 類似性 (6) #144 - 2011年12月複合体I (Complex I) 類似性 (1) #112 - 2009年4月 Oct・Sox転写因子 (Oct and Sox Transcription Factors) 類似性 (1) #39 - 2003年3月 lac転写抑制因子 (lac Repressor) 類似性 (1)

登録構造単位

A: REPRESSOR PROTEIN CI

7.56 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	32.800, 37.500, 44.600
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	REPRESSOR PROTEIN CI 分子量: 7560.542 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Phage 434 (ファージ) / 属: Lambda-like viruses / 生物種: Enterobacteria phage lambda / 参照: UniProt: P16117
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 34 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.81 Å³/Da / 溶媒含有率: 32.17 %
結晶化	PLUS 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / PH range low: 10.5 / PH range high*: 10
溶液の組成	PLUS 濃度: 1.45 M / 一般名*: potassium citrate

-
データ収集

放射	散乱光タイプ: x-ray
放射波長	相対比: 1
反射	PLUS 最高解像度: 1.9 Å / Num. obs: 4524 / Num. measured all: 7112 / R_merge(I) obs*: 0.116

-
解析

ソフトウェア

名称: PROLSQ / 分類: 精密化

精密化

R_factor obs: 0.193 / 最高解像度: 2 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 最高解像度: 2 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	484	0	0	34	518

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target
X-RAY DIFFRACTION	p_bond_d	0.007	0.02
X-RAY DIFFRACTION	p_angle_d	0.027	0.04
X-RAY DIFFRACTION	p_angle_deg
X-RAY DIFFRACTION	p_planar_d	0.03	0.05
X-RAY DIFFRACTION	p_hb_or_metal_coord
X-RAY DIFFRACTION	p_mcbond_it	2.32	5
X-RAY DIFFRACTION	p_mcangle_it	3.34	10
X-RAY DIFFRACTION	p_scbond_it	3.32	5
X-RAY DIFFRACTION	p_scangle_it	4.84	10
X-RAY DIFFRACTION	p_plane_restr	0.005	0.02
X-RAY DIFFRACTION	p_chiral_restr	0.101	0.15
X-RAY DIFFRACTION	p_singtor_nbd	0.173	0.5
X-RAY DIFFRACTION	p_multtor_nbd	0.287	0.5
X-RAY DIFFRACTION	p_xhyhbond_nbd	0.248	0.5
X-RAY DIFFRACTION	p_xyhbond_nbd
X-RAY DIFFRACTION	p_planar_tor	1.1	3
X-RAY DIFFRACTION	p_staggered_tor	15.8	15
X-RAY DIFFRACTION	p_orthonormal_tor
X-RAY DIFFRACTION	p_transverse_tor
X-RAY DIFFRACTION	p_special_tor

精密化

*PLUS

最低解像度: 5 Å / Num. reflection obs: 3298 / 最高解像度: 2 Å / R_factor obs: 0.193

溶媒の処理

*PLUS

原子変位パラメータ

*PLUS

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関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

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