PDB-1r5e: Solution structure of the folded core of Pseudomonas syringae eff...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 1r5e

タイトル

Solution structure of the folded core of Pseudomonas syringae effector protein, AvrPto

要素

avirulence protein

キーワード

PROTEIN BINDING / three-helix bundle / omega loop

機能・相同性

AvrPto / Type III secretion system, AvrPto / AvrPto superfamily / Central core of the bacterial effector protein AvrPto / Substrate Binding Domain Of Dnak; Chain:A; Domain 2 / Up-down Bundle / Mainly Alpha / Avirulence protein

機能・相同性情報

生物種

Pseudomonas syringae (バクテリア)

手法

溶液NMR / torsion angle dynamics

データ登録者

Wulf, J. / Pascuzzi, P.E. / Martin, G.B. / Nicholson, L.K.

引用

ジャーナル: STRUCTURE / 年: 2004
タイトル: The solution structure of type III effector protein AvrPto reveals conformational and dynamic features important for plant pathogenesis.
著者: Wulf, J. / Pascuzzi, P.E. / Fahmy, A. / Martin, G.B. / Nicholson, L.K.

履歴

登録	2003年10月10日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2004年10月19日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年4月29日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.3	2022年3月2日	Group: Database references / Derived calculations カテゴリ: database_2 / pdbx_struct_assembly ...database_2 / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list / struct_ref_seq_dif Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.4	2022年12月21日	Group: Database references / カテゴリ: struct_ref_seq_dif / Item: _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.5	2024年5月22日	Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	1r5e.cif.gz	940.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb1r5e.ent.gz	785.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	1r5e.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/r5/1r5e ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/r5/1r5e	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	4oci-d 2fz6-9 3o7k-d 2lql-d 3cpf-2 3ck4-1 1z6c-d 3sgr-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: avirulence protein

13.1 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

NMR アンサンブル

	データ	基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)	30 / 50	structures with favorable non-bond energy
代表モデル	モデル #10	closest to the average, lowest energy

#1: タンパク質	avirulence protein 分子量: 13117.424 Da / 分子数: 1 / 断片: TrAvrPto (residues 29-133) / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Pseudomonas syringae (バクテリア) プラスミド: pFLAG-CTC / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21-Gold / 参照: UniProt: Q08242

-
実験

実験	手法: 溶液NMR

-
試料調製

詳細

Solution-ID	内容	溶媒系
1	1mM TrAvrPto u-15n;10mM Na2HPO4 5mM KH2PO4 225mM NaCl pH6	93% H2O/7% D2O
2	1mM TrAvrPto u-15n,13c;10mM Na2HPO4 5mM KH2PO4 225mM NaCl pH6	93% H2O/7% D2O
3	1mM TrAvrPto u-15n,13c;10mM Na2HPO4 5mM KH2PO4 225mM NaCl pH6	100% D2O

試料状態

イオン強度: 15mM phosphate, 245mM sodium / pH: 6 / 圧: ambient / 温度: 298 K

-
NMR測定

放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M
放射波長	相対比: 1
NMRスペクトロメーター	タイプ: Varian INOVA / 製造業者: Varian / モデル: INOVA / 磁場強度: 600 MHz

-
解析

NMR software

名称	バージョン	開発者	分類
CNS	1.1	brunger, stein	精密化
NMRPipe		delaglio	解析
PIPP		garrett	データ解析

精密化

手法: torsion angle dynamics / ソフトェア番号: 1
詳細: structures are based on a total of 1898 restraints, 1584 are NOE-derived distance constraints, 206 dihedral angle restraints,108 distance restraints from hydrogen bonds

代表構造

選択基準: closest to the average, lowest energy

NMRアンサンブル

コンフォーマー選択の基準: structures with favorable non-bond energy
計算したコンフォーマーの数: 50 / 登録したコンフォーマーの数: 30

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関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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