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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1r5d | ||||||
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タイトル | X-ray structure of bovine seminal ribonuclease swapping dimer from a new crystal form | ||||||
![]() | Ribonuclease, seminal | ||||||
![]() | HYDROLASE / ribonucleases / protein dynamics / protein structure-function / ligand binding / population shift / 3D domain swapping | ||||||
機能・相同性 | ![]() pancreatic ribonuclease / ribonuclease A activity / RNA nuclease activity / nucleic acid binding / lyase activity / defense response to Gram-positive bacterium / extracellular region / identical protein binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() | ||||||
![]() | Merlino, A. / Vitagliano, L. / Sica, F. / Zagari, A. / Mazzarella, L. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Population shift vs induced fit: The case of bovine seminal ribonuclease swapping dimer 著者: Merlino, A. / Vitagliano, L. / Sica, F. / Zagari, A. / Mazzarella, L. #1: ![]() タイトル: BOVINE SEMINAL RIBONUCLEASE: STRUCTURE AT 1.9 A RESOLUTION 著者: Mazzarella, L. / Capasso, S. / Demasi, D. / Di Lorenzo, G. / Mattia, C.A. / Zagari, A. #2: ![]() タイトル: Binding of a Substrate Analog to a Domain Swapping Protein: X-Ray Structure of the Complex of Bovine Seminal Ribonuclease with Uridylyl(2'-5')Adenosine 著者: Vitagliano, L. / Adinolfi, S. / Riccio, A. / Sica, F. / Zagari, A. / Mazzarella, L. #3: ![]() タイトル: Cosolute Effect on Crystallization of Two Dinucleotide Complexes of Bovine Seminal Ribonuclease from Concentrated Salt Solutions 著者: Sica, F. / Adinolfi, S. / Vitagliano, L. / Zagari, A. / Capasso, S. / Mazzarella, L. #4: ![]() タイトル: A potential allosteric subsite generated by domain swapping in bovine seminal ribonuclease 著者: VITAGLIANO, L. / Adinolfi, S. / Sica, F. / Merlino, A. / Zagari, A. / Mazzarella, L. #5: ![]() タイトル: Crystallization of Multiple Forms of Bovine Seminal Ribonuclease: the liganded and Unliganded State | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 58.6 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 43.3 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 371.8 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 374.1 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 6.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 9.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 13632.640 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() #2: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.28 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.12 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: PEG 4000, 0.1 M sodium acetate, 0.1 M TRIS-HCL, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 298 K |
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放射光源 | 由来: ![]() |
検出器 | タイプ: MAC Science DIP-2030B / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2000年11月20日 / 詳細: mirrors |
放射 | モノクロメーター: mirrors / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.4→37 Å / Num. all: 10097 / Num. obs: 10097 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / Rmerge(I) obs: 0.102 |
反射 シェル | 解像度: 2.4→2.52 Å / Rmerge(I) obs: 0.25 / % possible all: 98.8 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: PDB ENTRY 1BSR 解像度: 2.5→8 Å / Isotropic thermal model: Isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.5→8 Å
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拘束条件 |
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